ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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XDS | January 10, 2014データ削減 | PHENIX | 1.9_1692精密化 | PDB_EXTRACT | 3.15 | データ抽出 | XSCALE | | データスケーリング | SHELXDE | | 位相決定 | PHASER | | 位相決定 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→42.62 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 37.71 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.22 | 665 | 5 % | Random selection |
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Rwork | 0.198 | 12630 | - | - |
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obs | 0.199 | 13295 | 73.95 % | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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原子変位パラメータ | Biso max: 189.52 Å2 / Biso mean: 59.2244 Å2 / Biso min: 25.47 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.9→42.62 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1597 | 0 | 4 | 31 | 1632 |
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Biso mean | - | - | 77.52 | 50.79 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 210 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.003 | 1631 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.625 | 2217 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.025 | 261 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.004 | 282 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d13.403 | 571 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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1.9015-2.0483 | 0.2941 | 51 | 0.2918 | 976 | X-RAY DIFFRACTION | 29 | 2.0483-2.2545 | 0.4107 | 101 | 0.2699 | 1925 | X-RAY DIFFRACTION | 57 | 2.2545-2.5807 | 0.2919 | 151 | 0.2656 | 2869 | X-RAY DIFFRACTION | 85 | 2.5807-3.2512 | 0.2661 | 179 | 0.2395 | 3394 | X-RAY DIFFRACTION | 99 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 12.7649 Å / Origin y: 37.1205 Å / Origin z: 15.0227 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.3219 Å2 | -0.1233 Å2 | 0.062 Å2 | - | 0.2744 Å2 | -0.0868 Å2 | - | - | 0.2865 Å2 |
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L | 2.8235 °2 | -1.7055 °2 | 1.8755 °2 | - | 3.2481 °2 | -1.4713 °2 | - | - | 4.4391 °2 |
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S | -0.2713 Å ° | 0.03 Å ° | 0.209 Å ° | -0.1597 Å ° | 0.0927 Å ° | -0.2078 Å ° | 0.1787 Å ° | -0.0097 Å ° | 0.1719 Å ° |
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精密化 TLSグループ | Selection details: chain A |
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