PDB-4wkt: n-Alkylboronic Acid Inhibitors Reveal Determinants of Ligand Spec...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wkt

タイトル

n-Alkylboronic Acid Inhibitors Reveal Determinants of Ligand Specificity in the Quorum-Quenching and Siderophore Biosynthetic Enzyme PvdQ

要素

(Acyl-homoserine lactone acylase PvdQ) x 2

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE Inhibitor / n-Alkylboronic acid inhibitors of PvdQ / HYDROLASE-HYDROLASE Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

acyl-homoserine-lactone acylase / pyoverdine biosynthetic process / short-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / quorum sensing / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / single-species biofilm formation / antibiotic biosynthetic process / periplasmic space / response to antibiotic ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.782 Å

データ登録者

Wu, R. / Clevenger, K.D. / Fast, W. / Liu, D.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: n-Alkylboronic Acid Inhibitors Reveal Determinants of Ligand Specificity in the Quorum-Quenching and Siderophore Biosynthetic Enzyme PvdQ.
著者: Clevenger, K.D. / Wu, R. / Liu, D. / Fast, W.

履歴

登録	2014年10月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年11月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / refine_hist Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wkt.cif.gz	311.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wkt.ent.gz	249.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wkt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4wkt_validation.pdf.gz	464 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4wkt_full_validation.pdf.gz	472.5 KB	表示
XML形式データ	4wkt_validation.xml.gz	35.1 KB	表示
CIF形式データ	4wkt_validation.cif.gz	52.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/4wkt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/4wkt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4wksC 4wkuC 4wkvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4k2g-d 4wks-d 3srb-d 3sra-d 5ubk-d 4bth-d 4wku-d 2wyc-d 2wyb-d 3src-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

C: Acyl-homoserine lactone acylase PvdQ

A: Acyl-homoserine lactone acylase PvdQ

ヘテロ分子

80.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.294, 167.512, 95.025
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Acyl-homoserine lactone acylase PvdQ / Acyl-HSL acylase PvdQ 分子量: 60632.078 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 217-762 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: pvdQ, qsc112, PA2385 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I194, acyl-homoserine-lactone acylase
#2: タンパク質	Acyl-homoserine lactone acylase PvdQ / Acyl-HSL acylase PvdQ 分子量: 17993.191 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 28-192 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: pvdQ, qsc112, PA2385 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I194, acyl-homoserine-lactone acylase
#3: 化合物	ChemComp-BUB / 1-BUTANE BORONIC ACID / ブチルボロン酸分子量: 101.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₁BO₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 650 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.9 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Hepes (50 mM) at pH 7.5; RbCl (80 mM); PEG-4000 10% (w/v)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.99 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.78→47.513 Å / Num. obs: 92191 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.7 % / Net I/σ(I): 10.1

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1678) / 分類: 精密化

精密化

解像度: 1.782→47.513 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.32 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1918	2000	2.17 %
R_work	0.1654	-	-
obs	0.166	92148	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.782→47.513 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5522	0	114	650	6286

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5836
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.043	7911
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.481	2188
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	833
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1047

