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- PDB-4wu3: Structure of the PTP-like myo-inositol phosphatase from Mitsuokel... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wu3
タイトルStructure of the PTP-like myo-inositol phosphatase from Mitsuokella multacida in complex with myo-inositol-(1,3,4,5)-tetrakisphosphate
要素MYO-INOSITOL PHOSPHOHYDROLASE
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


3-phytase activity / protein tyrosine phosphatase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #1690 / Inositol hexakisphosphate / Inositol hexakisphosphate / : / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. ...Alpha-Beta Plaits - #1690 / Inositol hexakisphosphate / Inositol hexakisphosphate / : / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Alpha-Beta Plaits / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSITOL-(1,3,4,5)-TETRAKISPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Paladin
類似検索 - 構成要素
生物種Mitsuokella multacida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Bruder, L.M. / Mosimann, S.C.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Canada Foundation for Innovation カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the PTP-like phytase from Selenomonas ruminantium in complex with myo-inositol-(1,3,4,5)-tetrakisphosphate
著者: Bruder, L.M.
#1: ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural analysis of a multifunctional, tandemly repeated inositol polyphosphatase.
著者: Gruninger, R.J. / Selinger, L.B. / Mosimann, S.C.
履歴
登録2014年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: MYO-INOSITOL PHOSPHOHYDROLASE
B: MYO-INOSITOL PHOSPHOHYDROLASE
C: MYO-INOSITOL PHOSPHOHYDROLASE
D: MYO-INOSITOL PHOSPHOHYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)294,46728
ポリマ－289,7924
非ポリマー4,67524
水40,7502262
1
A: MYO-INOSITOL PHOSPHOHYDROLASE
B: MYO-INOSITOL PHOSPHOHYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,23414
ポリマ－144,8962
非ポリマー2,33812
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8040 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area50300 Å2
手法PISA
2
C: MYO-INOSITOL PHOSPHOHYDROLASE
D: MYO-INOSITOL PHOSPHOHYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,23414
ポリマ－144,8962
非ポリマー2,33812
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8050 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area50320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.899, 86.680, 124.149
Angle α, β, γ (deg.)107.27, 91.69, 90.01
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 47 - 636 / Label seq-ID: 39 - 628

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

#1: タンパク質
MYO-INOSITOL PHOSPHOHYDROLASE


分子量: 72448.023 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 32-640 / 変異: C250S, C548S / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Inactive with C252S/C548S mutations
由来: (組換発現) Mitsuokella multacida (バクテリア)
遺伝子: phyA / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A3QMF6, 3-phytase
#2: 化合物
ChemComp-4IP / INOSITOL-(1,3,4,5)-TETRAKISPHOSPHATE / イノシト-ル1,3,4,5-テトラキスりん酸


分子量: 500.075 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H16O18P4
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 8000, Polyethylene glycol, Tris chloride, beta-mercapto ethanol, glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→44.54 Å / Num. obs: 146418 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
MOLREP位相決定
Aimlessデータスケーリング
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3F41

3f41


解像度: 2.2→44.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 6.052 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.26 / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21341 2118 1.4 %RANDOM
Rwork0.18979 ---
obs0.19014 144299 98.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.523 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å2-0.13 Å2-0.13 Å2
2---2.05 Å2-0.66 Å2
3---2.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→44.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19188 0 270 2262 21720
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01919980
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0218700
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1061.95927056
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.67343116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.51552364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.84924.239972
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.264153484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.83115112
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.22816
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02122356
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024700
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8221.6679456
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.821.6669455
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8042.49211820
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / 数: 5556 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: TIGHT THERMAL / Weight position: 0.87

Ens-IDAuth asym-IDRms dev position (Å)
1A3.01
2A1.4
3A3.53
4B3.09
5B2.2
6C3.62
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 151 -
Rwork0.29 10569 -
obs--97.03 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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