PDB-4wks: n-Alkylboronic Acid Inhibitors Reveal Determinants of Ligand Spec...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wks

タイトル

n-Alkylboronic Acid Inhibitors Reveal Determinants of Ligand Specificity in the Quorum-Quenching and Siderophore Biosynthetic Enzyme PvdQ

要素

(Acyl-homoserine lactone acylase PvdQ) x 2

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / PVDQ / n-Alkylboronic Acid / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

acyl-homoserine-lactone acylase / short-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / pyoverdine biosynthetic process / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / quorum sensing / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / single-species biofilm formation / antibiotic biosynthetic process / periplasmic space / response to antibiotic ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.629 Å

データ登録者

Wu, R. / Clevenger, D.K. / Fast, W. / Liu, D.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: n-Alkylboronic Acid Inhibitors Reveal Determinants of Ligand Specificity in the Quorum-Quenching and Siderophore Biosynthetic Enzyme PvdQ.
著者: Clevenger, K.D. / Wu, R. / Liu, D. / Fast, W.

履歴

登録	2014年10月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年11月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / refine_hist / struct_keywords Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wks.cif.gz	308.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wks.ent.gz	246.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wks.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4wks_validation.pdf.gz	447.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4wks_full_validation.pdf.gz	451.8 KB	表示
XML形式データ	4wks_validation.xml.gz	34.6 KB	表示
CIF形式データ	4wks_validation.cif.gz	53.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/4wks ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/4wks	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4wktC 4wkuC 4wkvC 4m1jS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3sra-d 4bth-d 3srb-d 5ubk-d 4wkt-d 2wyc-d 4k2g-d 4wkv-d 2wyd-d 4m1j-d 4wku-d 3src-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

C: Acyl-homoserine lactone acylase PvdQ

A: Acyl-homoserine lactone acylase PvdQ

ヘテロ分子

78.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.862, 167.471, 94.450
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Acyl-homoserine lactone acylase PvdQ / Acyl-HSL acylase PvdQ 分子量: 60632.078 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 217-762 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: pvdQ, qsc112, PA2385 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I194, acyl-homoserine-lactone acylase
#2: タンパク質	Acyl-homoserine lactone acylase PvdQ / Acyl-HSL acylase PvdQ 分子量: 17993.191 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 28-192 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: pvdQ, qsc112, PA2385 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I194, acyl-homoserine-lactone acylase
#3: 化合物	ChemComp-3QD / ethylboronic acid / エチルボロン酸分子量: 73.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₇BO₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 781 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.84 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5 詳細: Hepes (50 mM) at pH 7.5; RbCl (80 mM); PEG-4000 10% (w/v)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.99 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→42.6 Å / Num. obs: 119528 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 12.7

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1678) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4M1J

4m1j

解像度: 1.629→42.587 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.82 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1899	5988	5.01 %
R_work	0.1575	-	-
obs	0.1591	119501	99.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.629→42.587 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5516	0	4	781	6301

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.019	5738
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.707	7819
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.338	2146
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.108	836
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	1049

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.629-1.6479	0.3135	192	0.2818	3770	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6479-1.6673	0.2841	222	0.2692	3722	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6673-1.6876	0.2992	184	0.2595	3780	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6876-1.709	0.2596	201	0.2428	3783	X-RAY DIFFRACTION	100
1.709-1.7315	0.244	207	0.226	3765	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7315-1.7552	0.272	193	0.2289	3789	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7552-1.7803	0.2602	185	0.2241	3792	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7803-1.8069	0.2391	188	0.2092	3738	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8069-1.8351	0.2397	208	0.2011	3761	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8351-1.8652	0.2255	181	0.1952	3810	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8652-1.8973	0.2487	215	0.18	3785	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8973-1.9318	0.1943	193	0.1764	3766	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9318-1.969	0.2249	235	0.1621	3760	X-RAY DIFFRACTION	100
1.969-2.0092	0.1683	188	0.1614	3802	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0092-2.0529	0.2004	207	0.1591	3789	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0529-2.1006	0.1842	174	0.1577	3799	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1006-2.1532	0.1943	192	0.1557	3801	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1532-2.2114	0.18	226	0.1522	3758	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2114-2.2764	0.1742	205	0.1424	3766	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2764-2.3499	0.1875	157	0.1445	3859	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3499-2.4339	0.1651	205	0.1463	3783	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4339-2.5313	0.1837	219	0.1531	3805	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5313-2.6465	0.1817	214	0.1524	3804	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6465-2.786	0.1878	206	0.1526	3772	X-RAY DIFFRACTION	99
2.786-2.9605	0.1793	209	0.153	3793	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9605-3.1891	0.1967	209	0.1493	3756	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1891-3.5098	0.1758	211	0.1452	3801	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5098-4.0174	0.1678	179	0.136	3805	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0174-5.0602	0.1497	197	0.1264	3780	X-RAY DIFFRACTION	97
5.0602-42.6011	0.1886	186	0.1495	3819	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8105	-0.2871	0.2832	0.463	0.0586	0.7025	-0.005	-0.0815	-0.048	-0.0063	0.0031	0.1012	0.0998	-0.1193	-0.007	0.1199	-0.0222	0.0067	0.1323	0.0064	0.1463	16.3103	32.9626	6.9336
2	1.1968	0.4739	0.8011	1.5467	0.6187	2.0013	-0.0357	0.1866	-0.1059	-0.2956	0.1094	0.1114	0.3031	0.2304	-0.0775	0.2951	0.0432	-0.0043	0.1629	-0.0042	0.1959	33.0867	17.5983	-6.0098
3	3.2502	-2.5976	-2.2831	4.1274	3.7419	6.6318	-0.2027	-0.2264	0.0592	0.2914	0.219	-0.1575	0.3001	0.4386	-0.0361	0.1593	0.0444	-0.0228	0.2261	0.0045	0.141	43.6711	33.053	22.5919
4	1.9937	-1.0677	1.7927	1.5162	-1.7469	3.7539	-0.0101	0.0934	0.1059	-0.0817	-0.0484	-0.0863	-0.0121	0.1677	0.0424	0.0939	-0.0309	0.0025	0.0997	-0.0215	0.1285	34.6634	46.1571	4.1609
5	1.5193	0.7504	-0.4114	7.9529	-5.2982	3.5387	-0.0553	-0.1991	0.0871	0.5213	0.1493	0.3111	-0.8164	-0.422	-0.1056	0.1955	0.0419	-0.0037	0.1888	-0.0582	0.228	22.1878	51.3447	15.5804
6	3.9898	0.5	-2.5747	0.9084	-0.4822	3.0302	-0.0603	-0.1399	0.2467	0.0521	0.1348	-0.0818	-0.0673	0.1251	-0.0829	0.1277	-0.0118	-0.0279	0.1676	-0.0426	0.1624	42.2581	46.6196	13.5963
7	3.5938	-0.4462	2.6013	1.7486	-0.4747	5.423	0.0381	0.0858	-0.0192	-0.0846	0.0117	0.0827	0.0409	-0.0378	-0.091	0.0849	0.0135	0.0331	0.0905	0.0008	0.1276	20.6987	46.6597	-0.0604

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 218 through 528 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 529 through 764 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 30 through 49 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 50 through 106 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 107 through 120 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 121 through 158 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 159 through 192 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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