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- PDB-4wyj: Adenovirus 3 head domain mutant V239D -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wyj
タイトルAdenovirus 3 head domain mutant V239D
要素Fiber protein
キーワードVIRAL PROTEIN / adenovirus head domain
機能・相同性
機能・相同性情報


adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / viral capsid / cell adhesion / symbiont entry into host cell / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能
Adenovirus pIV-related, attachment domain / Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human adenovirus B serotype 3 (ヒトアデノウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Lieber, A. / Zubieta, C. / Fender, P.
引用ジャーナル: Mol Ther Methods Clin Dev / 年: 2015
タイトル: Preclinical safety and efficacy studies with an affinity-enhanced epithelial junction opener and PEGylated liposomal doxorubicin.
著者: Richter, M. / Yumul, R. / Wang, H. / Saydaminova, K. / Ho, M. / May, D. / Baldessari, A. / Gough, M. / Drescher, C. / Urban, N. / Roffler, S. / Zubieta, C. / Carter, D. / Fender, P. / Lieber, A.
履歴
登録2014年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fiber protein
B: Fiber protein
C: Fiber protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,76513
ポリマ－64,8043
非ポリマー96110
水4,414245
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7330 Å2
ΔGint-161 kcal/mol
Surface area24550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.566, 137.566, 108.939
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Fiber protein / SPIKE / Protein IV


分子量: 21601.404 Da / 分子数: 3 / 変異: V239D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human adenovirus B serotype 3 (ヒトアデノウイルス)
遺伝子: L5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04501
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 1.75M magnesium sulfate, 0.1M TAPS, pH 9.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→44.41 Å / Num. obs: 30619 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 76.39 Å2 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 2.65→2.74 Å / 冗長度: 8.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.43 / % possible all: 90.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1H7Z

1h7z


解像度: 2.65→44.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9443 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9281 / SU R Cruickshank DPI: 0.297 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.317 / SU Rfree Blow DPI: 0.216 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.214
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2049 1545 5.05 %RANDOM
Rwork0.1757 ---
obs0.1772 30618 98.99 %-
原子変位パラメータBiso mean: 70.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.3246 Å20 Å20 Å2
2--6.3246 Å20 Å2
3----12.6491 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.368 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.65→44.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4442 0 50 245 4737
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014590HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.176256HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1507SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes113HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes649HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4590HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.56
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.04
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion612SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4919SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.74 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2835 133 4.92 %
Rwork0.2419 2571 -
all0.2439 2704 -
obs--98.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7705-0.4505-0.57422.45070.62621.58570.0110.5636-0.0372-0.6290.03090.0028-0.12410.2199-0.04180.0215-0.00750.0307-0.0807-0.0148-0.2787-7.522224.36036.0716
24.7113-0.49931.76442.1848-0.27352.9233-0.1555-0.47730.9845-0.17050.0672-0.1599-0.4394-0.05110.0883-0.1499-0.00790.0089-0.2982-0.0607-0.0087-7.159244.870825.2657
32.86660.70270.79292.8411.11622.67260.06740.117-0.08990.04780.1876-0.71330.13350.568-0.255-0.27620.00560.0297-0.0668-0.07910.005114.205426.753524.0282
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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