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- PDB-4wuo: Structure of the E270A Mutant Isopropylmalate dehydrogenase from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wuo
タイトルStructure of the E270A Mutant Isopropylmalate dehydrogenase from Thermus thermophilus in complex with IPM, Mn and NADH
要素3-isopropylmalate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE / IPMDH / MUTANT
機能・相同性
機能・相同性情報


3-isopropylmalate dehydrogenase / 3-isopropylmalate dehydrogenase activity / L-leucine biosynthetic process / NAD binding / magnesium ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Isopropylmalate dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site / Isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases signature. / Isopropylmalate dehydrogenase-like domain / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHANOL / 3-ISOPROPYLMALIC ACID / : / : / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / 3-isopropylmalate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Pallo, A. / Graczer, E. / Olah, J. / Szimler, T. / Konarev, P.V. / Svergun, D.I. / Merli, A. / Zavodszky, P. / Vas, M. / Weiss, M.S.
資金援助 ハンガリー, 1件
組織認可番号国
NK 108642 ハンガリー
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2015
タイトル: Glutamate 270 plays an essential role in K(+)-activation and domain closure of Thermus thermophilus isopropylmalate dehydrogenase.
著者: Graczer, E. / Pallo, A. / Olah, J. / Szimler, T. / Konarev, P.V. / Svergun, D.I. / Merli, A. / Zavodszky, P. / Weiss, M.S. / Vas, M.
履歴
登録2014年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月14日Group: Database references
改定 1.22015年1月21日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 3-isopropylmalate dehydrogenase
B: 3-isopropylmalate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,20120
ポリマ－76,6822
非ポリマー2,51918
水3,243180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11570 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area23000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.180, 143.250, 174.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
13A
23B
14A
24B
15A
25B
16A
26B
17A
27B
18A
28B
19A
29B
110A
210B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112A1 - 27
2112B1 - 27
1122A40 - 74
2122B40 - 74
1132A87 - 107
2132B87 - 107
1142A128 - 141
2142B128 - 141
1152A143 - 147
2152B143 - 147
1162A157 - 192
2162B157 - 192
1172A194 - 224
2172B194 - 224
1182A228 - 305
2182B228 - 305
1192A306 - 311
2192B306 - 311
11102A313 - 346
21102B313 - 346

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.489757, 0.136833, -0.861055), (0.153945, -0.958518, -0.239883), (-0.85816, -0.250039, 0.448376)16.04735, -86.979637, -5.48292
3given(1), (1), (1)
4given(-0.47086, 0.138106, -0.871331), (0.149706, -0.960838, -0.233193), (-0.869413, -0.240245, 0.431744)16.211269, -87.293137, -4.45792
5given(1), (1), (1)
6given(-0.480527, 0.13702, -0.86621), (0.151386, -0.959931, -0.235827), (-0.863815, -0.244453, 0.440529)16.049049, -87.264008, -5.09753
7given(1), (1), (1)
8given(-0.497526, 0.131139, -0.857479), (0.149805, -0.960665, -0.23384), (-0.854416, -0.244796, 0.458311)15.34445, -87.311768, -5.32732
9given(1), (1), (1)
10given(-0.506502, 0.127927, -0.852696), (0.129116, -0.966529, -0.2217), (-0.852516, -0.222388, 0.473032)15.11876, -87.513397, -4.37263
11given(1), (1), (1)
12given(-0.490708, 0.13935, -0.860109), (0.139474, -0.961838, -0.235404), (-0.860089, -0.235477, 0.452546)15.89746, -87.464462, -4.82622
13given(1), (1), (1)
14given(-0.497708, 0.139155, -0.856109), (0.14461, -0.959917, -0.240099), (-0.855205, -0.243301, 0.457635)15.72204, -87.333267, -5.26185
15given(1), (1), (1)
16given(-0.483536, 0.129964, -0.865623), (0.15947, -0.959286, -0.233107), (-0.860676, -0.250756, 0.443124)15.56375, -87.19384, -5.43675
17given(1), (1), (1)
18given(-0.500166, 0.163701, -0.850315), (0.130481, -0.956508, -0.260896), (-0.856042, -0.241442, 0.457053)17.57856, -86.78466, -4.93892
19given(1), (1), (1)
20given(-0.4903, 0.106577, -0.865013), (0.171938, -0.961162, -0.21588), (-0.854426, -0.254575, 0.452933)14.05213, -87.892708, -5.80875

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 3-isopropylmalate dehydrogenase / 3-IPM-DH / Beta-IPM dehydrogenase / IMDH


分子量: 38340.848 Da / 分子数: 2 / 変異: E270A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: leuB, TTHA1230 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SIY4, 3-isopropylmalate dehydrogenase

