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- PDB-4wsr: The crystal structure of hemagglutinin form A/chicken/New York/14... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wsr
タイトルThe crystal structure of hemagglutinin form A/chicken/New York/14677-13/1998
要素Hemagglutinin
キーワードVIRAL PROTEIN / Influenza virus / hemagglutinin / H6
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Yang, H. / Carney, P.J. / Chang, J.C. / Villanueva, J.M. / Stevens, J.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: Structure and receptor binding preferences of recombinant hemagglutinins from avian and human h6 and h10 influenza a virus subtypes.
著者: Yang, H. / Carney, P.J. / Chang, J.C. / Villanueva, J.M. / Stevens, J.
履歴
登録2014年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月1日Group: Non-polymer description / Other
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_src_gen / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_mod_residue.auth_asym_id / _pdbx_struct_mod_residue.auth_seq_id / _pdbx_struct_mod_residue.label_asym_id / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
E: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)350,92519
ポリマ－347,2376
非ポリマー3,68813
水18,4471024
1
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,99811
ポリマ－173,6183
非ポリマー2,3798
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13900 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area61730 Å2
手法PISA
2
E: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,9288
ポリマ－173,6183
非ポリマー1,3095
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13170 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area61810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)252.545, 134.822, 123.093
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.23, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-884-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23E
14A
24D
15A
25F
16B
26C
17B
27E
18B
28D
19B
29F
110C
210E
111C
211D
112C
212F
113E
213D
114E
214F
115D
215F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 498 / Label seq-ID: 5 - 502

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23ED
14AA
24DE
15AA
25FF
16BB
26CC
17BB
27ED
18BB
28DE
19BB
29FF
110CC
210ED
111CC
211DE
112CC
212FF
113ED
213DE
114ED
214FF
115DE
215FF

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

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要素

#1: タンパク質
Hemagglutinin


分子量: 57872.797 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/chicken/New York/14677-13/1998(H6N2)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/chicken/New York/14677-13/1998(H6N2) / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q0A3A5
#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1024 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: 0.2 M ammonium fluoride, 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→48 Å / Num. obs: 129493 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 30.6

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0049 / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.5→48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 23.103 / SU ML: 0.223 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.528 / ESU R Free: 0.28 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24617 6504 5 %RANDOM
Rwork0.20997 ---
obs0.21176 122862 98.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 67.137 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20 Å2-0.83 Å2
2--1.76 Å20 Å2
3----0.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23168 0 238 1024 24430
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01923984
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.0222067
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6011.9532539
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.499350763
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.13852904
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.06324.6621167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.298154040
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2115133
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.23506
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0227355
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.025634
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2884.05711649
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.2814.05611648
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.236.0714542
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.2316.07114543
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5464.42412333
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5464.42412333
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.7466.49917996
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.29832.77527831
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.29932.78527790
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A275300.11
12B275300.11
21A273380.11
22C273380.11
31A271500.12
32E271500.12
41A271650.12
42D271650.12
51A266780.12
52F266780.12
61B275300.11
62C275300.11
71B268960.12
72E268960.12
81B271270.12
82D271270.12
91B264820.13
92F264820.13
101C271620.11
102E271620.11
111C271390.12
112D271390.12
121C268610.12
122F268610.12
131E269100.13
132D269100.13
141E266870.13
142F266870.13
151D266930.13
152F266930.13
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 451 -
Rwork0.307 8526 -
obs--93.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2056-0.0065-0.09820.6295-0.03160.0533-0.02290.0957-0.0706-0.0292-0.02690.0071-0.0161-0.03480.04980.19690.0034-0.10980.3441-0.03750.2438-26.629854.48429.9749
20.11650.00930.04590.1840.09930.1035-0.00280.02530.04710.0622-0.03060.03160.10920.02110.03350.24920.0016-0.08260.36220.020.1839-34.975452.102238.8756
30.1203-0.0412-0.17810.74090.07840.273-0.05270.0632-0.0128-0.027-0.01250.12050.0441-0.11450.06520.1285-0.0293-0.16490.3562-0.04380.278-56.01553.834217.4235
40.09740.2419-0.07431.9018-0.01950.15170.03490.1765-0.00170.06560.11260.09610.0045-0.2613-0.14740.03610.0342-0.08430.49860.15430.3421-39.131876.3746-29.5878
50.27790.1443-0.21890.40510.00170.24940.08910.0328-0.0180.0441-0.0152-0.0261-0.0047-0.0234-0.07380.20050.0175-0.11050.31660.02270.2356-11.652974.4793-17.8657
60.16660.1214-0.1720.57060.09940.309-0.03760.2384-0.00190.0720.0304-0.08480.0318-0.34490.00720.13060.0078-0.05570.45190.01620.2166-15.789476.6303-48.1622
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 927
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 919
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 875
4X-RAY DIFFRACTION4E1 - 785
5X-RAY DIFFRACTION5D1 - 912
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 2206

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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