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- PDB-4wx1: Structure of Aspergillus fumigatus UDP-Galactopyranose mutase mut... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wx1
タイトルStructure of Aspergillus fumigatus UDP-Galactopyranose mutase mutant F66A determined from a crystal soaked with UDP-Galactopyranose
要素UDP-galactopyranose mutase
キーワードISOMERASE / FLAVIN ADENINE DINUCLEOTIDE BINDING / NUCLEOTIDE BINDING / MUTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-galactopyranose mutase / UDP-galactopyranose mutase activity / cell wall organization / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
NAD(P)-binding Rossmann-like domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP-galactopyranose mutase
類似検索 - 構成要素
生物種Neosartorya fumigata (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Qureshi, I.A. / Chaudhary, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM094469 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Contributions of Unique Active Site Residues of Eukaryotic UDP-Galactopyranose Mutases to Substrate Recognition and Active Site Dynamics.
著者: Da Fonseca, I. / Qureshi, I.A. / Mehra-Chaudhary, R. / Kizjakina, K. / Tanner, J.J. / Sobrado, P.
履歴
登録2014年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月31日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-galactopyranose mutase
B: UDP-galactopyranose mutase
C: UDP-galactopyranose mutase
D: UDP-galactopyranose mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,21721
ポリマ－228,2104
非ポリマー5,00717
水9,656536
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17460 Å2
ΔGint-182 kcal/mol
Surface area72330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)217.943, 217.943, 321.122
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
UDP-galactopyranose mutase


分子量: 57052.391 Da / 分子数: 4 / 変異: F66A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neosartorya fumigata (カビ) / 遺伝子: glf, glfA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4W1X2, UDP-galactopyranose mutase

-
非ポリマー , 5種, 553分子

#2: 化合物
ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / FADH2


分子量: 787.566 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H35N9O15P2
#3: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 536 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 1.2 - 1.4 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium acetate at pH 4.5. Crystal was soaked in 100 mM UDP-galactopyranose for 75 minutes.
PH範囲: 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→162.72 Å / Num. obs: 224393 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 32.91 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.174 / Rpim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 13.1 / Num. measured all: 2997337 / Scaling rejects: 404
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.2-2.2413.81.4032151455109990.5650.392100
12.05-162.7212.20.02740.418896154610.00897.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.6データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 3UTG

3utg


解像度: 2.2→103.192 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2208 11257 5.02 %
Rwork0.1878 213108 -
obs0.1895 224365 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 91.49 Å2 / Biso mean: 40.2672 Å2 / Biso min: 19.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→103.192 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15479 0 319 536 16334
Biso mean--39.23 37.37 -
残基数----2020
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00716195
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0722144
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0392442
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052855
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4345932
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.2250.33733990.289469907389100
2.225-2.25120.32143500.286870647414100
2.2512-2.27860.29353780.269970247402100
2.2786-2.30750.30453660.267570877453100
2.3075-2.33780.3163690.259970617430100
2.3378-2.36990.27093680.254370487416100
2.3699-2.40370.27693670.242570547421100
2.4037-2.43960.28323610.242270707431100
2.4396-2.47770.284010.236570497450100
2.4777-2.51840.25613590.232370767435100
2.5184-2.56180.27743770.232270277404100
2.5618-2.60840.26214040.225970627466100
2.6084-2.65860.2723540.223370977451100
2.6586-2.71280.26393660.219370647430100
2.7128-2.77180.26113750.220370797454100
2.7718-2.83630.25943400.213471147454100
2.8363-2.90720.26163600.21870987458100
2.9072-2.98580.28223780.215871007478100
2.9858-3.07370.24254080.20970337441100
3.0737-3.17290.23733570.213771047461100
3.1729-3.28630.23073820.199370937475100
3.2863-3.41790.25424080.201170817489100
3.4179-3.57350.18743660.18257113747999
3.5735-3.76190.20473670.1687132749999
3.7619-3.99760.18283480.15067161750999
3.9976-4.30630.16174000.13497116751699
4.3063-4.73960.14433580.12377203756199
4.7396-5.42540.163950.13047161755699
5.4254-6.83530.20123870.16097252763998
6.8353-103.30540.17134090.15467495790497
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3603-0.1299-0.26310.22340.07350.6302-0.040.3053-0.0204-0.0163-0.0048-0.0399-0.0146-0.05830.03390.20640.0220.04350.3584-0.00940.427571.692277.7795160.4279
20.5885-0.3355-0.010.5696-0.05970.6711-0.0891-0.05620.0070.15380.03860.068-0.0298-0.01850.0450.27950.04460.01960.2101-0.03190.362924.6005103.4095212.5957
31.1986-0.0021-0.10550.33370.08780.8954-0.02460.4334-0.2393-0.07350.0631-0.03660.1160.0878-0.03290.21650.0082-0.0370.4333-0.10780.386825.762668.2562150.5228
40.7102-0.5791-0.11120.98660.15750.7144-0.1193-0.1132-0.14820.32740.13790.18930.0412-0.0472-0.0180.32830.06070.04120.24130.0840.386442.295259.9338222.916
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and not resname FDAA0
2X-RAY DIFFRACTION2chain B and not resname FDAB0
3X-RAY DIFFRACTION3chain C and not resname FDAC0
4X-RAY DIFFRACTION4chain D and not resname FDAD0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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