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- PDB-4wp3: Crystal Structure of Adenylyl cyclase from Mycobacterium avium Ma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wp3
タイトルCrystal Structure of Adenylyl cyclase from Mycobacterium avium Ma1120 wild type
要素Ma1120
キーワードLYASE / Adenylyl cyclase
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclic nucleotide biosynthetic process / adenylate cyclase / adenylate cyclase activity / intracellular signal transduction / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Nucleotide cyclase, GGDEF domain / Adenylyl- / guanylyl cyclase, catalytic domain / Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain / Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase / Guanylate cyclase domain profile. / Nucleotide cyclase / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mycobacterium avium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Barathy, D.V. / Bharambe, N.G. / Suguna, K.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / : 2015
タイトル: Autoinhibitory mechanism and activity-related structural changes in a mycobacterial adenylyl cyclase
著者: Barathy, D.V. / Bharambe, N.G. / Syed, W. / Zaveri, A. / Visweswariah, S.S. / Cola sigmaf o, M. / Misquith, S. / Suguna, K.
履歴
登録2014年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ma1120
B: Ma1120
C: Ma1120
D: Ma1120
E: Ma1120
F: Ma1120
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,4898
ポリマ-139,4186
非ポリマー712
8,269459
1
A: Ma1120


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2361
ポリマ-23,2361
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8760 Å2
手法PISA
2
B: Ma1120


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2361
ポリマ-23,2361
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8810 Å2
手法PISA
3
C: Ma1120
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2722
ポリマ-23,2361
非ポリマー351
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area9290 Å2
手法PISA
4
D: Ma1120


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2361
ポリマ-23,2361
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8320 Å2
手法PISA
5
E: Ma1120


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2361
ポリマ-23,2361
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8770 Å2
手法PISA
6
F: Ma1120
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2722
ポリマ-23,2361
非ポリマー351
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area9470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.790, 53.870, 111.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.77, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Ma1120 / Cya1120 / Adenylyl cyclase


分子量: 23236.340 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 13-222 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium avium (バクテリア)
: TN 104 / 遺伝子: cya1120 / プラスミド: pPROExHT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5UFR5, adenylate cyclase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 459 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.25 %
結晶化温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES, 25% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月25日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→35.22 Å / Num. obs: 84325 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.2 % / Net I/σ(I): 0.075
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / Rmerge(I) obs: 0.542 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1692) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1fx4, 3et6
解像度: 1.95→35.21 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2135 4203 4.99 %Random selection
Rwork0.1783 ---
obs0.1801 84305 99.55 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→35.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7865 0 2 459 8326
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0058051
