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- PDB-4wky: Streptomcyes albus JA3453 oxazolomycin ketosynthase domain OzmN KS2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wky
タイトルStreptomcyes albus JA3453 oxazolomycin ketosynthase domain OzmN KS2
要素Beta-ketoacyl synthase
キーワードTRANSFERASE / Beta-ketoacyl synthase / polyketide / Streptomyces albus / PKS / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphopantetheine binding / antibiotic biosynthetic process / transferase activity
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 - #100 / Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / PKS_DH / Polyketide synthase, dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain ...Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 - #100 / Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / PKS_DH / Polyketide synthase, dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptomyces albus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Cuff, M.E. / Mack, J.C. / Endres, M. / Babnigg, G. / Bingman, C.A. / Yennamalli, R. / Lohman, J.R. / Ma, M. / Shen, B. / Phillips Jr., G.N. ...Cuff, M.E. / Mack, J.C. / Endres, M. / Babnigg, G. / Bingman, C.A. / Yennamalli, R. / Lohman, J.R. / Ma, M. / Shen, B. / Phillips Jr., G.N. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structural and evolutionary relationships of "AT-less" type I polyketide synthase ketosynthases.
著者: Lohman, J.R. / Ma, M. / Osipiuk, J. / Nocek, B. / Kim, Y. / Chang, C. / Cuff, M. / Mack, J. / Bigelow, L. / Li, H. / Endres, M. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Phillips, G.N. / Shen, B.
履歴
登録2014年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月2日Group: Database references / Other / Structure summary
改定 1.22017年2月22日Group: Structure summary
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-ketoacyl synthase
B: Beta-ketoacyl synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,83212
ポリマ－126,0452
非ポリマー78710
水10,106561
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6770 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area40290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.271, 100.482, 160.103
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Beta-ketoacyl synthase


分子量: 63022.691 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 15-606 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptomyces albus (バクテリア) / 遺伝子: ozmN, PKS / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B2WW47
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 561 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.03 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M Bis-TRIS HCl pH 6.5, 2M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915, 0.97929
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月19日
放射モノクロメーター: Si (III) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979151
20.979291
Reflection冗長度: 6.4 % / 数: 575505 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Χ2: 1.2 / D res high: 2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 90011 / % possible obs: 99.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.435010.0552.7266
4.315.4310.0562.3096.2
3.764.3110.0622.3556.2
3.423.7610.0762.1696.3
3.173.4210.0871.8526.4
2.993.1710.11.4126.5
2.842.9910.1171.2326.5
2.712.8410.141.0596.5
2.612.7110.1640.9626.5
2.522.6110.1770.8946.5
2.442.5210.2060.8246.5
2.372.4410.2340.7876.5
2.312.3710.2530.7656.5
2.252.3110.2850.7346.4
2.22.2510.3150.7126.4
2.152.210.360.676.4
2.112.1510.40.6526.4
2.072.1110.4530.6346.3
2.032.0710.5390.6146.3
22.0310.6330.596.3
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 90011 / Num. obs: 90011 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.124 / Χ2: 1.199 / Net I/av σ(I): 19.153 / Net I/σ(I): 6.5 / Num. measured all: 575505
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2-2.036.30.63344030.8440.2740.6920.5998.8
2.03-2.076.30.53944120.8740.2320.5890.61499
2.07-2.116.30.45344070.9180.1960.4950.63499.1
2.11-2.156.40.444030.9270.1720.4370.65299.1
2.15-2.26.40.3644520.9430.1550.3930.6799.4
2.2-2.256.40.31544540.9580.1360.3440.71299.6
2.25-2.316.40.28544240.9610.1220.3110.73499.6
2.31-2.376.50.25344940.9720.1080.2750.76599.7
2.37-2.446.50.23444720.9730.10.2560.78799.9
2.44-2.526.50.20644780.9780.0880.2250.824100
2.52-2.616.50.17744950.9830.0760.1930.894100
2.61-2.716.50.16444880.9850.070.1780.962100
2.71-2.846.50.1444990.9890.060.1521.059100
2.84-2.996.50.11745070.9910.050.1271.23299.9
2.99-3.176.50.145350.9920.0430.1091.412100
3.17-3.426.40.08745240.9940.0370.0951.852100
3.42-3.766.30.07645470.9950.0330.0832.169100
3.76-4.316.20.06245770.9960.0270.0682.355100
4.31-5.436.20.05646240.9970.0240.0612.309100
5.43-5060.05548160.9980.0240.062.72699.6

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000位相決定
HKL-3000データスケーリング
直接法6.3位相決定
SHELX位相決定
MLPHARE位相決定
Cootモデル構築
ARPモデル構築
WARPモデル構築
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
REFMAC5.8.0073精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→37.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / WRfactor Rfree: 0.176 / WRfactor Rwork: 0.1479 / FOM work R set: 0.8839 / SU B: 6.421 / SU ML: 0.089 / SU R Cruickshank DPI: 0.1407 / SU Rfree: 0.1263 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.126
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1891 4428 4.9 %RANDOM
Rwork0.1591 85489 --
obs0.1605 85849 99.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 83.5 Å2 / Biso mean: 26.936 Å2 / Biso min: 13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.28 Å20 Å2-0 Å2
2---0.39 Å2-0 Å2
3---2.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→37.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8545 0 46 561 9152
Biso mean--54.08 32.43 -
残基数----1153
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0198806
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028261
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5451.96111995
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.806318901
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.32451155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.80422.539382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.579151239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3131587
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.21362
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02110194
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022033
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4271.8774626
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4271.8764625
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2272.8015779
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 328 -
Rwork0.2 6142 -
all-6470 -
obs--97.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)詳細Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.49290.0392-0.11480.6553-0.0070.2777-0.00080.0135-0.0438-0.0494-0.03580.0962-0.0135-0.03320.03650.03050.013-0.0080.0089-0.00960.0219Chain A-13.408240.78845.1724
20.6314-0.09720.05080.39770.01630.3354-0.0125-0.07440.10950.07490.0137-0.0482-0.0055-0.025-0.00120.05050.0042-0.00820.0286-0.00670.0236Chain B17.24338.294467.8422
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A16 - 597
2X-RAY DIFFRACTION2B15 - 599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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