-
非ポリマー , 7種, 198分子

#2: 化合物 ChemComp-IPM / 3-ISOPROPYLMALIC ACID / (2R,3S)-3-イソプロピル-D-リンゴ酸


分子量: 176.167 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H12O5
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物
ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 20 % PEG 6000, 10 % ethanol, 0.1 M MOPS-K pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月22日
放射モノクロメーター: DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.05 Å / Num. obs: 39957 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 36.093 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rrim(I) all: 0.08 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 17.23 / Num. measured all: 207793
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.05-2.10.80.6112.7114280293728750.68297.9
2.1-2.160.8670.5033.4715006284628410.55999.8
2.16-2.220.9090.4054.2914643277627740.4599.9
2.22-2.290.9280.3475.1614119270827000.38699.7
2.29-2.370.9480.2915.9513854262326200.32399.9
2.37-2.450.9690.2327.2213287251225110.258100
2.45-2.540.9810.1978.4112909246024540.21999.8
2.54-2.650.9820.1689.7212448235923580.187100
2.65-2.760.990.12912.4911879225322500.14399.9
2.76-2.90.9950.09515.8111476218321820.106100
2.9-3.060.9960.07519.5110846206920680.084100
3.06-3.240.9970.0624.2610274195919560.06699.8
3.24-3.470.9970.0529.559662185318500.05699.8
3.47-3.740.9980.04235.838856171217110.04699.9
3.74-4.10.9990.037408242160316020.04199.9
4.1-4.580.9990.03244.967435145514510.03699.7
4.58-5.290.9990.03146.076567129712930.03499.7
5.29-6.480.9990.03141.795561111311110.03499.8
6.48-9.170.9990.02348.242998718690.02699.8
9.1710.01750.1921505214810.0292.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation36.76 Å3.1 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
MAR345dtbデータ収集
XDS11.0.02データ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Y41

2y41


解像度: 2.05→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / WRfactor Rfree: 0.2161 / WRfactor Rwork: 0.1563 / FOM work R set: 0.8195 / SU B: 11.401 / SU ML: 0.155 / SU R Cruickshank DPI: 0.2123 / SU Rfree: 0.1832 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2288 2009 5 %RANDOM
Rwork0.1702 37938 --
obs0.1731 -99.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 115.26 Å2 / Biso mean: 37.048 Å2 / Biso min: 16.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.97 Å2-0 Å20 Å2
2--3.83 Å2-0 Å2
3----1.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5201 0 160 180 5541
Biso mean--34.49 36.3 -
残基数----694
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0195503
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7262.0167475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0465702
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.9622.884215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.29815869
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2971548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2847
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214144
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1273.462784
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3826.4583479
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.7833.8762719
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1130TIGHT POSITIONAL0.060.05
184MEDIUM POSITIONAL0.060.5
1108TIGHT THERMAL3.331.5
184MEDIUM THERMAL4.692.5
2100MEDIUM POSITIONAL0.060.5
2139TIGHT THERMAL7.611.5
2100MEDIUM THERMAL8.682.5
381MEDIUM POSITIONAL0.070.5
384TIGHT THERMAL3.041.5
381MEDIUM THERMAL2.932.5
452MEDIUM POSITIONAL0.070.5
456TIGHT THERMAL1.231.5
452MEDIUM THERMAL2.12.5
516MEDIUM POSITIONAL0.10.5
520TIGHT THERMAL4.961.5
516MEDIUM THERMAL3.72.5
6138MEDIUM POSITIONAL0.110.5
6143TIGHT THERMAL1.961.5
6138MEDIUM THERMAL2.962.5
7132MEDIUM POSITIONAL0.080.5
7124TIGHT THERMAL2.011.5
7132MEDIUM THERMAL3.352.5
8230MEDIUM POSITIONAL0.130.5
8312TIGHT THERMAL2.691.5
8230MEDIUM THERMAL3.232.5
925MEDIUM POSITIONAL0.060.5
924TIGHT THERMAL4.351.5
925MEDIUM THERMAL6.792.5
1088MEDIUM POSITIONAL0.060.5
10130TIGHT THERMAL4.921.5
1088MEDIUM THERMAL5.632.5
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 148 -
Rwork0.287 2716 -
all-2864 -
obs--97.98 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -5.7516 Å / Origin y: -47.4987 Å / Origin z: 20.8623 Å
111213212223313233
T0 Å20 Å20 Å2-0 Å20 Å2--0 Å2
L0 °20 °20 °2-0 °20 °2--0 °2
S0 Å °0 Å °0 Å °0 Å °0 Å °0 Å °0 Å °0 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 345
2X-RAY DIFFRACTION1B1 - 345

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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