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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4wms | |||||||||
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タイトル | STRUCTURE OF APO MBP-MCL1 AT 1.9A | |||||||||
要素 | MBP-MCL1 chimera protein | |||||||||
キーワード | APOPTOSIS / protein-protein interaction / chimera protein | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / channel activity / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / BH domain binding / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / BH3 domain binding ...positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / channel activity / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / BH domain binding / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / BH3 domain binding / carbohydrate transport / negative regulation of anoikis / carbohydrate transmembrane transporter activity / protein transmembrane transporter activity / maltose binding / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / negative regulation of autophagy / cell chemotaxis / release of cytochrome c from mitochondria / response to cytokine / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / outer membrane-bounded periplasmic space / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / periplasmic space / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Clifton, M.C. / Dranow, D.M. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2015 タイトル: A Maltose-Binding Protein Fusion Construct Yields a Robust Crystallography Platform for MCL1. 著者: Clifton, M.C. / Dranow, D.M. / Leed, A. / Fulroth, B. / Fairman, J.W. / Abendroth, J. / Atkins, K.A. / Wallace, E. / Fan, D. / Xu, G. / Ni, Z.J. / Daniels, D. / Van Drie, J. / Wei, G. / ...著者: Clifton, M.C. / Dranow, D.M. / Leed, A. / Fulroth, B. / Fairman, J.W. / Abendroth, J. / Atkins, K.A. / Wallace, E. / Fan, D. / Xu, G. / Ni, Z.J. / Daniels, D. / Van Drie, J. / Wei, G. / Burgin, A.B. / Golub, T.R. / Hubbard, B.K. / Serrano-Wu, M.H. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4wms.cif.gz | 220.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4wms.ent.gz | 171.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4wms.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/4wms ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/4wms | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 57310.883 Da / 分子数: 1 断片: UNP P0AEX9 residues 27-392,UNP Q07820 residues 174-321 変異: K194A, K197A, R201A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 株: K12 / 遺伝子: malE, b4034, JW3994, MCL1, BCL2L3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: Q07820 |
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#2: 多糖 | alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose |
-非ポリマー , 4種, 437分子
#3: 化合物 | ChemComp-MG / | ||||
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#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-FMT / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.22 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 10 MG/ML MBP-MCL1 VCID 9272, 200MM MG FORMATE, 20% PEG3350, 1MM MALTOSE, CRYOPROTECTANT 20% |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 40270 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 24.93 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rrim(I) all: 0.07 / Χ2: 0.997 / Net I/σ(I): 27.93 / Num. measured all: 538557 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.95 Å / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.486 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. measured obs: 9906 / Num. possible: 553 / Num. unique obs: 548 / Rrim(I) all: 0.028 / Rejects: 0 / % possible all: 92.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4OQ6,4MBP 解像度: 1.9→41.25 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 74.18 Å2 / Biso mean: 20.04 Å2 / Biso min: 8.41 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.9→41.25 Å
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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