PDB-4wrk: The 3D structure of D95N mutant DUTPase from phage phi11 of S. au...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wrk

タイトル

The 3D structure of D95N mutant DUTPase from phage phi11 of S. aureus reveals the molecular details for the coordination of a structural Mg(II) ion

要素

DUTPase

キーワード

HYDROLASE / Magnesium coordination mutant / jelly-roll

機能・相同性

機能・相同性情報

dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus phage phi11 (ファージ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Bendes, A.A. / Leveles, I. / Vertessy, B.G.

資金援助

ハンガリー, 6件

組織	認可番号	国
ungarian Scientific Research Fund OTKA	NK 84008	ハンガリー
ungarian Scientific Research Fund OTKA	K109486	ハンガリー
Baross Program of the New Hungary Development Plan	3DSTRUCT, MFB-00266/2010 REG-KM-09-1-2009-005	ハンガリー
Hungarian Academy of Sciences	TTK IF-28/201	ハンガリー
Hungarian Academy of Sciences	MedinProt program	ハンガリー
European Union	283570

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The 3D structure of D95N mutant DUTPase from phage phi11 of S. aureus reveals the molecular details for the coordination of a structural Mg(II) ion
著者: Bendes, A.A. / Leveles, I. / Vertessy, B.G.

履歴

登録	2014年10月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2024年1月10日	Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wrk.cif.gz	358.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wrk.ent.gz	292.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wrk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4wrk_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4wrk_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	4wrk_validation.xml.gz	35.9 KB	表示
CIF形式データ	4wrk_validation.cif.gz	46.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/4wrk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/4wrk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4gv8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4gv8-2 5nz2-1 4gv8-1 1gg5-2 6fy4-1 5eai-1 6llc-4 5ea2-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5)

登録構造単位

A: DUTPase

B: DUTPase

C: DUTPase

D: DUTPase

E: DUTPase

F: DUTPase

ヘテロ分子

113 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DUTPase

B: DUTPase

C: DUTPase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: DUTPase

E: DUTPase

F: DUTPase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.420, 108.420, 167.050
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	DUTPase 分子量: 18386.600 Da / 分子数: 6 / 変異: D95N / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: D95N MUTANT DUTPASE FROM PHAGE PHI11 OF S.AUREUS 由来: (組換発現) Staphylococcus phage phi11 (ファージ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8SDV3
#2: 化合物	ChemComp-DUP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE / α,β-イミノ-dUTP 分子量: 467.157 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₆N₃O₁₃P₃
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.07 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6 詳細: 0.1M sodium acetate, 15 - 41.5% MPD, 0.02M calcium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年5月15日
放射	モノクロメーター: Confocal collimator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→19.57 Å / Num. obs: 22585 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.1 % / R_merge(I) obs: 0.208 / Net I/σ(I): 8.6
反射シェル	解像度: 2.9→3 Å / R_merge(I) obs: 0.358 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4GV8

4gv8

解像度: 2.9→19.57 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.61 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2583	1136	5.03 %
R_work	0.2085	-	-
obs	0.211	22581	99.51 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→19.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6883	0	174	101	7158

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	7167
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.932	9802
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.718	2493
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	1159
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1250

