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- PDB-4wu2: Structure of the PTP-like myo-inositol phosphatase from Selenomon... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wu2
タイトルStructure of the PTP-like myo-inositol phosphatase from Selenomonas ruminantium in complex with myo-inositol-(1,4,5)-trikisphosphate
要素Myo-inositol phosphohydrolase
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #1690 / Inositol hexakisphosphate / Inositol hexakisphosphate / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Protein-tyrosine phosphatase-like ...Alpha-Beta Plaits - #1690 / Inositol hexakisphosphate / Inositol hexakisphosphate / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Protein-tyrosine phosphatase-like / Alpha-Beta Plaits / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Myo-inositol hexaphosphate phosphohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Selenomonas ruminantium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Bruder, L.M. / Mosimann, S.C.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Canada Foundation for Innovation カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the PTP-like phytase from Selenomonas ruminantium in complex with myo-inositol-(1,4,5)-trikisphosphate
著者: Bruder, L.M.
#1: ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2012
タイトル: Substrate binding in protein-tyrosine phosphatase-like inositol polyphosphatases.
著者: Gruninger, R.J. / Dobing, S. / Smith, A.D. / Bruder, L.M. / Selinger, L.B. / Wieden, H.J. / Mosimann, S.C.
#2: ジャーナル: FEBS J. / 年: 2008
タイトル: Effect of ionic strength and oxidation on the P-loop conformation of the protein tyrosine phosphatase-like phytase, PhyAsr.
著者: Gruninger, R.J. / Selinger, L.B. / Mosimann, S.C.
#3: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: Kinetic and structural analysis of a bacterial protein tyrosine phosphatase-like myo-inositol polyphosphatase.
著者: Puhl, A.A. / Gruninger, R.J. / Greiner, R. / Janzen, T.W. / Mosimann, S.C. / Selinger, L.B.
履歴
登録2014年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myo-inositol phosphohydrolase
B: Myo-inositol phosphohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,69411
ポリマ－78,2602
非ポリマー1,4349
水8,719484
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4960 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area27240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.980, 137.670, 80.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.42, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Myo-inositol phosphohydrolase


分子量: 39130.000 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 28-346 / 変異: C252S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Selenomonas ruminantium (バクテリア)
遺伝子: phyA / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7WUJ1, 3-phytase

-
非ポリマー , 5種, 493分子

#2: 化合物 ChemComp-I3P / D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE


分子量: 420.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15O15P3
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 484 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: PEG 8000, sodium acetate, sodium chloride, beta-mercapto ethanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.908
11-H, -K, H+L20.092
反射解像度: 2→44.9 Å / Num. obs: 65377 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.128 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 2.15→2.22 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.523 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
MOSFLM7.1.1データ削減
Aimless0.1.27データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MMJ

3mmj


解像度: 2.15→44.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 5.931 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.195 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21947 2154 4.1 %RANDOM
Rwork0.19677 ---
obs0.19768 50511 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.039 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.59 Å2-0 Å20.48 Å2
2---0.82 Å2-0 Å2
3---2.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→44.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5096 0 83 484 5663
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0195368
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.024954
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1531.9497284
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.62311392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1925632
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.7122.721272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.215874
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6851548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2742
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216028
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.021332
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0272.7522522
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0232.752521
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.54.1183156
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.5014.123157
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1123.2282846
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.1123.2282846
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.2924.6384129
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.33926.86727615
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.32626.81327410
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 171 -
Rwork0.294 3744 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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