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- PDB-4wy0: PdxS (G. stearothermophilus) co-crystallized with R5P in the pres... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wy0
タイトルPdxS (G. stearothermophilus) co-crystallized with R5P in the presence of ammonia.
要素(Pyridoxal biosynthesis lyase ...) x 3
キーワードLYASE / pyridoxal 5-phosphate / glutamine amidotransferase / vitamin b6
機能・相同性
機能・相同性情報


pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) activity / pyridoxal phosphate biosynthetic process / pyridoxine biosynthetic process / amino acid metabolic process
類似検索 - 分子機能
Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS/SNZ / PdxS/SNZ N-terminal domain / SOR/SNZ family / PdxS/SNZ family signature. / PdxS/SNZ family profile. / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / PHOSPHATE ION / RIBOSE-5-PHOSPHATE / Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus kaustophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Smith, J.L. / Smith, A.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Crystal structures capture three states in the catalytic cycle of a pyridoxal phosphate (PLP) synthase.
著者: Smith, A.M. / Brown, W.C. / Harms, E. / Smith, J.L.
履歴
登録2014年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月19日Group: Refinement description
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Pyridoxal biosynthesis lyase PdxS
B: Pyridoxal biosynthesis lyase PdxS
C: Pyridoxal biosynthesis lyase PdxS
D: Pyridoxal biosynthesis lyase PdxS
E: Pyridoxal biosynthesis lyase PdxS
F: Pyridoxal biosynthesis lyase PdxS
G: Pyridoxal biosynthesis lyase PdxS
H: Pyridoxal biosynthesis lyase PdxS
I: Pyridoxal biosynthesis lyase PdxS
J: Pyridoxal biosynthesis lyase PdxS
K: Pyridoxal biosynthesis lyase PdxS
L: Pyridoxal biosynthesis lyase PdxS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)399,43231
ポリマ－396,57012
非ポリマー2,86219
水22,2671236
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area44080 Å2
ΔGint-173 kcal/mol
Surface area99900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.680, 107.198, 178.215
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.240, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11G
21F
31A
41B
51C
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71E
81H
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12G
22A
32B
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52D
62E
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82H
92I
102J
112K
122L

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111G6 - 80
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NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.886425, -0.383195, 0.259638), (-0.408302, -0.383101, 0.828567), (-0.218035, -0.840473, -0.49605)0.14052, -0.6677, -87.701103
3given(-0.999976, -0.00216, 0.006636), (0.003045, -0.990649, 0.136404), (0.006279, 0.136421, 0.990631)-119.71608, -12.9039, 1.47043
4given(0.963982, -0.109676, 0.242301), (-0.146104, 0.542884, 0.827001), (-0.222244, -0.832615, 0.507306)7.6004, 24.102249, -43.489521
5given(-0.856779, 0.511358, -0.06666), (0.515667, 0.8485, -0.118894), (-0.004237, -0.136241, -0.990667)-110.062714, 24.674561, -89.45314
6given(-0.882246, 0.433659, 0.183252), (0.40598, 0.503709, 0.762533), (0.238374, 0.747139, -0.620453)-101.646004, 53.384449, -49.730431
7given(0.969822, -0.122413, -0.210858), (-0.116931, 0.525357, -0.842809), (0.213946, 0.842031, 0.495189)-13.74174, -48.89753, -0.74888
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9given(-0.953882, 0.17807, 0.241663), (0.146605, -0.426158, 0.89269), (0.261948, 0.88695, 0.380398)-105.922493, 35.25914, -2.34556
10given(-0.969041, 0.090842, -0.229581), (0.118246, -0.645524, -0.754531), (-0.216743, -0.758319, 0.614797)-128.340561, -42.502811, -37.15905
11given(-0.897197, 0.331725, -0.29154), (0.388539, 0.279087, -0.87815), (-0.20994, -0.901149, -0.379284)-124.987518, -21.98192, -81.891296
12given(0.898663, -0.374567, -0.228263), (-0.380178, -0.405548, -0.831262), (0.218792, 0.833805, -0.506853)-21.68446, -72.926521, -45.11264
13given(1), (1), (1)
14given(-0.999987, 0.000326, -0.005091), (-0.0011, -0.988257, 0.152797), (-0.004981, 0.152801, 0.988244)-119.813271, -13.17676, 0.5748
15given(0.96774, -0.101494, 0.230605), (-0.142541, 0.534168, 0.833275), (-0.207754, -0.839264, 0.502469)7.94804, 23.96615, -43.26899
16given(-0.858314, 0.512085, -0.032648), (0.511472, 0.848714, -0.134466), (-0.04115, -0.132113, -0.99038)-107.287567, 23.098459, -92.55484
17given(-0.890501, 0.406379, 0.204605), (0.406817, 0.509813, 0.758018), (0.203732, 0.758253, -0.619311)-100.027832, 53.142719, -52.681019
18given(0.964437, -0.143879, -0.22172), (-0.112348, 0.536153, -0.836611), (0.239246, 0.831769, 0.500921)-13.7865, -48.665989, 0.21589
19given(0.894055, -0.359128, 0.267754), (-0.405006, -0.392644, 0.825713), (-0.191404, -0.846675, -0.496494)2.31169, -1.14771, -86.957771
20given(0.85788, -0.512366, 0.039031), (-0.512539, -0.858642, -0.006189), (0.036685, -0.014696, -0.999219)-11.98123, -49.13076, -87.176483
21given(-0.96286, 0.147588, 0.226093), (0.147894, -0.412289, 0.898969), (0.225893, 0.899019, 0.375149)-106.038757, 35.24448, -5.64502
22given(-0.962804, 0.112578, -0.245631), (0.114442, -0.653599, -0.748139), (-0.244768, -0.748422, 0.616404)-127.340271, -42.90976, -39.484249
23given(-0.889337, 0.373924, -0.263173), (0.376647, 0.272728, -0.8853), (-0.25926, -0.886454, -0.383385)-120.876381, -23.670759, -86.318604
24given(0.890909, -0.40274, -0.209957), (-0.375941, -0.394516, -0.838466), (0.254853, 0.825928, -0.502884)-20.23572, -73.325127, -43.833961

