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- PDB-4wzf: Crystal structural basis for Rv0315, an immunostimulatory antigen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wzf
タイトルCrystal structural basis for Rv0315, an immunostimulatory antigen and pseudo beta-1, 3-glucanase of Mycobacterium tuberculosis
要素1,3-beta-glucanase
キーワードHYDROLASE ACTIVATOR / Mycobacterium tuberculosis / Rv0315 / GH16 laminarinases / beta-1 / 3-glucanase / DC maturation
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Glycosyl hydrolases family 16 / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Possible beta-1,3-glucanase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.699 Å
データ登録者Dong, W.Y. / Fu, Z.F. / Peng, G.Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation31421064 中国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Crystal structural basis for Rv0315, an immunostimulatory antigen and inactive beta-1,3-glucanase of Mycobacterium tuberculosis.
著者: Dong, W. / Huang, J. / Li, Y. / Tan, Y. / Shen, Z. / Song, Y. / Wang, D. / Xiao, S. / Chen, H. / Fu, Z.F. / Peng, G.
履歴
登録2014年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1,3-beta-glucanase
B: 1,3-beta-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,6367
ポリマ－66,3702
非ポリマー2665
水11,872659
1
A: 1,3-beta-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3494
ポリマ－33,1851
非ポリマー1643
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 1,3-beta-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2873
ポリマ－33,1851
非ポリマー1022
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)135.133, 65.847, 67.449
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.17, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-503-

HOH

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要素

#1: タンパク質 1,3-beta-glucanase / Beta-1 / 3-glucanase / Possible beta-1


分子量: 33184.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: Rv0315, RVBD_0315, LH57_01715, P425_00327 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O07242
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 659 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 0.2M Ammonium phosphate monobasic, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97917 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97917 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.699→50 Å / Num. obs: 62875 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 9.51
反射 シェル解像度: 1.699→1.76 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.228 / Mean I/σ(I) obs: 7.13 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-3000data processing
PHENIX位相決定
精密化解像度: 1.699→24.783 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2112 3096 5.01 %RANDOM
Rwork0.1817 ---
obs0.1831 61817 98.1 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.699→24.783 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3802 0 14 659 4475
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083983
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1715448
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.521368
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05513
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007729
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.699-1.72560.22421230.20542549X-RAY DIFFRACTION94
1.7256-1.75390.23191270.19482691X-RAY DIFFRACTION100
1.7539-1.78410.26411310.18972744X-RAY DIFFRACTION100
1.7841-1.81650.22271560.19022652X-RAY DIFFRACTION100
1.8165-1.85150.21391370.18382698X-RAY DIFFRACTION100
1.8515-1.88920.20951600.18772696X-RAY DIFFRACTION100
1.8892-1.93030.22091440.18572736X-RAY DIFFRACTION100
1.9303-1.97520.2441390.17782670X-RAY DIFFRACTION100
1.9752-2.02460.19891160.17682703X-RAY DIFFRACTION100
2.0246-2.07930.19671530.17122687X-RAY DIFFRACTION99
2.0793-2.14040.22451330.17562746X-RAY DIFFRACTION100
2.1404-2.20950.21051630.18162703X-RAY DIFFRACTION100
2.2095-2.28840.25491430.1832675X-RAY DIFFRACTION100
2.2884-2.37990.25781480.18732714X-RAY DIFFRACTION100
2.3799-2.48820.21351520.19182712X-RAY DIFFRACTION100
2.4882-2.61920.20771450.18562696X-RAY DIFFRACTION100
2.6192-2.78310.18961590.18652719X-RAY DIFFRACTION100
2.7831-2.99760.21951400.18482701X-RAY DIFFRACTION99
2.9976-3.29870.18281390.17212667X-RAY DIFFRACTION98
3.2987-3.77460.17611430.17052609X-RAY DIFFRACTION95
3.7746-4.75010.1961190.16392500X-RAY DIFFRACTION91
4.7501-24.7860.24471260.2072453X-RAY DIFFRACTION87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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