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- PDB-4wv8: Crystal structure of a recombinant Vatairea macrocarpa seed lecti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wv8
タイトルCrystal structure of a recombinant Vatairea macrocarpa seed lectin complexed with lactose
要素Seed lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Recombinant / Lectin / Legume / Dalbergieae
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls ...Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-lactose / : / Seed lectin
類似検索 - 構成要素
生物種Vatairea macrocarpa (マメ科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Sousa, B.L. / Silva-Filho, J.C. / Kumar, P. / Lyskowski, A. / Bezerra, G.A. / Delatorre, P. / Rocha, B.A.M. / Cunha, R.M.S. / Nagano, C.S. / Gruber, K. / Cavada, B.S.
引用ジャーナル: Int J Biochem Cell Biol / 年: 2016
タイトル: Structural characterization of a Vatairea macrocarpa lectin in complex with a tumor-associated antigen: A new tool for cancer research.
著者: Bruno L Sousa / José C Silva-Filho / Prashant Kumar / Melissa A Graewert / Ronniery I Pereira / Rodrigo M S Cunha / Kyria S Nascimento / Gustavo A Bezerra / Plínio Delatorre / Kristina ...著者: Bruno L Sousa / José C Silva-Filho / Prashant Kumar / Melissa A Graewert / Ronniery I Pereira / Rodrigo M S Cunha / Kyria S Nascimento / Gustavo A Bezerra / Plínio Delatorre / Kristina Djinovic-Carugo / Celso S Nagano / Karl Gruber / Benildo S Cavada /
要旨: Legume lectins are the most thoroughly studied group of lectins and have been widely linked to many pathological processes. Their use as immunohistochemistry markers for cell profiling and cancer ...Legume lectins are the most thoroughly studied group of lectins and have been widely linked to many pathological processes. Their use as immunohistochemistry markers for cell profiling and cancer diagnosis have made these molecules important tools for immunological studies and have stimulated the prospection and characterization of new lectins. The crystal structures of a recombinant seed lectin from Vatairea macrocarpa (rVML) and its complexes with GalNAcα1-O-Ser, GalNAc and α-lactose, have been determined at 1.90, 1.97, 2.70 and 1.83Å resolution, respectively. Small angle X-ray scattering and calorimetry assays have confirmed the same pH stable oligomerization pattern and binding profiles proposed for its wild-type counterpart. In silico analyzes have explored the potential of this recombinant lectin as new tool for cancer research through a comparative profile with other legume lectins widely used for cancer diagnosis and prognosis. The results suggest the recognition of specific epitopes exhibited on different cancer cells as a process that relies on the disposition of hydrophobic clusters and charged regions around the lectin carbohydrate-binding site, favouring the anchorage of different groups in the antigen boundaries, highlighting the different potential of each analyzed lectin. In conclusion, the experimental results and comparative analysis show that rVML is as a promising tool for cancer research, able to bind with high affinity specific tumor-associated antigens, highly stable and easily produced.
履歴
登録2014年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Seed lectin
B: Seed lectin
C: Seed lectin
D: Seed lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,16216
ポリマ－105,4134
非ポリマー1,74912
水12,448691
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9390 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area35560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.644, 97.427, 78.667
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.680, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Seed lectin / VML


分子量: 26353.154 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vatairea macrocarpa (マメ科) / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Codon-plus / 参照: UniProt: P81371
#2: 多糖
beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-lactose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-lactose
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 691 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.52 % / 解説: Cubic crystal
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Jeffamine 50% / PH範囲: 7.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.872 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→82.045 Å / Num. all: 100813 / Num. obs: 100813 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.1 % / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.097 / Rsym value: 0.081 / Net I/av σ(I): 6.368 / Net I/σ(I): 10.6 / Num. measured all: 314995
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.1 % / Rejects: _

解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.83-1.930.2622.945343145940.1780.2624.198.6
1.93-2.040.1624.643740139100.1090.1626.399.8
2.04-2.180.122641305131290.0820.1228.199.9
2.18-2.360.0997.338373121950.0670.0999.899.8
2.36-2.580.097.935331112280.060.0910.899.5
2.58-2.890.075931807101380.050.07512.999.5
2.89-3.340.0659.52784889550.0430.06515.699.4
3.34-4.090.069.72327175550.040.0617.899.3
4.09-5.780.0598.91805858710.0390.05918.799.2
5.78-48.7140.0559.3991932380.0360.05518.698.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4.47 Å48.71 Å
Translation4.47 Å48.71 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0071精密化
SCALA3.3.21データスケーリング
PHASER2.5.5位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FNY

1fny


解像度: 1.83→82.045 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / WRfactor Rfree: 0.1958 / WRfactor Rwork: 0.1584 / FOM work R set: 0.8835 / SU B: 2.288 / SU ML: 0.071 / SU R Cruickshank DPI: 0.1067 / SU Rfree: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1946 5032 5 %RANDOM
Rwork0.1567 95781 --
obs0.1586 95781 99.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 74.44 Å2 / Biso mean: 16.3 Å2 / Biso min: 6.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.56 Å20 Å20.39 Å2
2---0.52 Å2-0 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.83→82.045 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7342 0 100 691 8133
Biso mean--19.77 24.38 -
残基数----950
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0197843
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027095
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.881.94610748
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.891316463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7845998
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.09225.015329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.501151199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.351520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.21238
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0218954
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021766
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5421.4263932
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.541.4253931
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3152.1254950
LS精密化 シェル解像度: 1.828→1.875 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 382 -
Rwork0.201 6938 -
all-7320 -
obs--97.37 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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