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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4wpd | ||||||
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タイトル | X-ray Crystal Structure of CYP119 complexed with 4-(4-flourophenyl)-1H-imidazole | ||||||
要素 | Cytochrome P450 119 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 / 4-(4-flourophenyl)-1H-imidazole ligand bound | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する / lactoperoxidase activity / peroxidase / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.001 Å | ||||||
データ登録者 | Madrona, Y. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: TWO DIMENTIONAL NMR AND X-RAY ANALYSIS OF CYP119 LIGAND DEPENDENT CONFORMATIONAL DYNAMICS 著者: Basudhar, D. / Madrona, Y. / Kandel, S. / Lampe, J.N. / Ortiz de Montellano, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4wpd.cif.gz | 183.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4wpd.ent.gz | 143.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4wpd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4wpd_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4wpd_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4wpd_validation.xml.gz | 36.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4wpd_validation.cif.gz | 54.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/4wpd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/4wpd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42924.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性) 株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770 遺伝子: cyp119, Saci_2081 / プラスミド: PcWori / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5 alpha 参照: UniProt: Q55080, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する, peroxidase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.38 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: Well solution contained: 2% PEG 8K, 400 mM MgCl2 and 100 mM LiCl2 Additive contained: 1.4 ammonium sulfate, 80 mM sodium acetate, pH 4.5, 20 mM sodium acetate pH 5.6, 20% glycerol, and 200 mM NaCl PH範囲: 4.5-5.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.127 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.127 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→38.1 Å / Num. obs: 54418 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 15.5 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.422 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 96.6 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1692) / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.001→36.42 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.9 / 位相誤差: 18.82 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.001→36.42 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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