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- PDB-4wl0: Ligand-free structure of human platelet phosphofructokinase in an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wl0
タイトルLigand-free structure of human platelet phosphofructokinase in an R-state, crystal form I
要素ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type
キーワードTRANSFERASE / human platelet phosphofructokinase / fructose 6-phosphate / main regulator of glycolysis
機能・相同性
機能・相同性情報


6-phosphofructokinase complex / 6-phosphofructokinase / 6-phosphofructokinase activity / fructose-6-phosphate binding / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / fructose 6-phosphate metabolic process / canonical glycolysis / Glycolysis / cellular response to leukemia inhibitory factor / cadherin binding ...6-phosphofructokinase complex / 6-phosphofructokinase / 6-phosphofructokinase activity / fructose-6-phosphate binding / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / fructose 6-phosphate metabolic process / canonical glycolysis / Glycolysis / cellular response to leukemia inhibitory factor / cadherin binding / protein-containing complex binding / extracellular exosome / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATP-dependent 6-phosphofructokinase, vertebrate-type / ATP-dependent 6-phosphofructokinase, eukaryotic-type / Phosphofructokinase domain / Phosphofructokinase, conserved site / Phosphofructokinase signature. / Phosphofructokinase domain / ATP-dependent 6-phosphofructokinase / Phosphofructokinase superfamily / Phosphofructokinase / Rossmann fold - #450 ...ATP-dependent 6-phosphofructokinase, vertebrate-type / ATP-dependent 6-phosphofructokinase, eukaryotic-type / Phosphofructokinase domain / Phosphofructokinase, conserved site / Phosphofructokinase signature. / Phosphofructokinase domain / ATP-dependent 6-phosphofructokinase / Phosphofructokinase superfamily / Phosphofructokinase / Rossmann fold - #450 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
Model detailsN- and C-terminal truncation (N=25, C=22 aa), N-terminal Strep-tag and EK-site
データ登録者Kloos, M. / Strater, N.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationB8 ドイツ
引用
ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of human platelet phosphofructokinase-1 locked in an activated conformation.
著者: Kloos, M. / Bruser, A. / Kirchberger, J. / Schoneberg, T. / Strater, N.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2014
タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic analysis of human muscle phosphofructokinase, the main regulator of glycolysis.
著者: Kloos, M. / Brueser, A. / Kirchberger, J. / Schoeneberg, T. / Straeter, N.
#2: ジャーナル: FASEB J. / 年: 2011
タイトル: Molecular architecture and structural basis of allosteric regulation of eukaryotic phosphofructokinases.
著者: Straeter, N. / Marek, S. / Kuettner, E.B. / Kloos, M. / Keim, A. / Brueser, A. / Kirchberger, J. / Schoeneberg, T.
履歴
登録2014年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月1日Group: Database references
改定 1.22018年8月1日Group: Author supporting evidence / Data collection / Database references
カテゴリ: diffrn_radiation_wavelength / pdbx_audit_support / pdbx_related_exp_data_set
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type
B: ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type
C: ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type
D: ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)333,40412
ポリマ－332,6444
非ポリマー7608
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13060 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area105850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.343, 178.062, 133.117
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.450, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Auth seq-ID: 25 - 762 / Label seq-ID: 24 - 761

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB
3chain CCC
4chain DDD
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質
ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type / PFK-P / 6-phosphofructokinase type C / Phosphofructo-1-kinase isozyme C / PFK-C / Phosphohexokinase