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.782-1.8261	0.3127	139	0.2952	6265	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8261-1.8754	0.3097	142	0.2641	6406	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8754-1.9306	0.2643	142	0.2394	6377	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9306-1.9929	0.2128	142	0.2126	6406	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9929-2.0642	0.247	142	0.2008	6423	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0642-2.1468	0.2108	142	0.1808	6370	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1468-2.2445	0.2198	142	0.1702	6426	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2445-2.3628	0.1823	142	0.1625	6407	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3628-2.5109	0.2233	144	0.1638	6455	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5109-2.7047	0.1894	142	0.1617	6468	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7047-2.9769	0.1744	144	0.1599	6446	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9769-3.4075	0.1906	144	0.1568	6496	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4075-4.2927	0.1542	144	0.1404	6520	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2927-47.5294	0.1697	149	0.1458	6683	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6943	-0.1297	0.1913	0.2216	0.1572	0.4798	-0.0214	-0.1166	-0.0148	0.0547	0.0334	0.0551	0.1014	-0.112	-0.0237	0.2059	-0.0261	0.0097	0.1769	0.0194	0.2018	21.3924	32.5125	8.797
2	1.2332	-0.2218	0.4808	0.6965	0.1282	1.2185	-0.0962	-0.0023	0.2941	-0.0963	-0.0079	-0.0622	-0.142	-0.1125	0.0705	0.1834	0.0098	0.0136	0.2091	0.0088	0.2553	17.9083	49.2273	0.3327
3	0.941	-0.7615	0.3116	0.864	-0.0747	0.7168	0.0174	-0.218	-0.2818	0.0166	0.0825	0.2384	0.2006	-0.3078	-0.0827	0.2499	-0.08	0.0169	0.3055	0.0601	0.304	10.8038	25.2635	8.7836
4	1.2614	0.4989	0.9924	1.4632	0.5964	2.0206	0.0041	0.2053	-0.1298	-0.2522	0.1221	0.108	0.3136	0.2282	-0.1064	0.3386	0.0308	-0.0119	0.2208	-0.0012	0.2629	32.3052	17.3843	-5.9161
5	2.6276	2.9521	-1.7918	4.1644	-0.6591	3.3833	0.0257	-1.5466	1.2614	1.7105	0.028	0.3961	-0.9892	-0.2906	-0.2612	0.5502	0.1023	-0.0728	0.4426	-0.2173	0.4026	41.1717	44.8962	30.6481
6	3.7776	-2.6593	-2.5437	3.5249	2.5383	4.0649	-0.183	-0.3258	0.0309	0.3012	0.2562	-0.1286	0.3092	0.3247	-0.0818	0.1986	0.0513	-0.0225	0.2265	-0.0217	0.1691	43.2798	30.947	21.6926
7	1.9224	-0.8852	1.2351	1.1998	-1.2546	2.5998	-0.0254	0.1028	0.1982	-0.0285	-0.0273	-0.1208	-0.0954	0.1348	0.0551	0.1633	-0.0283	-0.007	0.1529	-0.0169	0.1954	34.7065	45.805	4.2528
8	1.6658	-0.6966	0.8049	5.6662	-4.3786	3.4765	-0.2447	-0.2745	0.1529	0.6612	0.1725	0.2133	-1.0863	-0.5137	0.0163	0.2845	0.0545	-0.0089	0.2518	-0.0576	0.2815	22.0417	51.2814	15.5111
9	3.7985	0.1041	-1.3387	1.3723	0.0328	2.7345	-0.0822	-0.2978	0.4823	0.1248	0.1696	-0.184	-0.1427	0.2468	-0.0659	0.2048	0.0171	-0.055	0.1971	-0.0399	0.2206	41.9625	44.8753	15.7007
10	5.046	2.0118	-4.7442	1.0233	-1.9836	4.7934	0.0907	0.1092	0.6803	-0.0237	0.1946	0.0902	-0.5474	0.3292	-0.3651	0.2529	-0.0528	-0.0386	0.2437	-0.0168	0.2782	41.9104	51.0263	6.2695
11	3.0438	-0.0862	3.0815	0.7317	-0.2636	3.5108	0.0147	0.0915	0.0113	0.0473	0.0357	-0.0014	0.0577	0.0962	-0.0598	0.1742	0.0256	0.0254	0.2165	0.0076	0.1939	23.2565	44.6055	3.3889
12	5.2638	-1.1713	1.7917	7.7901	-1.5959	1.5075	-0.1943	1.0365	0.2191	-0.6419	-0.0678	0.4403	-0.8156	-0.4031	0.2997	0.4226	0.1312	-0.0381	0.4875	0.0784	0.2773	9.045	56.3409	-16.9695

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 218 through 316 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 317 through 383 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 384 through 528 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resid 529 through 764 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 28 through 33 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 34 through 49 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 50 through 106 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 107 through 120 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 121 through 150 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 151 through 158 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 159 through 184 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 185 through 192 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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