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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4wy9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the periplasmic sensory domain of the Campylobacter jejuni chemoreceptor Tlp1 | ||||||
![]() | Putative MCP-type signal transduction protein | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / Campylobacter jejuni / chemotaxis / transducer-like proteins / methyl-accepting proteins / sensory domain | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Roujeinikova, A. / Machuca, M.A. / Liu, Y.C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of the tandem-PAS sensing domain of Campylobacter jejuni chemoreceptor Tlp1 suggests indirect mechanism of ligand recognition. 著者: Machuca, M.A. / Liu, Y.C. / Beckham, S.A. / Gunzburg, M.J. / Roujeinikova, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 154.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 120.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 432.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 435.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33243.496 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 31-327 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: NCTC 11168 / 遺伝子: Cj1506c / プラスミド: pET151/D-TOPO / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.94 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 200 mM ammonium acetate, 23%(w/v) PEG 3350 and 100 mM Bis-Tris pH 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→38.27 Å / Num. obs: 49677 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.031 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 11.9 / Num. measured all: 97980 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.149 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. measured all: 3448 / Num. unique all: 1741 / CC1/2: 0.944 / Rpim(I) all: 0.149 / Rejects: 0 / % possible all: 66.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: TlpC 解像度: 1.4→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 1.766 / SU ML: 0.032 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.056 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 84.89 Å2 / Biso mean: 17.065 Å2 / Biso min: 5.47 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.4→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
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