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- PDB-4wsf: Falafel EVH1 domain bound to CENP-C FIM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wsf
タイトルFalafel EVH1 domain bound to CENP-C FIM
要素
  • Cenp-C
  • Serine/threonine-protein phosphatase 4 regulatory subunit 3
キーワードSIGNALING PROTEIN / phosphatase EVH1 domain
機能・相同性
機能・相同性情報


protein phosphatase 4 complex / negative regulation of peptidoglycan recognition protein signaling pathway / basal protein localization / asymmetric neuroblast division / regulation of centromere complex assembly / female meiosis chromosome segregation / kinetochore assembly / protein localization to chromosome, centromeric region / condensed chromosome, centromeric region / protein localization to kinetochore ...protein phosphatase 4 complex / negative regulation of peptidoglycan recognition protein signaling pathway / basal protein localization / asymmetric neuroblast division / regulation of centromere complex assembly / female meiosis chromosome segregation / kinetochore assembly / protein localization to chromosome, centromeric region / condensed chromosome, centromeric region / protein localization to kinetochore / regulation of stem cell differentiation / regulation of double-strand break repair / mitotic metaphase chromosome alignment / protein phosphatase activator activity / chromosome, centromeric region / chromosome segregation / kinetochore / DNA repair / DNA damage response / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Serine/threonine-protein phosphatase 4 regulatory subunit 3-like, central domain / : / Phosphatase 4 regulatory subunit 3 / EVH1-like domain in PP4R3 protein / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH-like domain superfamily / Armadillo-type fold / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein phosphatase 4 regulatory subunit 3 / Centromeric protein-C, isoform A
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.501 Å
データ登録者Lefevre, S.R. / Singleton, M.R.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Cancer Research UK 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Centromeric binding and activity of Protein Phosphatase 4.
著者: Lipinszki, Z. / Lefevre, S. / Savoian, M.S. / Singleton, M.R. / Glover, D.M. / Przewloka, M.R.
履歴
登録2014年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月17日Group: Database references
改定 1.22015年1月14日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein phosphatase 4 regulatory subunit 3
B: Cenp-C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1083
ポリマ－16,0122
非ポリマー961
水1,53185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1580 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area6720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.755, 67.755, 53.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase 4 regulatory subunit 3 / PP4R3 / Protein falafel


分子量: 13984.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: flfl, CG9351 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9VFS5
#2: タンパク質・ペプチド Cenp-C / FI18815p1


分子量: 2027.299 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 1048-1066 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9VHP9
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Ammonium Sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→58.68 Å / Num. obs: 22313 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 18.62 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 150514
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.5-1.536.80.971.7724310580.6560.39496.5
8.22-58.686.70.04238.610131520.9990.01799.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS0.2.17データ削減
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHENIX精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XOD, 1RRP

1xod

1rrp


解像度: 1.501→58.678 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1764 1162 5.21 %
Rwork0.1343 21144 -
obs0.1364 22306 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 111.25 Å2 / Biso mean: 34.1018 Å2 / Biso min: 13.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.501→58.678 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数971 0 5 85 1061
Biso mean--44.56 41.64 -
残基数----122
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009991
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1741340
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045149
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005173
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.834373
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5007-1.5690.25871490.1962603275298
1.569-1.65180.23821470.176926202767100
1.6518-1.75530.22481290.158126522781100
1.7553-1.89080.22661550.133326302785100
1.8908-2.08110.16541450.115526182763100
2.0811-2.38220.151620.107926482810100
2.3822-3.00130.17131240.138526752799100
3.0013-58.72240.16461510.133626982849100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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