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万見
- PDB-4wt7: Crystal structure of an ABC transporter solute binding protein (I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wt7
タイトルCrystal structure of an ABC transporter solute binding protein (IPR025997) from Agrobacterium vitis (Avi_5165, Target EFI-511223) with bound allitol
要素ABC transporter substrate binding protein (Ribose)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Enzyme Function Initiative / EFI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / Response regulator / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-allitol / ABC transporter substrate binding protein (Ribose)
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium vitis S4 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. ...Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Love, J. / Seidel, R.D. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of an ABC transporter solute binding protein (IPR025997) from Agrobacterium vitis (Avi_5165, Target EFI-511223) with bound allitol
著者: Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Love, J. / Seidel, R. ...著者: Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Love, J. / Seidel, R.D. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.
履歴
登録2014年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC transporter substrate binding protein (Ribose)
B: ABC transporter substrate binding protein (Ribose)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,3895
ポリマ－68,9902
非ポリマー4003
水8,647480
1
A: ABC transporter substrate binding protein (Ribose)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7123
ポリマ－34,4951
非ポリマー2182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ABC transporter substrate binding protein (Ribose)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6772
ポリマ－34,4951
非ポリマー1821
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.080, 83.930, 189.080
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-568-

HOH

詳細biological unit is a monomer

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要素

#1: タンパク質 ABC transporter substrate binding protein (Ribose)


分子量: 34494.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium vitis S4 (バクテリア)
遺伝子: rbsB, Avi_5165 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B9K0E0
#2: 化合物 ChemComp-X9X / D-allitol / アリト-ル


分子量: 182.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O6
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 480 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: protein (29.0 mg/mL, 10 mM HEPES, pH 7.5, 5 mM DTT, 10 mM allitol), reservoir (0.2 M lithium chloride, 20% w/v PEG3350), cryoprotection (80% reservoir + 20% glycerol)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→25.88 Å / Num. obs: 38991 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 14.5 % / Biso Wilson estimate: 14.72 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 15.8 / Num. measured all: 563578 / Scaling rejects: 998
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2-2.0514.70.3187.44518630780.9840.085100
8.94-25.8812.80.0431.166075160.9990.01295.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.1.27データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3L49

3l49


解像度: 2→25.8 Å / FOM work R set: 0.828 / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2301 1970 5.11 %Random
Rwork0.1838 36553 --
obs0.1861 38523 92.14 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 92.37 Å2 / Biso mean: 17.81 Å2 / Biso min: 1.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→25.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4396 0 25 484 4905
Biso mean--9.95 22.23 -
残基数----582
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0134521
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4896165
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08728
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009801
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7321681
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.05010.26651800.200927842964100
2.0501-2.10550.2468930.18961946203969
2.1055-2.16740.29511550.201127702925100
2.1674-2.23730.38341340.30762607274193
2.2373-2.31720.4138780.35871782186063
2.3172-2.40990.22721620.185627982960100
2.4099-2.51950.24771470.17427952942100
2.5195-2.65220.25651340.172228512985100
2.6522-2.81820.22711370.18342412254986
2.8182-3.03550.23891530.181728272980100
3.0355-3.34040.24391510.179728603011100
3.3404-3.82250.21471170.16732435255285
3.8225-4.81080.15241570.13362714287195
4.8108-25.8840.17011720.152129723144100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.83040.33211.37091.73390.39342.09490.0504-0.20170.2770.07030.0112-0.09960.01160.0915-0.05590.02850.00970.02770.15260.01630.1485-8.666722.095550.3885
20.1175-0.0327-0.01580.3586-0.16980.18680.0059-0.02870.0579-0.0681-0.0508-0.02640.05290.06850.01680.03670.03420.0070.15360.02510.1274-15.501214.299648.0331
30.71690.1034-0.25190.41810.04480.56590.05150.1489-0.0718-0.1582-0.02660.16090.0784-0.0839-0.04630.10430.0095-0.08130.1176-0.00150.1629-35.28347.565338.5686
43.03430.426-0.75271.30480.14450.7999-0.01780.0689-0.4244-0.1709-0.06810.03210.2502-0.01960.08670.27280.0474-0.0940.13920.00420.1447-33.26293.566832.235
50.68490.0350.3470.7447-0.03521.00190.06230.13440.0565-0.3299-0.0390.04890.20460.0474-0.00430.2120.0543-0.04210.12920.01650.136-28.124915.300830.4057
60.6683-0.08640.73650.6385-0.38062.4937-0.0703-0.04710.3126-0.1048-0.03270.105-0.1534-0.03220.11790.08830.0263-0.04110.18050.00370.2317-28.695425.887842.996
70.5158-0.227-0.25031.8084-0.98321.447-0.04140.10610.1324-0.0489-0.0487-0.2386-0.17110.10970.09090.5347-0.15670.01640.19410.02410.192210.246729.68932.9286
80.42320.4122-0.04460.7121-0.01220.3626-0.04850.09470.0343-0.07110.0407-0.0476-0.19940.1522-0.04150.5443-0.2264-0.01450.27290.0020.155714.735324.94726.5881
90.1301-0.04410.00840.152-0.19360.642-0.0853-0.00390.01180.02480.04450.0138-0.1777-0.0115-0.02430.81690.07170.0490.20070.00350.19341.775432.36765.8505
100.15430.2191-0.04670.8194-0.52640.7137-0.03310.02760.0710.05530.16360.1461-0.2346-0.1291-0.08080.50910.01960.08360.14360.0310.1568-0.357627.7895-2.3618
110.60090.0964-0.04020.2443-0.15320.8630.02280.03340-0.08940.0737-0.0028-0.1496-0.1012-0.09770.15250.0140.01330.09050.00580.08360.39014.54046.0928
121.1032-0.0511-0.22342.33491.43671.0674-0.0308-0.0938-0.0485-0.083-0.06840.3118-0.0823-0.24020.08670.14610.0328-0.01610.19670.03630.1326-6.63253.180715.8572
130.6881-0.2663-0.21710.9942-0.0351.8467-0.0195-0.1238-0.11910.0332-0.00360.0183-0.15690.02030.0120.0580.006-0.01070.10060.010.09443.354.290422.4907
140.20990.4988-0.48551.4971-1.60511.7814-0.10180.1106-0.0689-0.0888-0.1282-0.2522-0.14740.44230.28330.2696-0.10090.03290.20320.01730.144414.011814.01250.7392
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 43 through 61 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 62 through 165 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 166 through 197 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 198 through 214 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 215 through 308 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 309 through 336 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 46 through 61 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 62 through 78 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 79 through 103 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 104 through 136 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 137 through 197 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 198 through 214 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 215 through 291 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 292 through 332 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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