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9-3.0316	0.3598	161	0.298	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0316-3.1907	0.357	127	0.282	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1907-3.3897	0.279	133	0.2449	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3897-3.6499	0.2732	134	0.2276	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6499-4.0143	0.2651	149	0.2039	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0143-4.5886	0.2068	140	0.173	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5886-5.7567	0.2644	141	0.1768	2715	X-RAY DIFFRACTION	99
5.7567-19.573	0.2085	151	0.1885	2800	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5661	-0.5667	0.0118	0.8521	0.5395	1.0757	-0.0878	0.1804	0.3129	-0.0307	0.1065	-0.0697	0.1685	-0.049	-0	0.1765	-0.0061	0.0191	0.1929	0.0479	0.2321	-12.6115	-28.5201	-32.1269
2	0.0018	-0.2644	-0.2911	0.0242	0.0215	-0.0312	0.8503	-0.6421	0.4977	0.0487	-0.5655	0.1695	-0.2879	0.236	0	0.1808	0.0613	0.0254	0.3464	0.0178	0.4709	-29.7472	-21.6103	-20.1355
3	0.2158	0.6476	0.0528	0.3185	-0.4701	0.0928	-0.1424	0.1984	-0.2168	-0.1292	0.2244	-0.1342	-0.085	0.0274	0	0.2033	0.0669	-0.0391	0.2744	0.0666	0.1902	5.028	-36.8085	-26.4966
4	0.6402	0.2403	-0.4068	0.8159	0.4035	1.3022	0.0208	-0.0699	0.1652	0.0822	0.0336	0.1008	0.0424	0.2499	0	0.2357	0.0154	0.0118	0.184	0.0012	0.2301	0.7292	-19.1794	-14.2698
5	0.2358	-0.718	0.105	0.305	0.4203	0.5655	-0.0766	-0.2409	-0.3467	-0.1434	-0.1508	-0.1664	-0.0995	0.3059	0	0.2257	0.0345	0.0735	0.2855	-0.076	0.2837	-11.326	-23.1096	3.9527
6	-0.0066	-0.5604	0.5784	0.4713	-0.0799	0.0719	0.0308	0.2152	0.0108	0.0593	0.117	0.0942	0.2226	0.2202	0	0.2505	-0.0664	0.0441	0.3056	0.0195	0.2198	-1.432	-27.3124	-30.8466
7	1.4125	0.0113	0.1094	-0.1441	0.3162	-0.1851	-0.0504	0.0431	0.0121	-0.1081	0.1049	-0.0903	0.1216	-0.0568	-0	0.2132	0.0141	0.0001	0.2401	-0	0.2202	-0.7586	-43.2889	-16.9908
8	-0.0421	0.4686	-0.1414	0.2962	-0.2799	0.3507	0.1911	0.2173	0.0594	-0.0439	0.0835	0.0881	0.0993	-0.4099	-0	0.3318	-0.0716	0.0312	0.3853	0.0536	0.2516	-20.846	-48.3681	-9.0607
9	0.3919	-0.2471	0.1762	0.011	0.3096	0.9081	-0.1607	0.0077	-0.0418	-0.2007	0.1233	-0.0908	-0.0331	0.0503	-0	0.1319	0.0212	-0.0085	0.1266	-0.0326	0.2243	6.3998	-26.4612	-21.6598
10	1.1389	-0.285	-0.4613	1.0684	-0.1521	1.5108	-0.1195	-0.0706	-0.1973	0.0463	-0.1007	-0.0431	0.1609	-0.2136	-0	0.2312	-0.0402	0.0461	0.2082	0.0105	0.1823	-36.2717	-9.3241	-54.7581
11	0.0135	0.0113	-0.2631	0.2775	0.2615	0.1668	0.0102	0.1337	-0.1516	0.1043	0.0022	0.0677	0.0188	0.0318	0	0.4042	0.0522	-0.0135	0.3604	-0.0607	0.3776	-40.7551	12.3526	-48.0077
12	0.292	0.2801	0.4524	-0.0396	0.0808	1.0369	0.0908	1.196	0.2647	-0.5964	0.3349	0.2379	1.5498	-1.5241	0	-0.3014	0.3235	0.191	-0.3932	-0.351	0.0206	-24.4889	-13.1289	-58.46
13	1.053	0.5854	0.6336	0.7242	0.4689	0.9268	-0.0943	0.2128	0.0077	-0.062	0.0675	-0.0581	0.013	0.0775	-0	0.2305	0.0231	-0.0181	0.2145	0.0101	0.1699	-22.9542	1.5908	-72.0971
14	0.2791	-0.0204	0.2864	0.4176	0.017	0.0585	-0.3254	0.5332	0.9385	0.2925	0.141	-0.5702	0.7607	0.9614	0	0.0958	-0.3476	-0.0279	-0.6078	-0.0167	0.5683	-15.0562	19.6408	-62.0356
15	0.2805	-0.4383	0.4653	0.2564	0.5759	0.4919	0.1229	0.0907	-0.0967	-0.5311	-0.5017	-0.1468	0.5647	0.6186	-0	0.3585	-0.108	-0.02	-0.0277	-0.1424	0.2343	-29.6791	-12.096	-64.5232
16	1.2192	-0.5897	0.0999	0.9623	-0.2491	1.4659	0.0941	0.0586	0.0274	0.1011	-0.0175	-0.0778	0.1902	-0.0389	0	0.2367	-0.0125	-0.0126	0.1243	-0.0116	0.1524	-11.8115	-10.3967	-54.3088
17	0.0758	0.216	0.2363	0.3156	0.1946	0.2411	0.1506	-0.2926	0.0157	-0.2921	-0.3625	-0.1086	0.205	-0.1323	-0	0.4014	-0.0417	-0.0642	0.2413	-0.0126	0.2533	-13.7849	3.1308	-36.7113
18	0.7306	0.2308	-1.101	0.6836	0.303	0.3772	-0.115	0.1973	-0.1639	-0.074	0.1242	0.0802	0.1871	-0.0805	0	0.2956	-0.0059	0.0215	0.1735	-0.0258	0.2206	-21.1027	-9.5946	-69.8486

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 94 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 95 through 129 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 130 through 159 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 3 through 94 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 95 through 129 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 130 through 164 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 3 through 94 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 95 through 129 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 130 through 155 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 3 through 94 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 95 through 125 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 126 through 155 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'E' and (resid 3 through 94 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'E' and (resid 95 through 129 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'E' and (resid 130 through 164 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'F' and (resid 2 through 94 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'F' and (resid 95 through 129 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'F' and (resid 130 through 164 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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