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- PDB-4wxh: Carminomycin-4-O-methyltransferase (DnrK) variant (298Ser insert)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wxh
タイトルCarminomycin-4-O-methyltransferase (DnrK) variant (298Ser insert) in complex with S-adenosyl-L-homocysteine (SAH) and aclacinomycin T
要素Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK
キーワードTRANSFERASE / methyltransferase / mono-oxygenase / SAH binding / antibiotic binding
機能・相同性
機能・相同性情報


carminomycin 4-O-methyltransferase / daunorubicin biosynthetic process / O-methyltransferase activity / methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1350 / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / O-methyltransferase COMT-type / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Helix Hairpins / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...Helix Hairpins - #1350 / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / O-methyltransferase COMT-type / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Helix Hairpins / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3VL / (2R,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces peucetius (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Metsa-Ketela, M. / Niiranen, L.
資金援助 フィンランド, 1件
組織認可番号国
Academy of Finland136060 フィンランド
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Divergent evolution of an atypical S-adenosyl-l-methionine-dependent monooxygenase involved in anthracycline biosynthesis.
著者: Grocholski, T. / Dinis, P. / Niiranen, L. / Niemi, J. / Metsa-Ketela, M.
履歴
登録2014年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月12日Group: Database references
改定 1.22015年8月19日Group: Database references
改定 1.32018年2月28日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK
B: Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,94012
ポリマ－80,3972
非ポリマー2,54310
水6,179343
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7700 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area26450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.803, 100.995, 62.398
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.47, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK / COMT / Anthracycline 4-O-methyltransferase


分子量: 40198.496 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-356 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 298S insert
由来: (組換発現) Streptomyces peucetius (バクテリア)
遺伝子: dnrK / プラスミド: pBHBdeltaHis / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: Q06528, carminomycin 4-O-methyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 353分子

#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-3VL / methyl (1R,2R,4S)-2-ethyl-2,5,7-trihydroxy-6,11-dioxo-4-{[2,3,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-alpha-L-lyxo-hexopyranosyl]oxy}-1,2,3,4,6,11-hexahydrotetracene-1-carboxylate / aclacinomycin T / アクラシノマイシンT


分子量: 569.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H35NO10
#4: 化合物 ChemComp-DTU / (2R,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / ジチオエリトリト-ル


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.75 / 詳細: 0.1 M BisTris, 24% PEG3350, 0.2 M ammonium sulphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9751 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月22日
放射モノクロメーター: Silicon crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9751 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→52.1 Å / Num. obs: 55954 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 20.961 Å2 / Rsym value: 0.139 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.676 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TW3

1tw3


解像度: 1.9→52.168 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2335 2833 5.07 %random selection
Rwork0.1932 ---
obs0.1952 55913 96.56 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→52.168 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5284 0 167 343 5794
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095631
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3187703
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0752070
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087892
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007992
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.93280.35841410.32352606X-RAY DIFFRACTION96
1.9328-1.96790.36431370.3332599X-RAY DIFFRACTION95
1.9679-2.00580.39811320.34842633X-RAY DIFFRACTION96
2.0058-2.04670.35781520.33372579X-RAY DIFFRACTION95
2.0467-2.09120.35151340.31322617X-RAY DIFFRACTION95
2.0912-2.13990.38351290.28892605X-RAY DIFFRACTION95
2.1399-2.19340.29051410.23542559X-RAY DIFFRACTION94
2.1934-2.25270.2551510.20642647X-RAY DIFFRACTION97
2.2527-2.3190.23731560.18982663X-RAY DIFFRACTION98
2.319-2.39380.21491300.17882724X-RAY DIFFRACTION98
2.3938-2.47940.23781550.17342655X-RAY DIFFRACTION98
2.4794-2.57860.22431520.17982690X-RAY DIFFRACTION98
2.5786-2.6960.25021440.17372676X-RAY DIFFRACTION98
2.696-2.83810.24541320.17942662X-RAY DIFFRACTION96
2.8381-3.01590.22591470.17232686X-RAY DIFFRACTION98
3.0159-3.24880.21551520.17532683X-RAY DIFFRACTION98
3.2488-3.57560.20471390.16092704X-RAY DIFFRACTION98
3.5756-4.09290.18411320.15352652X-RAY DIFFRACTION95
4.0929-5.15580.16391460.15712709X-RAY DIFFRACTION98
5.1558-52.18750.20361310.18652731X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.2407 Å / Origin y: 0.0011 Å / Origin z: 14.366 Å
111213212223313233
T0.134 Å2-0.014 Å2-0.0045 Å2-0.1515 Å2-0.0026 Å2--0.1063 Å2
L0.7952 °2-0.8317 °20.0043 °2-1.449 °2-0.0342 °2--0.1338 °2
S-0.0656 Å °-0.0831 Å °0.01 Å °0.1685 Å °0.0562 Å °0.0048 Å °-0.0106 Å °-0.0035 Å °0.0104 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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