PDB-4wkv: n-Alkylboronic Acid Inhibitors Reveal Determinants of Ligand Spec...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wkv

タイトル

n-Alkylboronic Acid Inhibitors Reveal Determinants of Ligand Specificity in the Quorum-Quenching and Siderophore Biosynthetic Enzyme PvdQ

要素

(Acyl-homoserine lactone acylase PvdQ) x 2

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE Inhibitor / n-Alkylboronic acid inhibitors of PvdQ / HYDROLASE-HYDROLASE Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

acyl-homoserine-lactone acylase / short-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / pyoverdine biosynthetic process / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / quorum sensing / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / single-species biofilm formation / antibiotic biosynthetic process / periplasmic space / response to antibiotic ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.1434 Å

データ登録者

Wu, R. / Clevenger, K.D. / Fast, W. / Liu, D.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: n-Alkylboronic Acid Inhibitors Reveal Determinants of Ligand Specificity in the Quorum-Quenching and Siderophore Biosynthetic Enzyme PvdQ.
著者: Clevenger, K.D. / Wu, R. / Liu, D. / Fast, W.

履歴

登録	2014年10月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年11月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / refine_hist Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wkv.cif.gz	305 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wkv.ent.gz	244.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wkv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/4wkv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/4wkv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4wksC 4wktC 4wkuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2wyc-d 4wks-d 2wyd-d 4bth-d 3srb-d 5ubk-d 4k2f-d 3sra-d 4wku-d 2wye-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

C: Acyl-homoserine lactone acylase PvdQ

A: Acyl-homoserine lactone acylase PvdQ

ヘテロ分子

80.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.660, 166.507, 94.519
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Acyl-homoserine lactone acylase PvdQ / Acyl-HSL acylase PvdQ 分子量: 60632.078 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 217-762 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: pvdQ, qsc112, PA2385 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I194, acyl-homoserine-lactone acylase
#2: タンパク質	Acyl-homoserine lactone acylase PvdQ / Acyl-HSL acylase PvdQ 分子量: 17993.191 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP reisdues 28-192 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: pvdQ, qsc112, PA2385 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I194, acyl-homoserine-lactone acylase
#3: 化合物	ChemComp-3QK / trihydroxy(octyl)borate(1-) 分子量: 175.054 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₂₀BO₃
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 499 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.18 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Hepes (50 mM) at pH 7.5; RbCl (80 mM); PEG-4000 (10% (w/v))

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.99 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.143→47.3 Å / Num. obs: 52338 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.5 % / Net I/σ(I): 13.1

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1678) / 分類: 精密化

精密化

解像度: 2.1434→47.26 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.45 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1932	2668	5.1 %
R_work	0.1513	-	-
obs	0.1534	52309	99.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1434→47.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5515	0	101	499	6115

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5804
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.027	7874
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.175	2164
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	830
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1043

