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- PDB-4wkw: Crystal Structure of a Conserved Hypothetical Protein from Mycoba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wkw
タイトルCrystal Structure of a Conserved Hypothetical Protein from Mycobacterium leprae Determined by Iodide SAD Phasing
要素Uncharacterized protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / SSGCID / Mycobacterium leprae / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-disulfide reductase activity
類似検索 - 分子機能
: / Mycothiol-dependent nitroreductase Rv2466c / DSBA-like thioredoxin domain / DSBA-like thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / DSBA domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium leprae (らい菌)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of a Conserved Hypothetical Protein from Mycobacterium leprae
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Dranow, D.M. / Lukacs, C.M. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2014年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_status ...entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9455
ポリマ－50,7592
非ポリマー1863
水1,72996
1
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4422
ポリマ－25,3801
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5043
ポリマ－25,3801
非ポリマー1242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子

B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子

B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,89110
ポリマ－101,5184
非ポリマー3726
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation3_545x+1/2,y-1/2,z1
crystal symmetry operation4_546-x+1/2,y-1/2,-z+11
Buried area9700 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area32180 Å2
手法PISA
4
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子

B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9455
ポリマ－50,7592
非ポリマー1863
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_546-x+1/2,y-1/2,-z+11
Buried area3860 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area17080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.570, 84.190, 71.710
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.520, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細biological unit is a monomer

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 25379.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mycobacterium leprae (らい菌) / 株: Br4923 / 遺伝子: MLBr01485 / プラスミド: MyleA.18251.a.A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B8ZRP7, UniProt: A0A0H3MQY4*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.66 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: at 40mg/ml mixed 1:1 with MCSG1(b1): 20% PEG-4000, 01.M MES/NaOH, pH=6.5, 0.6M NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月18日
放射モノクロメーター: Rigaku Varimax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection数: 292167 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 1.12 / D res high: 2.3 Å / Num. obs: 39867 / % possible obs: 98.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obsIDRmerge(I) obs
7.2710.2982410.029
5.947.27105010.04
5.145.94129610.042
4.65.14140710.035
4.24.6155110.039
3.894.2176410.043
3.643.89184010.051
3.433.64198410.061
3.253.43203110.072
3.13.25218010.103
2.973.1228610.142
2.852.97241410.173
2.752.85247110.208
2.662.75257210.251
2.572.66261810.327
2.492.57276310.398
2.422.49287810.47
2.362.42283110.463
2.32.36266510.627
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 20285 / Num. obs: 20285 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 34.31 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rrim(I) all: 0.063 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I): 15.83 / Num. measured all: 59395
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.3-2.362.90.9260.4323.194061150714050.52993.2
2.36-2.420.9470.2824.664246147914590.34498.6
2.42-2.490.9520.2584.934166144314340.31599.4
2.49-2.570.960.2195.664100141514000.26898.9
2.57-2.660.9660.1876.113864132413190.22999.6
2.66-2.750.9820.1497.523815130713010.18199.5
2.75-2.850.9840.1278.383751128812790.15599.3
2.85-2.970.9880.1089.033565120812070.13299.9
2.97-3.10.9910.08610.383510118411820.10599.8
3.1-3.250.9960.06912.913281111011060.08499.6
3.25-3.430.9970.04717.943078104610400.05799.4
3.43-3.640.9980.04122.1289010139940.0598.1
3.64-3.890.9970.03929.0624829408800.04993.6
3.89-4.20.9990.02733.7726649128940.03398
4.2-4.60.9990.02537.5923848198060.0398.4
4.6-5.140.9990.02338.7221257207180.02899.7
5.14-5.940.9990.02633.9419356646610.03299.5
5.94-7.270.9990.02435.5515965505440.0398.9
7.27-10.2910.01748.3412474404270.02197

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1810)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XSCALEデータスケーリング
ARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→41.4 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2347 993 4.9 %
Rwork0.189 19277 -
obs0.1912 20270 98.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 100.13 Å2 / Biso mean: 44.9558 Å2 / Biso min: 20.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→41.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2928 0 12 96 3036
Biso mean--49.05 43.19 -
残基数----382
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073017
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0264124
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038459
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005538
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4031041
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2999-2.42120.3551200.25332676279696
2.4212-2.57280.3071490.23522773292299
2.5728-2.77140.27041610.22112726288799
2.7714-3.05030.26011510.223327772928100
3.0503-3.49150.26271500.19827762926100
3.4915-4.39810.18451360.1712713284997
4.3981-41.40630.19731260.15342836296299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.58470.7734-1.04123.1441.13961.99270.14830.40740.0887-0.3163-0.0335-0.0547-0.0021-0.1061-0.09250.34930.03470.03370.31890.04210.286515.735687.81911.9832
22.18691.2728-0.74242.82850.94521.66150.0068-0.01820.1972-0.1480.0433-0.0675-0.042-0.1125-0.06660.38690.0430.02170.2464-0.01120.239618.94683.711711.9961
30.16250.0872-0.02830.0673-0.00060.02210.77360.1399-0.2576-0.4762-0.9139-0.01841.45190.92950.05010.72050.2999-0.00110.77240.06120.820840.364377.244918.8559
42.9466-0.0473-1.19892.00720.28895.25390.18090.07270.268-0.51490.0595-0.808-0.17920.2059-0.21580.39790.04620.15470.23980.01860.465531.115587.24475.7052
54.1156-0.3529-2.02467.40881.00184.7660.02670.0677-0.00170.054-0.06810.01740.1556-0.07050.02250.2053-0.02550.01240.2339-0.00050.161911.451179.240117.6522
62.20110.531-1.43694.46521.9162.73930.2194-0.31070.1717-0.1118-0.0736-0.27820.05030.5974-0.22070.29290.06410.09860.39130.0180.335613.8467114.299130.0944
75.0222.05841.91945.26893.68885.58550.17220.2409-0.6729-0.1439-0.0480.12940.65270.1786-0.09890.28350.08460.0650.37230.08710.28128.5506107.703726.7619
82.54371.5867-1.34335.16750.57933.21830.08880.180.0927-0.64360.0491-0.1453-0.1882-0.041-0.12850.37950.09460.07260.28230.04160.283411.003107.433316.8601
93.48051.9825-0.57444.75651.9782.16240.4011-0.23570.38970.1586-0.12320.43340.1296-0.10540.07030.5218-0.05210.16190.4298-0.04660.45315.5986109.06136.8957
103.24080.8307-3.0464.6023-1.03464.57640.1611-0.02850.0503-0.12190.0532-0.316-0.47550.1415-0.15890.30710.01330.00440.3128-0.05370.2879.4873120.713438.7338
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 19 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 20 through 56 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 57 through 69 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 70 through 143 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 144 through 207 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 9 through 35 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 36 through 69 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 70 through 147 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 148 through 164 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 165 through 207 )B0

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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