登録情報 データベース : PDB / ID : 4wxb 構造の表示 ダウンロードとリンクタイトル Crystal Structure of Serine Hydroxymethyltransferase from Streptococcus thermophilus 要素Serine hydroxymethyltransferase 詳細 キーワード TRANSFERASE / Aldolase / Serine hydrodymethyltransferase / Aldehydes / Catalysis / Catalytic Domain / Escherichia coli / Chemical / Protein Binding / Protein Conformation / Protein Structure機能・相同性 機能・相同性情報分子機能 ドメイン・相同性 構成要素
serine binding / L-serine catabolic process / glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / tetrahydrofolate interconversion / cobalt ion binding / folic acid metabolic process / pyridoxal phosphate binding / zinc ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 Serine hydroxymethyltransferase, pyridoxal phosphate binding site / Serine hydroxymethyltransferase pyridoxal-phosphate attachment site. / : / Serine hydroxymethyltransferase / Serine hydroxymethyltransferase-like domain / Serine hydroxymethyltransferase / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase 類似検索 - ドメイン・相同性 CACODYLATE ION / CITRIC ACID / Serine hydroxymethyltransferase 類似検索 - 構成要素生物種 Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)手法 X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度 : 2.05 Å 詳細データ登録者 Hernandez, K. / Zelen, I. / Petrillo, G. / Uson, I. / Wandtke, C. / Bujons, J. / Joglar, J. / Parella, T. / Clapes, P. 資金援助 スペイン, 2件 詳細 詳細を隠す組織 認可番号 国 Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities BIO2006-14139 スペイン Spanish Ministry of Economy and Competitiveness BFU2012-35367 スペイン
引用ジャーナル : Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年 : 2015タイトル : Engineered L-Serine Hydroxymethyltransferase from Streptococcus thermophilus for the Synthesis of alpha , alpha-Dialkyl-alpha-Amino Acids.著者 : Hernandez, K. / Zelen, I. / Petrillo, G. / Uson, I. / Wandtke, C.M. / Bujons, J. / Joglar, J. / Parella, T. / Clapes, P. 履歴 登録 2014年11月13日 登録サイト : PDBE / 処理サイト : PDBE改定 1.0 2015年2月4日 Provider : repository / タイプ : Initial release改定 1.1 2015年3月4日 Group : Database references改定 2.0 2017年9月13日 Group : Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculationsカテゴリ : atom_site / pdbx_audit_support / struct_site_genItem : _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ... _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_site_gen.auth_seq_id 改定 3.0 2019年10月23日 Group : Advisory / Atomic model ... Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary カテゴリ : atom_site / atom_sites ... atom_site / atom_sites / computing / diffrn / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / pdbx_version / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell / struct / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range / struct_site_gen Item : _atom_site.auth_seq_id / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] ... _atom_site.auth_seq_id / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.deposit_site / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.aniso_B[1][2] / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error / _refine_ls_shell.d_res_low / _refine_ls_shell.number_reflns_all / _reflns.pdbx_redundancy / _reflns_shell.number_unique_obs / _reflns_shell.percent_possible_all / _struct.pdbx_CASP_flag / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id 解説 : Sequence discrepancy / Provider : author / タイプ : Coordinate replacement改定 3.1 2024年1月10日 Group : Data collection / Database references / Refinement descriptionカテゴリ : chem_comp_atom / chem_comp_bond ... chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item : _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
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