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77410859
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3012861
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0311249
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031437
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-1.97220.28061430.23072614X-RAY DIFFRACTION99
1.9722-1.99540.28181490.22662715X-RAY DIFFRACTION99
1.9954-2.01970.24541330.21172575X-RAY DIFFRACTION99
2.0197-2.04530.2571130.21022671X-RAY DIFFRACTION99
2.0453-2.07220.25421480.21242646X-RAY DIFFRACTION99
2.0722-2.10050.24461350.19912630X-RAY DIFFRACTION99
2.1005-2.13060.25231620.19492612X-RAY DIFFRACTION99
2.1306-2.16230.2171320.19042658X-RAY DIFFRACTION99
2.1623-2.19610.23291350.1842608X-RAY DIFFRACTION99
2.1961-2.23210.1921450.17792706X-RAY DIFFRACTION99
2.2321-2.27060.21551350.17572618X-RAY DIFFRACTION99
2.2706-2.31190.2361280.1722676X-RAY DIFFRACTION99
2.3119-2.35640.21641270.17742641X-RAY DIFFRACTION100
2.3564-2.40440.22191420.18072653X-RAY DIFFRACTION100
2.4044-2.45670.22441400.17872682X-RAY DIFFRACTION100
2.4567-2.51380.23861380.17852660X-RAY DIFFRACTION100
2.5138-2.57670.22051420.18532680X-RAY DIFFRACTION100
2.5767-2.64630.21811310.18632663X-RAY DIFFRACTION100
2.6463-2.72420.24531410.18522687X-RAY DIFFRACTION100
2.7242-2.81210.21591390.18712649X-RAY DIFFRACTION100
2.8121-2.91250.23581250.18632676X-RAY DIFFRACTION100
2.9125-3.02910.21691330.17762695X-RAY DIFFRACTION100
3.0291-3.16690.21171500.18712688X-RAY DIFFRACTION100
3.1669-3.33370.23171590.17912637X-RAY DIFFRACTION100
3.3337-3.54240.21191370.17512692X-RAY DIFFRACTION100
3.5424-3.81560.17851490.1652689X-RAY DIFFRACTION100
3.8156-4.1990.18381430.14672715X-RAY DIFFRACTION100
4.199-4.80530.15981570.14212697X-RAY DIFFRACTION100
4.8053-6.04920.23651370.17842753X-RAY DIFFRACTION100
6.0492-35.21990.20641550.19622816X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.20132.5406-2.65967.77650.21755.46030.0223-0.1785-0.46860.0302-0.3346-0.67230.4797-0.20350.21980.2144-0.1330.00030.407-0.04160.364527.0289-21.648735.186
25.5011-0.67825.37633.0867-1.04785.8861-0.3245-0.4067-0.1539-0.39680.20090.162-0.4253-1.02710.22250.2577-0.0292-0.01640.3589-0.07730.213625.0191-8.588325.4248
32.39490.26611.42962.6595-1.79582.8516-0.22250.3262-0.2664-0.2646-0.1443-0.65180.18690.58410.34210.1916-0.05020.04150.4241-0.05890.376435.1084-13.722126.4709
45.7014-3.30254.40697.1718-5.6315.804-0.16550.00950.37070.0798-0.245-0.8596-0.55190.65550.55480.241-0.1131-0.00380.3745-0.02770.433938.5642-3.84734.4482
53.6320.8161-0.47157.2793-3.59267.11760.2346-0.2284-0.13290.4588-0.45130.0410.21070.33740.29060.2256-0.07850.03080.3314-0.0940.219228.9953-12.744841.4411
65.2065-4.19133.73914.2403-3.99513.84930.2526-0.1362-0.24870.3286-0.39240.17780.10050.25390.03110.3714-0.05680.00490.3699-0.02930.258825.0202-14.992641.8367
75.103-0.30954.62522.07080.44326.39170.2859-0.70960.11871.0777-0.1617-0.216-0.80360.38790.03170.4404-0.1501-0.06670.4355-0.01530.230630.9109-4.284443.9306
83.15012.57420.7217.64210.87145.00720.5507-0.84810.75981.0559-0.56190.541-0.30330.09630.06880.4947-0.11670.07050.4224-0.14210.287426.8159-3.160545.926
91.35332.0404-2.02657.9398-2.55223.11680.04160.1049-0.01380.37320.28270.2327-0.1944-0.6842-0.33510.2230.08240.05250.39910.03890.1786-21.26813.132142.8822
107.78991.69393.4614.6945-0.88072.63240.0994-0.124-0.1523-0.1745-0.0435-0.26680.0828-0.03490.03890.166-0.01620.06440.38940.01330.1642-15.4625.738327.9769
113.53821.1189-0.45745.5039-2.07016.745-0.10260.22350.22770.2352-0.0035-0.3008-1.03150.35180.10880.308-0.0168-0.00240.27170.03680.197-12.905211.306638.3639
122.9574-0.83260.44273.26230.09854.355-0.1001-0.52960.30861.17470.29180.2498-1.2945-0.1405-0.2070.84710.15570.1080.41930.02030.3187-21.785115.35751.133
133.2352-0.9355-0.3453.5001-1.25733.4415-0.0764-0.00010.04020.01770.15780.1849-0.0132-0.3353-0.06440.08940.0030.00450.1085-0.02390.0942-15.04535.27862.1025
