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万見
- PDB-4wzp: Ser65 phosphorylated ubiquitin, major conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wzp
タイトルSer65 phosphorylated ubiquitin, major conformation
要素ubiquitin
キーワードSIGNALING PROTEIN / posttranslational modification / phosphorylation / mitophagy / Parkin / PINK1
機能・相同性
機能・相同性情報


hypothalamus gonadotrophin-releasing hormone neuron development / female meiosis I / positive regulation of protein monoubiquitination / fat pad development / mitochondrion transport along microtubule / female gonad development / seminiferous tubule development / male meiosis I / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / energy homeostasis ...hypothalamus gonadotrophin-releasing hormone neuron development / female meiosis I / positive regulation of protein monoubiquitination / fat pad development / mitochondrion transport along microtubule / female gonad development / seminiferous tubule development / male meiosis I / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / energy homeostasis / regulation of neuron apoptotic process / neuron projection morphogenesis / regulation of proteasomal protein catabolic process / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Negative regulation of FLT3 / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Downregulation of ERBB4 signaling / Regulation of FZD by ubiquitination / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / p75NTR recruits signalling complexes / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Regulation of pyruvate metabolism / NF-kB is activated and signals survival / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / Pexophagy / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / NRIF signals cell death from the nucleus / VLDLR internalisation and degradation / Regulation of PTEN localization / Regulation of BACH1 activity / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / Translesion synthesis by REV1 / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / Translesion synthesis by POLK / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / Josephin domain DUBs / Translesion synthesis by POLI / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / positive regulation of protein ubiquitination / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / TCF dependent signaling in response to WNT / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / regulation of mitochondrial membrane potential / Regulation of NF-kappa B signaling / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Asymmetric localization of PCP proteins / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Regulation of signaling by CBL / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Vpu mediated degradation of CD4 / Assembly of the pre-replicative complex / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Negative regulation of FGFR3 signaling / Degradation of DVL / Fanconi Anemia Pathway / Peroxisomal protein import / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / Negative regulation of FGFR2 signaling / Stabilization of p53 / Negative regulation of FGFR4 signaling
類似検索 - 分子機能
: / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Wauer, T. / Wagstaff, J. / Freund, S.M.V. / Komander, D.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)U105192732 英国
European Research Council309756 英国
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2015
タイトル: Ubiquitin Ser65 phosphorylation affects ubiquitin structure, chain assembly and hydrolysis.
著者: Wauer, T. / Swatek, K.N. / Wagstaff, J.L. / Gladkova, C. / Pruneda, J.N. / Michel, M.A. / Gersch, M. / Johnson, C.M. / Freund, S.M. / Komander, D.
履歴
登録2014年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月11日Group: Database references
改定 2.02017年9月13日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.pdbx_formal_charge / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_macromolecule_distance / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ubiquitin
B: ubiquitin
C: ubiquitin
D: ubiquitin
E: ubiquitin
F: ubiquitin
G: ubiquitin
H: ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,92715
ポリマ－69,2548
非ポリマー6727
水6,413356
1
A: ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8493
ポリマ－8,6571
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ubiquitin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6571
ポリマ－8,6571
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7532
ポリマ－8,6571
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7532
ポリマ－8,6571
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: ubiquitin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6571
ポリマ－8,6571
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8493
ポリマ－8,6571
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7532
ポリマ－8,6571
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: ubiquitin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6571
ポリマ－8,6571
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.563, 53.285, 56.866
Angle α, β, γ (deg.)96.86, 104.94, 110.96
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
ubiquitin


分子量: 8656.811 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 1-76 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: phosphorylation at Ser65 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / プラスミド: pET17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CG47
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 30% (w/v) PEG 8000, 0.2 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→32.28 Å / Num. obs: 39104 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.425 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ubq

1ubq


解像度: 1.9→32.28 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 24.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2375 1904 4.87 %random
Rwork0.1934 ---
obs0.1956 39071 97.2 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→32.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4559 0 35 356 4950
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064657
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9976313
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4081765
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036753
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004807
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9001-1.94760.27181330.23092577X-RAY DIFFRACTION96
1.9476-2.00020.29361470.21552630X-RAY DIFFRACTION96
2.0002-2.05910.26531150.20552655X-RAY DIFFRACTION96
2.0591-2.12550.26991350.2182616X-RAY DIFFRACTION96
2.1255-2.20150.26751500.19692608X-RAY DIFFRACTION96
2.2015-2.28960.23711310.20762705X-RAY DIFFRACTION97
2.2896-2.39380.26671140.20132663X-RAY DIFFRACTION97
2.3938-2.51990.27331510.20252649X-RAY DIFFRACTION98
2.5199-2.67770.25291250.20382676X-RAY DIFFRACTION97
2.6777-2.88440.25741240.20122676X-RAY DIFFRACTION97
2.8844-3.17440.25611390.20012670X-RAY DIFFRACTION97
3.1744-3.63320.23451480.18292661X-RAY DIFFRACTION98
3.6332-4.57540.19531430.16522681X-RAY DIFFRACTION98
4.5754-32.28530.19831490.18792700X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.132-0.59820.71432.8470.31892.36750.0485-0.21380.0530.10710.08170.15320.1038-0.191-0.09890.0607-0.01990.00450.09220.01090.126-16.8804-27.684761.9789
22.02010.55590.34742.8095-0.67152.94290.0441-0.1068-0.048-0.1709-0.0134-0.16460.09030.2302-0.04740.0760.02980.01160.0837-0.00520.1275.6046-27.716562.9191
32.0253-0.08880.11982.298-0.24763.6037-0.0367-0.15180.10730.31080.02810.2827-0.0422-0.47750.00470.16350.0190.00940.2862-0.00540.16-34.2454-22.510735.5135
42.4988-0.26491.28083.3934-1.09251.7960.07280.42130.0911-0.3568-0.2266-0.26270.10220.61450.05050.17050.00470.02490.35970.05080.1578-11.8358-21.330736.2158
51.9640.0987-0.69932.13290.48752.10380.0085-0.02030.09420.0579-0.00560.1674-0.0999-0.25390.03170.13850.0152-0.00030.1084-0.0180.1469-16.131-3.246262.5146
61.92760.58580.04381.9966-0.89841.31530.0366-0.14840.12020.15070.00390.0087-0.15960.0021-0.03970.12260.01890.00880.0959-0.02390.10243.873-5.749273.2684
71.1695-0.0287-0.40851.93610.33532.2562-0.05750.1623-0.1819-0.30490.05340.00060.1271-0.07820.00050.2099-0.05210.02270.2448-0.02780.174212.63311.600848.3617
81.56320.6109-0.03232.2486-0.50322.39720.04820.0153-0.01880.09-0.0816-0.0913-0.2049-0.1077-0.01650.36970.0334-0.0020.36880.00220.22-10.09085.021935.6072
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D
5X-RAY DIFFRACTION5chain E
6X-RAY DIFFRACTION6chain F
7X-RAY DIFFRACTION7chain G
8X-RAY DIFFRACTION8chain H

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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