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1434-2.1823	0.2261	144	0.196	2428	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1823-2.2243	0.2036	144	0.1896	2568	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2243-2.2697	0.2383	146	0.1801	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2697-2.3191	0.2104	148	0.1748	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3191-2.373	0.2364	145	0.1741	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
2.373-2.4323	0.231	139	0.1775	2579	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4323-2.4981	0.2123	139	0.1681	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4981-2.5716	0.2063	144	0.1661	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5716-2.6546	0.1943	136	0.1623	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6546-2.7495	0.2284	142	0.1622	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7495-2.8595	0.2041	136	0.1541	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8595-2.9897	0.1678	152	0.1502	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9897-3.1473	0.1945	134	0.1501	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1473-3.3444	0.218	133	0.1475	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3444-3.6025	0.1906	141	0.1512	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6025-3.9649	0.1784	147	0.1335	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9649-4.5382	0.1421	127	0.127	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5382-5.7161	0.1768	132	0.1318	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7161-47.271	0.1918	139	0.1491	2787	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9658	-0.3714	0.4421	0.5408	-0.0405	0.8275	0.0374	-0.1046	-0.0846	0.0047	0.0074	0.1079	0.1494	-0.1595	-0.0473	0.1794	-0.0381	0.0126	0.1911	0.0089	0.188	15.7582	32.849	7.1037
2	1.1425	0.5744	1.083	1.5336	0.7712	2.3177	0.0671	0.2052	-0.1058	-0.3007	0.0597	0.0856	0.325	0.2027	-0.0986	0.3568	0.0724	-0.0327	0.2143	-0.0114	0.2481	32.1491	17.343	-5.9514
3	5.2048	-0.8511	-0.686	7.1062	2.1794	7.1148	-0.0834	-0.0669	0.1499	0.4474	0.1931	-0.1328	0.1438	0.326	-0.1119	0.0965	0.0278	-0.0354	0.2115	0.0026	0.1371	44.4406	33.1284	21.8886
4	4.8759	-2.4459	-1.9234	3.9887	1.7819	1.0007	-0.012	-0.3327	0.0898	0.3032	0.1139	-0.1253	0.1069	0.0015	-0.0528	0.1774	0.0367	-0.0488	0.192	-0.005	0.0819	40.1177	32.7836	24.9722
5	1.8618	-0.7991	1.4584	1.778	-2.1776	4.4066	-0.0616	0.0741	0.0778	0.0693	-0.0494	-0.1647	-0.1997	0.138	0.1329	0.1359	-0.0425	-0.0026	0.1751	-0.0292	0.1908	37.9766	44.3855	9.529
6	7.7293	2.522	-0.4619	4.6361	-5.9957	9.241	-0.1396	0.5337	-0.256	-1.0293	-0.1366	-0.3034	0.6972	0.2953	0.3529	0.2427	-0.0108	0.0399	0.2446	-0.0328	0.2132	32.0512	45.4911	-8.589
7	5.8388	-1.6907	-2.138	2.4593	1.6368	3.7932	-0.1164	-0.1629	0.2247	0.0192	0.083	-0.1028	-0.2271	0.1745	0.0597	0.1837	0.0022	-0.0315	0.1973	-0.009	0.1975	24.785	50.5623	-1.5301
8	2.3731	-0.9378	1.3968	6.6967	-5.4991	5.0032	-0.2519	-0.3643	0.2533	0.5832	0.2925	0.2816	-0.9696	-0.5729	-0.0599	0.234	0.0279	0.006	0.2428	-0.0564	0.2605	21.9646	51.1132	15.6465
9	4.6871	0.8486	-2.0731	1.3568	-0.2411	3.5178	0.0566	-0.2814	0.4679	0.1713	0.1605	-0.1593	-0.152	0.2459	-0.2218	0.1704	0.012	-0.0474	0.1681	-0.039	0.2037	41.9024	44.5183	15.7719
10	2.8256	0.8168	-1.3082	0.8422	-1.5041	5.8766	-0.0066	0.1221	0.6425	0.0374	0.1491	-0.1181	-0.4387	0.3289	-0.0909	0.1901	-0.0418	-0.0115	0.2287	-0.0144	0.2746	41.835	50.7356	6.4562
11	3.9992	0.1482	1.6518	1.8366	0.3648	2.9795	-0.0051	-0.2449	-0.0038	-0.0027	-0.0094	0.0501	-0.0282	-0.0916	-0.0436	0.1881	0.0238	0.0211	0.1854	0.0074	0.1797	26.1467	44.6024	9.0109
12	3.4512	-0.8038	1.3324	2.7612	-0.8644	3.5655	0.0507	0.3946	-0.0041	-0.3835	0.0235	0.1422	-0.1365	-0.1317	-0.0602	0.2045	0.01	-0.0023	0.2533	0.022	0.2079	14.5155	49.3682	-9.4181

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 218 through 528 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 529 through 764 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 29 through 41 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 42 through 49 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 50 through 84 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 85 through 95 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 96 through 106 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 107 through 120 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 121 through 150 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 151 through 158 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 159 through 173 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 174 through 192 )

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