分子量: 83161.023 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 26-762 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: truncated humane platelet Pfk plasmid start: mas N-terminal Strep-tag: wshpqfek linker: ga EK-site: ddddk restriction site: vpdpts N-terminal start: aigvl N-terminal start: aa 26 C-terminal end: aa 762
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PFKP, PFKF / プラスミド: pET51b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta pLysS / 参照: UniProt: Q01813, 6-phosphofructokinase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.7 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M KCl, 0.025 M MgCl2, 0.05 M Na Cacodylate, 15% iso-Propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月15日
放射モノクロメーター: Si-111 crysta / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→50 Å / Num. obs: 79810 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 67.66 Å2 / Rmerge F obs: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rrim(I) all: 0.091 / Χ2: 1.061 / Net I/σ(I): 13.1 / Num. measured all: 289757
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.89-3.060.8490.5732.114467612939126880.67698.1
3.06-3.270.9320.3853.334588112149120950.44899.6
3.27-3.530.9710.235.374116311309112760.2799.7
3.53-3.870.9890.138.853691310384103380.15399.6
3.87-4.320.9950.07914.6335238944894260.09399.8
4.32-4.980.9970.05220.9929395837783260.06299.4
4.98-6.080.9970.04824.0226646707370680.05699.9
6.08-8.540.9990.03132.819241550354670.03699.3
8.540.9990.01952.7210604318631260.02398.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4 Å46.97 Å
Translation4 Å46.97 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALE2.5.1データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XSCALEデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: unpublished low resolution structure

解像度: 2.89→46.97 Å / FOM work R set: 0.7776 / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2363 3991 5 %Random selection
Rwork0.2107 75789 --
obs0.212 79780 99.35 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 312.71 Å2 / Biso mean: 96.17 Å2 / Biso min: 39.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.89→46.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22012 0 40 0 22052
Biso mean--93.83 --
残基数----2878
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00522394
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09230248
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0423420
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043924
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4628256
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A13140X-RAY DIFFRACTION14.295TORSIONAL
12B13140X-RAY DIFFRACTION14.295TORSIONAL
13C13140X-RAY DIFFRACTION14.295TORSIONAL
14D13140X-RAY DIFFRACTION14.295TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.886-2.91990.39411290.3552444257393
2.9199-2.95550.34671380.33382625276399
2.9555-2.99290.35071340.318925482682100
2.9929-3.03230.32931400.303326562796100
3.0323-3.07390.35121360.299425892725100
3.0739-3.11780.31371380.29492614275299
3.1178-3.16430.34281390.275726502789100
3.1643-3.21370.30381360.275425692705100
3.2137-3.26640.29761390.272426412780100
3.2664-3.32270.31661370.260626142751100
3.3227-3.38310.29191350.256325592694100
3.3831-3.44820.2741400.242726652805100
3.4482-3.51850.28021370.244325942731100
3.5185-3.5950.25411390.237826472786100
3.595-3.67860.23421370.224225992736100
3.6786-3.77060.23931380.20972614275299
3.7706-3.87250.23911360.208925952731100
3.8725-3.98630.21741400.200826472787100
3.9863-4.11490.2221370.187526122749100
4.1149-4.26190.20351380.181626102748100
4.2619-4.43240.21781400.177826612801100
4.4324-4.6340.20751360.171925952731100
4.634-4.87810.16491380.16982623276199
4.8781-5.18330.21151380.179826182756100
5.1833-5.5830.23681390.191826332772100
5.583-6.14370.23271390.207826502789100
6.1437-7.03020.23911380.20082617275599
7.0302-8.84760.19541400.180726592799100
8.8476-46.97710.191400.18152641278199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9854-0.2002-0.17511.0580.06932.03050.05510.2683-0.1467-0.2887-0.12740.1140.1609-0.20950.09650.45350.0969-0.00820.6783-0.15960.4853139.5199-23.9184135.4442
22.0667-0.00420.02241.51030.23382.2413-0.12690.10420.4329-0.29640.0968-0.2378-0.67420.17070.04390.57550.0259-0.02040.4405-0.11260.6125152.12416.8927149.3163
30.4705-0.089-0.20750.5296-0.01781.4613-0.11520.0258-0.10810.29620.04120.23450.1711-0.41340.09360.6860.06780.12260.9397-0.09140.5608127.3354-33.7627206.9854
40.86670.29310.1991.36890.11521.7569-0.1217-0.276-0.05180.3524-0.1198-0.23790.20960.27040.25130.62470.2421-0.00270.87220.02790.5063163.3324-34.0233205.6325
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 25 through 802 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 25 through 802 )B0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 25 through 802 )C0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 25 through 802 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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