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- PDB-4wne: Crystal structure of the TPR domain of LGN in complex with Frmpd4... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wne
タイトルCrystal structure of the TPR domain of LGN in complex with Frmpd4/Preso1 at 2.0 Angstrom resolution
要素
  • G-protein-signaling modulator 2
  • Peptide from FERM and PDZ domain-containing protein 4
キーワードSIGNALING PROTEIN/PROTEIN BINDING / TETRATRICOPEPTIDE REPEAT / TPR / CELL POLARITY / CYTOPLASM AND CELL CORTEX / SIGNALING PROTEIN-PROTEIN BINDING COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


lateral cell cortex / cell cortex region / maintenance of centrosome location / positive regulation of synapse structural plasticity / positive regulation of spindle assembly / response to light intensity / GDP-dissociation inhibitor activity / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / mitotic spindle pole / dynein complex binding ...lateral cell cortex / cell cortex region / maintenance of centrosome location / positive regulation of synapse structural plasticity / positive regulation of spindle assembly / response to light intensity / GDP-dissociation inhibitor activity / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / mitotic spindle pole / dynein complex binding / establishment of mitotic spindle orientation / G-protein alpha-subunit binding / lateral plasma membrane / positive regulation of protein localization to cell cortex / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / regulation of mitotic spindle organization / mitotic spindle organization / cell cortex / G alpha (i) signalling events / dendritic spine / cytoskeleton / postsynaptic density / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein domain specific binding / cell division / nucleotide binding / centrosome / protein-containing complex / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
FERM and PDZ domain-containing protein 1/3/4, FERM domain C-lobe / : / GoLoco motif / GoLoco motif / GoLoco/GPR motif profile. / LGN motif, putative GEFs specific for G-alpha GTPases / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / : / FAK1/PYK2, FERM domain C-lobe ...FERM and PDZ domain-containing protein 1/3/4, FERM domain C-lobe / : / GoLoco motif / GoLoco motif / GoLoco/GPR motif profile. / LGN motif, putative GEFs specific for G-alpha GTPases / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / : / FAK1/PYK2, FERM domain C-lobe / Tetratricopeptide repeat / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / Tetratricopeptide repeat domain / WW/rsp5/WWP domain profile. / Tetratricopeptide repeat / WW domain / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / PDZ domain / Tetratricopeptide repeat / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
G-protein-signaling modulator 2 / FERM and PDZ domain-containing protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Takayanagi, H. / Yuzawa, S. / Sumimoto, H.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: Structural basis for the recognition of the scaffold protein Frmpd4/Preso1 by the TPR domain of the adaptor protein LGN
著者: Takayanagi, H. / Yuzawa, S. / Sumimoto, H.
履歴
登録2014年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月5日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: G-protein-signaling modulator 2
B: Peptide from FERM and PDZ domain-containing protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9802
ポリマ－47,9802
非ポリマー00
水1,910106
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2820 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area15840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.784, 91.784, 176.783
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 G-protein-signaling modulator 2 / Mosaic protein LGN


分子量: 44948.281 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal TPR domain, UNP residues 20-421 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GPSM2, LGN / プラスミド: pRSFDUET-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P81274
#2: タンパク質・ペプチド Peptide from FERM and PDZ domain-containing protein 4 / PDZ domain-containing protein 10 / PSD-95-interacting regulator of spine morphogenesis / Preso


分子量: 3031.391 Da / 分子数: 1 / 断片: FRMPD4-S, UNP residues 987-1011 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14CM0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.25
詳細: 0.1 M BisTrispropane (pH 7.25), 0.2 M sodium bromide, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 30371 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 0.8 / Net I/av σ(I): 20.168 / Net I/σ(I): 9.1 / Num. measured all: 286743
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2-2.039.60.8812.05914840.47999.1
2.03-2.079.10.63414840.51199.6
2.07-2.119.50.51714730.51299.3
2.11-2.1510.10.38614930.5399.6
2.15-2.210.10.34414860.5699.6
2.2-2.2510.10.28714860.60799.5
2.25-2.31100.24115040.64299.6
2.31-2.37100.22514950.65699.7
2.37-2.449.80.19515020.69999.7
2.44-2.529.70.15315010.80199.8
2.52-2.619.30.1315140.96799.8
2.61-2.718.70.11615131.01399.9
2.71-2.849.30.09915160.92699.8
2.84-2.998.90.08615231.042100
2.99-3.179.70.08315430.96199.8
3.17-3.429.80.07515191.09299
3.42-3.769.50.0715320.99698.6
3.76-4.318.90.06415271.01696.9
4.31-5.438.30.05815821.03398.6
5.43-508.70.04816941.03496.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP11.0.05位相決定
Coot0.7-preモデル構築
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SF4

3sf4


解像度: 2→39.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / WRfactor Rfree: 0.2332 / WRfactor Rwork: 0.2125 / FOM work R set: 0.8269 / SU B: 3.981 / SU ML: 0.11 / SU R Cruickshank DPI: 0.1676 / SU Rfree: 0.1493 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2379 1533 5.1 %RANDOM
Rwork0.2104 28795 --
obs0.2119 28795 99.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 119.81 Å2 / Biso mean: 50.965 Å2 / Biso min: 27.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.41 Å21.41 Å20 Å2
2--1.41 Å20 Å2
3----4.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→39.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2616 0 0 106 2722
Biso mean---48.18 -
残基数----345
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0192668
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022412
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0291.9453606
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.71735511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6075344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.28524.351131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.57115418
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8731514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2394
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023143
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02651
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 98 -
Rwork0.277 2092 -
all-2190 -
obs--99.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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