-
要素

-
Pyridoxal biosynthesis lyase ... , 3種, 12分子 ACEGIJKLBDHF

#1: タンパク質
Pyridoxal biosynthesis lyase PdxS


分子量: 33115.984 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus (strain HTA426) (バクテリア)
株: HTA426 / 遺伝子: pdxS, GK0011 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5L3Y2, 付加脱離酵素（リアーゼ）
#2: タンパク質 Pyridoxal biosynthesis lyase PdxS


分子量: 32904.898 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus (strain HTA426) (バクテリア)
株: HTA426 / 遺伝子: pdxS, GK0011 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5L3Y2, 付加脱離酵素（リアーゼ）
#3: タンパク質 Pyridoxal biosynthesis lyase PdxS


分子量: 32927.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus (strain HTA426) (バクテリア)
株: HTA426 / 遺伝子: pdxS, GK0011 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5L3Y2, 付加脱離酵素（リアーゼ）

-
糖 , 1種, 7分子

#6: 糖
ChemComp-R5P / RIBOSE-5-PHOSPHATE / D-リボ-ス5-りん酸


タイプ: saccharide / 分子量: 230.110 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H11O8P

-
非ポリマー , 4種, 1248分子

#4: 化合物
ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#5: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: PO4
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: PEG 8000, Na cacodylate, ammonium citrate / PH範囲: 7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月13日 / 詳細: K-B pair of biomorph mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 158883 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Χ2: 1.278 / Net I/av σ(I): 15.485 / Net I/σ(I): 9.6 / Num. measured all: 608487
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.8 % / Rejects: _

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.3-2.380.74158581.185100
2.38-2.480.556158071.195100
2.48-2.590.417157841.217100
2.59-2.730.296158171.246100
2.73-2.90.219158791.317100
2.9-3.120.152158551.317100
3.12-3.440.096158311.263100
3.44-3.930.081159171.518100
3.93-4.950.067159861.464100
4.95-500.053161491.05299.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
HKL-2000データ削減
PHASER2.5.2位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZNN

1znn


解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / WRfactor Rfree: 0.226 / WRfactor Rwork: 0.1956 / FOM work R set: 0.8166 / SU B: 7.084 / SU ML: 0.166 / SU R Cruickshank DPI: 0.2955 / SU Rfree: 0.2071 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.295 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2223 7970 5 %RANDOM
Rwork0.1913 150841 --
obs0.1929 158883 99.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 130.46 Å2 / Biso mean: 49.576 Å2 / Biso min: 27.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4 Å2-0 Å2-1.06 Å2
2--1.14 Å20 Å2
3----1.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22595 0 155 1236 23986
Biso mean--77.76 49.7 -
残基数----2988
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01923019
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0222745
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0851.98131085
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.739352174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.33852964
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.65624.002977
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.354153966
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.78215191
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.23606
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0225884
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.024799
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.434.70611928
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.434.70611927
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.9247.03914868
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: TIGHT THERMAL / Weight position: 0.5

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11G7518.12
12F7514.35
13A7515.88
14B7516.32
15C7514.75
16D7515.25
17E7514.73
18H7516.58
19I7515.43
1107513.71
111G7513.1
112F7519.56
21G28894.89
22A28894.86
23B28893.71
24C28894.65
25D28893.19
26E28894.12
27F28893.73
28H28894.21
29I28893.76
21028893.56
211G28893.68
212A28895.82
LS精密化 シェル解像度: 2.292→2.352 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 526 -
Rwork0.28 10407 -
all-10933 -
obs--92.97 %

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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