143.69570.6456-3.483.1745-2.35184.5827-0.81670.0094-0.8233-0.22730.12980.49251.5419-0.65910.33180.438-0.09060.16870.21690.02710.4353-14.5549-14.148215.9537
151.44820.3595-0.56234.1489-3.3235.0149-0.057-0.199-0.00180.20210.1024-0.0035-0.202-0.0909-0.0120.12790.01170.01920.0738-0.04730.1188-8.04292.850312.8958
165.5102-0.84860.55424.2845-3.25823.1508-0.161-0.4593-0.19290.37790.3756-0.17380.04730.02470.10340.20180.0371-0.01190.1191-0.04010.19072.0714-1.16258.4257
175.1541-3.70681.71114.4045-2.9316.1945-0.1424-0.1475-0.01670.02470.133-0.03230.13230.13730.05540.1183-0.0434-0.0270.0815-0.06190.1103-9.86471.91191.153
186.9768-5.01583.02595.0858-5.08697.00530.10770.2257-0.0176-0.071-0.10390.1864-0.0758-0.3009-0.08280.1017-0.01380.00250.1272-0.02110.113-14.57711.6865-4.9931
194.04660.57240.35734.1482-5.32227.4674-0.13590.2269-0.056-0.43970.0279-0.32510.31030.38270.17320.18240.00120.03630.126-0.04650.1788-2.2545-2.3788-4.7474
205.99-0.76913.36382.46380.5456.42830.18850.60180.0881-0.1469-0.1507-0.25220.15590.2502-0.07340.1694-0.0030.02640.09510.00170.1394-3.5507-5.3365-8.3778
214.03750.5106-1.55135.2804-1.75286.6645-0.07460.1868-0.1896-0.1861-0.0577-0.219-0.23470.11220.12870.1923-0.0061-0.02940.2221-0.1160.250722.974115.08868.466
222.1758-1.0482-1.11184.482-2.3747.53930.17830.2969-0.2734-0.6188-0.09270.07880.28540.3028-0.12470.27620.0176-0.0680.3173-0.1380.322523.70778.396258.8821
234.3303-1.1981-2.56523.72581.07845.7466-0.08670.0517-0.4427-0.1607-0.0146-0.15940.36970.48230.15260.19040.0152-0.0480.2423-0.10330.313926.88336.369969.082
247.09160.9638-6.57894.4345-1.19147.1432-0.1634-0.5415-0.23910.0125-0.0237-0.1158-0.22750.27620.11830.16830.0115-0.01490.2856-0.09070.253924.138115.637478.0837
255.2538-0.3169-0.01992.75290.76885.0730.0163-0.1342-0.46260.12830.1809-0.42260.40180.4277-0.26360.21760.0599-0.03250.3533-0.08140.402934.62519.529379.3166
265.58025.50227.1135.40937.05179.36670.09480.2559-0.12330.07720.0238-0.14340.25950.3503-0.13630.1965-0.01560.03290.32360.0140.258667.94031.70974.6669
275.42530.071-2.18552.969-4.03556.2790.3735-0.10460.44290.1368-0.07980.22880.0888-0.2932-0.39740.2685-0.00090.07150.25140.05840.321460.02315.93138.1552
284.05841.43881.00733.9773-0.62473.24050.13360.62271.1017-0.54040.07440.9263-0.3197-0.4374-0.15660.31660.0661-0.00690.41330.19420.590954.711310.08560.3708
297.3221-1.2345.0647.2048-3.54928.57280.57330.359-0.3826-0.43830.37160.94580.4075-0.9988-0.9020.22620.03240.02760.44650.10460.495851.51913.59993.9215
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335.30934.5592-4.913.9367-4.25654.74970.12060.10.17870.01920.0365-0.1591-1.09370.2833-0.21090.3835-0.10490.02920.274-0.05670.217218.500726.32431.8538
348.16550.5917-2.47354.31750.58448.31610.19110.36050.1006-0.4710.002-0.35960.0510.3298-0.08230.30490.051-0.04010.16940.02040.18117.478815.642226.3243
352.7034-0.3705-0.65245.03772.93727.78290.0363-0.46570.08580.46350.1003-0.07670.41350.5221-0.08180.43570.048-0.04890.266-0.01650.16916.646414.700445.2814
363.99940.5698-1.5046.04852.3093.73480.0241-0.0253-0.20490.17770.2413-0.50240.94020.9727-0.37960.31810.1026-0.0770.239-0.01020.178720.22913.73631.3763
374.6168-0.1574-0.31430.8225-0.71151.3177-0.1947-0.3965-0.61880.3782-0.25410.16461.5768-0.12210.66110.7412-0.0490.04180.26290.03210.281610.14894.574934.5418
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398.4995.7363-6.06485.4395-4.83794.68950.09790.73470.2268-0.02160.10430.1092-0.6788-0.5555-0.21760.2533-0.0047-0.03610.24280.01150.144910.546121.829325.1112
404.82680.0343-1.88511.99850.26547.661-0.06670.1706-0.2836-0.0843-0.08310.05431.1443-0.50820.20950.336-0.0901-0.06380.20470.02280.18765.037712.300424.5519
416.16163.4591-3.18488.10411.68185.22670.1341-0.4812-1.9466-0.40720.04670.30541.2114-0.1054-0.14050.7679-0.1746-0.17140.37090.08330.512.12374.075522.2652
