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万見
- PDB-4wsq: Crystal Structure of Adaptor Protein 2 Associated Kinase (AAK1) i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wsq
タイトルCrystal Structure of Adaptor Protein 2 Associated Kinase (AAK1) in complex with small molecule inhibitor
要素AP2-associated protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE / kinase / small-molecule / catalytic domain / protein kinase / protein binding / protein kinase inhibitors
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of clathrin-dependent endocytosis / presynaptic endocytosis / AP-2 adaptor complex binding / membrane organization / Notch binding / clathrin-coated vesicle / positive regulation of Notch signaling pathway / cell leading edge / clathrin-coated pit / terminal bouton ...regulation of clathrin-dependent endocytosis / presynaptic endocytosis / AP-2 adaptor complex binding / membrane organization / Notch binding / clathrin-coated vesicle / positive regulation of Notch signaling pathway / cell leading edge / clathrin-coated pit / terminal bouton / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / regulation of protein localization / presynapse / Clathrin-mediated endocytosis / protein stabilization / non-specific serine/threonine protein kinase / protein phosphorylation / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily ...: / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
K-252A / AP2-associated protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Sorrell, F.J. / Elkins, J.M. / Krojer, T. / Williams, E. / Abdul, K. / Gileadi, O. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. ...Sorrell, F.J. / Elkins, J.M. / Krojer, T. / Williams, E. / Abdul, K. / Gileadi, O. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Family-wide Structural Analysis of Human Numb-Associated Protein Kinases.
著者: Sorrell, F.J. / Szklarz, M. / Abdul Azeez, K.R. / Elkins, J.M. / Knapp, S.
履歴
登録2014年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月2日Group: Database references
改定 1.22016年3月9日Group: Database references
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AP2-associated protein kinase 1
B: AP2-associated protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,87811
ポリマ－71,4882
非ポリマー1,3899
水5,134285
1
A: AP2-associated protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4706
ポリマ－35,7441
非ポリマー7265
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: AP2-associated protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4085
ポリマ－35,7441
非ポリマー6644
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.660, 71.320, 183.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY

Dom-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1LYSLYSchain AAA29 - 3451 - 317
2ALAALAchain BBB33 - 3425 - 314
詳細unit 1

-
要素

#1: タンパク質 AP2-associated protein kinase 1 / Adaptor-associated kinase 1


分子量: 35744.090 Da / 分子数: 2 / 断片: kinase domain, UNP residues 29-345 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AAK1, KIAA1048 / プラスミド: pNIC-CTH0 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): R3
参照: UniProt: Q2M2I8, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-KSA / K-252A


分子量: 467.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H21N3O5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.005M zinc acetate, 20% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→56.33 Å / Num. obs: 66564 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 310951 / Scaling rejects: 32
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.95-24.81.0942.12093343790.7940.535100
9.15-56.334.20.0382030757380.9970.02198.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
Aimless0.2.17データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2buj

2buj


解像度: 1.95→56.325 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2077 3225 4.85 %Random selection
Rwork0.1809 63212 --
obs0.1821 66437 99.73 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 123.15 Å2 / Biso mean: 43.5603 Å2 / Biso min: 20.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→56.325 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4841 0 80 285 5206
Biso mean--28.52 45.56 -
残基数----627
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0135101
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2736967
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063785
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007896
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.841829
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2775X-RAY DIFFRACTION5.886TORSIONAL
12B2775X-RAY DIFFRACTION5.886TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.95-1.97910.35231250.303927312856100
1.9791-2.010.33281590.29626612820100
2.01-2.0430.28381350.281727302865100
2.043-2.07820.27421560.253926972853100
2.0782-2.1160.30641320.240327082840100
2.116-2.15670.29061350.231727302865100
2.1567-2.20080.2631350.226127222857100
2.2008-2.24860.25921480.204126882836100
2.2486-2.30090.23731450.187927292874100
2.3009-2.35850.24361580.190626942852100
2.3585-2.42220.22321490.186427032852100
2.4222-2.49350.21191390.181827162855100
2.4935-2.5740.22911350.17527402875100
2.574-2.6660.22561450.17727682913100
2.666-2.77270.23341340.180827272861100
2.7727-2.89890.22551650.18427222887100
2.8989-3.05170.19691430.181527482891100
3.0517-3.24290.1871020.18628242926100
3.2429-3.49330.19811180.187427802898100
3.4933-3.84470.19511450.160827842929100
3.8447-4.40090.16161620.151527752937100
4.4009-5.54390.15891250.14528542979100
5.5439-56.34860.17561350.16482981311699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.87040.4837-0.0842.2357-0.67641.7816-0.0530.0319-0.0481-0.07310.0063-0.02490.01850.04380.03840.34440.0304-0.0030.1873-0.01960.24843.0307-14.7644-41.5051
21.1956-0.25140.75182.0424-0.32771.7085-0.12120.16140.1573-0.2306-0.0452-0.10990.03080.0650.14740.4099-0.01460.01510.30380.03750.272-3.4734-11.9255-92.291
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 29:345)A29 - 345
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 33:342)B33 - 342

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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