PDB-4wku: n-Alkylboronic Acid Inhibitors Reveal Determinants of Ligand Spec...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wku

タイトル

n-Alkylboronic Acid Inhibitors Reveal Determinants of Ligand Specificity in the Quorum-Quenching and Siderophore Biosynthetic Enzyme PvdQ

要素

(Acyl-homoserine lactone acylase PvdQ) x 2

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE Inhibitor / n-Alkylboronic acid inhibitors of PvdQ / HYDROLASE-HYDROLASE Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

acyl-homoserine-lactone acylase / short-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / pyoverdine biosynthetic process / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / quorum sensing / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / single-species biofilm formation / antibiotic biosynthetic process / periplasmic space / response to antibiotic ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2 Å

データ登録者

Wu, R. / Clevenger, K.D. / Fast, W. / Liu, D.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: n-Alkylboronic Acid Inhibitors Reveal Determinants of Ligand Specificity in the Quorum-Quenching and Siderophore Biosynthetic Enzyme PvdQ.
著者: Clevenger, K.D. / Wu, R. / Liu, D. / Fast, W.

履歴

登録	2014年10月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年11月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / refine_hist / struct_conn / struct_keywords Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_keywords.text

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wku.cif.gz	306.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wku.ent.gz	245.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wku.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/4wku ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/4wku	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4wksC 4wktC 4wkvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2wye-d 4wkt-d 4k2g-d 1fm2-d 3sra-d 2wyb-d 5ubk-d 4wks-d 2wyd-d 4bth-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Acyl-homoserine lactone acylase PvdQ

B: Acyl-homoserine lactone acylase PvdQ

ヘテロ分子

80.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.131, 168.243, 94.945
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Acyl-homoserine lactone acylase PvdQ / Acyl-HSL acylase PvdQ 分子量: 17993.191 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 28-192 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: pvdQ, qsc112, PA2385 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I194, acyl-homoserine-lactone acylase
#2: タンパク質	Acyl-homoserine lactone acylase PvdQ / Acyl-HSL acylase PvdQ 分子量: 60632.078 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 217-762 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: pvdQ, qsc112, PA2385 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I194, acyl-homoserine-lactone acylase
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-3QJ / hexyl(trihydroxy)borate(1-) / ヘキシルトリヒドロキシほう素アニオン分子量: 147.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₆BO₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 548 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.96 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Hepes (50 mM) at pH 7.5; RbCl (80 mM); PEG-4000 (10% (w/v))

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.99 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→39.262 Å / Num. obs: 65037 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.1 % / Net I/σ(I): 5.4

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.2_1309) / 分類: 精密化

精密化

解像度: 2→39.262 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2149	3315	5.1 %
R_work	0.1798	-	-
obs	0.1816	65037	99.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→39.262 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5538	0	105	548	6191

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	5790
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.75	7848
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.651	2161
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	830
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1039

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0286	0.4052	137	0.3458	2502	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0286-2.0588	0.3483	144	0.2997	2499	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0588-2.091	0.2943	120	0.2776	2556	X-RAY DIFFRACTION	99
2.091-2.1253	0.2973	145	0.2604	2532	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1253-2.1619	0.2763	142	0.2388	2542	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1619-2.2013	0.247	140	0.2281	2544	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2013-2.2436	0.2917	123	0.2222	2545	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2436-2.2894	0.2656	142	0.2105	2527	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2894-2.3392	0.2613	128	0.2091	2588	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3392-2.3936	0.234	145	0.1962	2526	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3936-2.4534	0.1958	120	0.1974	2607	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4534-2.5197	0.2373	150	0.1946	2569	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5197-2.5939	0.234	132	0.1917	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5939-2.6776	0.2348	120	0.1848	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6776-2.7732	0.2162	137	0.1831	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7732-2.8842	0.2156	123	0.1707	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8842-3.0155	0.2238	141	0.1707	2553	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0155-3.1744	0.2066	136	0.1695	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1744-3.3732	0.1864	152	0.1626	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3732-3.6334	0.1863	132	0.1577	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6334-3.9988	0.192	151	0.1427	2603	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9988-4.5766	0.1636	166	0.1335	2566	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5766-5.7632	0.1746	149	0.1434	2617	X-RAY DIFFRACTION	98
5.7632-39.2697	0.187	140	0.1611	2661	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9799	-2.2939	-2.1708	2.363	0.3846	4.0925	-0.1095	-0.2243	0.1532	0.2797	0.1496	-0.1958	0.1141	0.3364	-0.0761	0.1139	-0.0027	-0.0417	0.2568	-0.0165	0.155	43.1311	33.5559	23.152
2	1.7615	-1.0268	1.367	1.6276	-1.4246	2.6142	-0.0123	0.1367	0.1324	-0.0693	-0.0511	-0.129	-0.1	0.2089	0.0712	0.1473	-0.0363	0.0072	0.1699	-0.0259	0.1972	34.3289	46.2804	3.8325
3	1.1465	0.1464	0.0168	4.4632	-3.69	3.068	-0.1098	-0.2318	0.2642	0.3887	0.3233	0.3485	-0.7493	-0.5296	-0.1729	0.2341	0.0541	0.0024	0.2091	-0.0485	0.2593	21.9284	51.3932	15.4739
4	3.236	0.2384	-1.1409	1.606	0.1004	2.3598	-0.0163	-0.2366	0.3986	0.103	0.1697	-0.1515	-0.0493	0.212	-0.168	0.1369	0.0143	-0.0397	0.178	-0.0363	0.1985	41.9865	45.1449	15.7816
5	1.2218	-0.5576	0.3164	0.4542	-0.41	1.3089	0.0101	0.0395	0.0686	0.0749	0.0647	0.0867	-0.0033	0.0271	-0.0756	0.1539	-0.0023	0.0055	0.1567	-0.004	0.1903	27.7567	46.2677	4.4116
6	2.3058	-0.72	-1.7343	7.9749	1.4016	2.1031	-0.123	0.8968	0.272	-0.7956	-0.0873	0.5595	-0.7867	-0.6904	0.2533	0.401	0.0719	-0.0658	0.4257	0.0567	0.3333	8.541	56.186	-17.4167
7	0.7911	-0.3158	0.2954	0.5708	0.0252	0.7278	0.0154	-0.091	-0.0673	0.0208	0.0097	0.0952	0.1109	-0.1368	-0.0403	0.1151	-0.0367	0.0177	0.1569	0.0147	0.1623	15.8958	32.9861	7.0227
8	1.1096	0.4411	0.7585	1.5363	0.4747	1.8602	0.042	0.1424	-0.0809	-0.2872	0.0551	0.0929	0.3238	0.2501	-0.0864	0.2942	0.0658	-0.0263	0.1412	-0.0006	0.1885	32.6138	17.4406	-6.2003

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 29 through 49 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 50 through 106 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 107 through 120 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 121 through 150 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 151 through 184 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 185 through 192 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 218 through 528 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 529 through 764 )

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