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- PDB-4wpc: Crystal structure of Rgd1p F-BAR domain in complex with inositol ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wpc
タイトルCrystal structure of Rgd1p F-BAR domain in complex with inositol phosphate
要素RHO GTPase-activating protein RGD1
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / F-BAR domain / phospholipid binding / PROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


RHOF GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / septin ring organization / RHOD GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / site of polarized growth / cellular bud / prospore membrane / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / actin cortical patch ...RHOF GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / septin ring organization / RHOD GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / site of polarized growth / cellular bud / prospore membrane / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / actin cortical patch / cell tip / mating projection tip / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / response to acidic pH / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / response to osmotic stress / small GTPase-mediated signal transduction / cell division site / establishment of cell polarity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / GTPase activator activity / actin cytoskeleton organization / cell cortex / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Fes/CIP4, and EFC/F-BAR homology domain / Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain / Fes/CIP4 homology domain / FCH domain / F-BAR domain / F-BAR domain profile. / AH/BAR domain superfamily / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain ...: / Fes/CIP4, and EFC/F-BAR homology domain / Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain / Fes/CIP4 homology domain / FCH domain / F-BAR domain / F-BAR domain profile. / AH/BAR domain superfamily / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Rho GTPase activation protein / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / RHO GTPase-activating protein RGD1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.34 Å
データ登録者Moravcevic, K. / Lemmon, M.A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Comparison of Saccharomyces cerevisiae F-BAR Domain Structures Reveals a Conserved Inositol Phosphate Binding Site.
著者: Moravcevic, K. / Alvarado, D. / Schmitz, K.R. / Kenniston, J.A. / Mendrola, J.M. / Ferguson, K.M. / Lemmon, M.A.
履歴
登録2014年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月11日Group: Database references
改定 1.22015年2月18日Group: Database references
改定 1.32015年9月23日Group: Non-polymer description
改定 1.42020年10月14日Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / pdbx_struct_oper_list
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年12月25日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact / struct_conn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RHO GTPase-activating protein RGD1
B: RHO GTPase-activating protein RGD1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,0794
ポリマ－73,7592
非ポリマー1,3202
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8750 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area31780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)178.993, 74.110, 105.734
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.27, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 RHO GTPase-activating protein RGD1 / RhoGAP / Related GAP domain protein 1


分子量: 36879.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RGD1, YBR260C, YBR1728 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P38339
#2: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / myo-イノシト-ル六りん酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.3 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M citrate, pH 5.5, containing 0.1-0.2 M (NH4)2SO4 plus 10-20% (w/v) PEG3350
PH範囲: 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9179 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 19341 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.2 % / Net I/σ(I): 14

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
PHASER位相決定
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4WPE

4wpe


解像度: 3.34→30.773 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 993 5.15 %
Rwork0.2613 --
obs0.2632 19300 97.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.34→30.773 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4306 0 72 8 4386
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014444
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1156046
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1751556
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.459733
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002746
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3402-3.51610.34761430.33452341X-RAY DIFFRACTION89
3.5161-3.7360.40211390.31562654X-RAY DIFFRACTION100
3.736-4.02390.31671480.29382627X-RAY DIFFRACTION99
4.0239-4.42780.27511540.25912634X-RAY DIFFRACTION99
4.4278-5.06610.25471460.22232643X-RAY DIFFRACTION100
5.0661-6.37340.3131210.26992708X-RAY DIFFRACTION100
6.3734-30.77480.26011420.22082700X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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