423.71953.3461-0.56024.1386-3.23038.8792-0.24560.32380.89970.42350.2186-0.0692-0.5787-0.76650.0420.26970.0441-0.02570.29920.03210.3882.377124.703121.6849
437.44980.6454-0.94041.76351.72192.02830.1542-0.3038-0.2368-0.18640.25890.94120.927-0.5093-0.51080.3524-0.1223-0.07020.28070.01060.24161.292712.346624.3301
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 28 THROUGH 55 )A28 - 55
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 56 THROUGH 73 )A56 - 73
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 74 THROUGH 113)A74 - 113
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 114 THROUGH 129)A114 - 129
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 130 THROUGH 157)A130 - 157
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 158 THROUGH 172)A158 - 172
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESID 173 THROUGH 188)A173 - 188
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN A AND (RESID 189 THROUGH 218)A189 - 218
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESID 29 THROUGH 64 )B29 - 64
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESID 65 THROUGH 95 )B65 - 95
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESID 96 THROUGH 148)B96 - 148
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND (RESID 149 THROUGH 217)B149 - 217
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN C AND (RESID 28 THROUGH 62 )C28 - 62
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN C AND (RESID 63 THROUGH 73 )C63 - 73
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN C AND (RESID 74 THROUGH 113)C74 - 113
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN C AND (RESID 114 THROUGH 133)C114 - 133
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN C AND (RESID 134 THROUGH 156)C134 - 156
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN C AND (RESID 157 THROUGH 172)C157 - 172
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN C AND (RESID 173 THROUGH 188)C173 - 188
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN C AND (RESID 189 THROUGH 218)C189 - 218
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN D AND (RESID 29 THROUGH 76 )D29 - 76
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN D AND (RESID 77 THROUGH 103)D77 - 103
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN D AND (RESID 104 THROUGH 156)D104 - 156
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN D AND (RESID 157 THROUGH 172)D157 - 172
25X-RAY DIFFRACTION25CHAIN D AND (RESID 173 THROUGH 217)D173 - 217
26X-RAY DIFFRACTION26CHAIN E AND (RESID 28 THROUGH 42 )E28 - 42
27X-RAY DIFFRACTION27CHAIN E AND (RESID 43 THROUGH 64 )E43 - 64
28X-RAY DIFFRACTION28CHAIN E AND (RESID 65 THROUGH 129)E65 - 129
29X-RAY DIFFRACTION29CHAIN E AND (RESID 130 THROUGH 148)E130 - 148
30X-RAY DIFFRACTION30CHAIN E AND (RESID 149 THROUGH 172)E149 - 172
31X-RAY DIFFRACTION31CHAIN E AND (RESID 173 THROUGH 187)E173 - 187
32X-RAY DIFFRACTION32CHAIN E AND (RESID 188 THROUGH 217)E188 - 217
33X-RAY DIFFRACTION33CHAIN F AND (RESID 29 THROUGH 42 )F29 - 42
34X-RAY DIFFRACTION34CHAIN F AND (RESID 43 THROUGH 64 )F43 - 64
35X-RAY DIFFRACTION35CHAIN F AND (RESID 65 THROUGH 95 )F65 - 95
36X-RAY DIFFRACTION36CHAIN F AND (RESID 96 THROUGH 113)F96 - 113
37X-RAY DIFFRACTION37CHAIN F AND (RESID 114 THROUGH 131)F114 - 131
38X-RAY DIFFRACTION38CHAIN F AND (RESID 132 THROUGH 160)F132 - 160
39X-RAY DIFFRACTION39CHAIN F AND (RESID 161 THROUGH 172)F161 - 172
40X-RAY DIFFRACTION40CHAIN F AND (RESID 173 THROUGH 187)F173 - 187
41X-RAY DIFFRACTION41CHAIN F AND (RESID 188 THROUGH 199)F188 - 199
42X-RAY DIFFRACTION42CHAIN F AND (RESID 200 THROUGH 210)F200 - 210
43X-RAY DIFFRACTION43CHAIN F AND (RESID 211 THROUGH 219)F211 - 219

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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