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- PDB-4wkj: Crystallographic Structure of a Dodecameric RNA-DNA Hybrid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wkj
タイトルCrystallographic Structure of a Dodecameric RNA-DNA Hybrid
要素
  • DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*GP*TP*C)-3')
  • RNA (5'-R(*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*C)-3')
キーワードRNA/DNA / RNA / DNA / Hybrid / Duplex / RNA-DNA complex
機能・相同性DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Davis, R.R. / Shaban, N.M. / Perrino, F.W. / Hollis, T.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
American Heart Association10GRNT3650033 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM069962 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM108827 米国
引用ジャーナル: Cell Cycle / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of RNA-DNA duplex provides insight into conformational changes induced by RNase H binding.
著者: Davis, R.R. / Shaban, N.M. / Perrino, F.W. / Hollis, T.
履歴
登録2014年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月29日Group: Derived calculations
改定 1.22015年3月4日Group: Database references
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_database_status ...pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible ..._pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
D: RNA (5'-R(*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*C)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*GP*TP*C)-3')
A: RNA (5'-R(*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*GP*TP*C)-3')
C: RNA (5'-R(*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*GP*TP*C)-3')
G: RNA (5'-R(*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*C)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*GP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9239
ポリマ－29,8998
非ポリマー241
水181
1
D: RNA (5'-R(*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*C)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*GP*TP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4752
ポリマ－7,4752
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1100 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area4460 Å2
手法PISA
2
A: RNA (5'-R(*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*GP*TP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4752
ポリマ－7,4752
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1100 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area4460 Å2
手法PISA
3
C: RNA (5'-R(*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*GP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4993
ポリマ－7,4752
非ポリマー241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1150 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area4520 Å2
手法PISA
4
G: RNA (5'-R(*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*C)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*GP*TP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4752
ポリマ－7,4752
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1100 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area4470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.649, 44.459, 83.346
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.27, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11D
21A
12D
22C
13D
23G
14E
24B
15E
25F
16E
26H
17A
27C
18A
28G
19B
29F
110B
210H
111C
211G
112F
212H

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 12 / Label seq-ID: 1 - 12

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11GGCCDA
21GGCCAC
12GGCCDA
22GGCCCE
13GGCCDA
23GGCCGG
14DGDGDCDCEB
24DGDGDCDCBD
15DGDGDCDCEB
25DGDGDCDCFF
16DGDGDCDCEB
26DGDGDCDCHH
17GGCCAC
27GGCCCE
18GGCCAC
28GGCCGG
19DGDGDCDCBD
29DGDGDCDCFF
110DGDGDCDCBD
210DGDGDCDCHH
111GGCCCE
211GGCCGG
112DGDGDCDCFF
212DGDGDCDCHH

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

-
要素

#1: RNA鎖
RNA (5'-R(*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*C)-3')


分子量: 3772.296 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*GP*TP*C)-3')


分子量: 3702.428 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.89 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M magnesium formate, 10% 2-Methyl-2,4-pentanediol
Temp details: room temperature

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: liquid nitrogen cryojet
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→26.27 Å / Num. obs: 8314 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 47.57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.492 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0085精密化
Cootモデル構築
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZBI

1zbi


解像度: 2.8→26.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 29.503 / SU ML: 0.246 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.785 / ESU R Free: 0.361 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24204 796 9.6 %RANDOM
Rwork0.23837 ---
obs0.23874 7484 99.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.455 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.85 Å2-0 Å20.04 Å2
2--1.83 Å2-0 Å2
3----2.35 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.8→26.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1980 1 1 1982
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0112212
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0120.021016
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6981.2253416
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.22132432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2336
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.021124
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0140.02476
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11D14140.01
12A14140.01
21D14040.03
22C14040.03
31D13880.04
32G13880.04
41E16620.05
42B16620.05
51E16360.08
52F16360.08
61E16360.07
62H16360.07
71A14080.03
72C14080.03
81A13960.04
82G13960.04
91B16520.06
92F16520.06
101B16560.05
102H16560.05
111C14120.03
112G14120.03
121F16380.08
122H16380.08
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.598 52 -
Rwork0.503 547 -
obs--99.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.12680.682-2.3130.2603-0.792.5966-0.0731-0.0412-0.2201-0.0384-0.1298-0.0710.16370.15810.20290.3275-0.0626-0.03020.365-0.02090.369710.873-10.09910.59
23.19843.5677-0.62045.1641-1.32236.13670.2335-0.2150.2194-0.0559-0.59150.245-0.12960.34440.35790.2772-0.0927-0.00790.29540.04560.343512.65-6.93810.048
32.5842-0.1466-1.57120.05710.31352.1628-0.0415-0.2281-0.07480.039-0.04980.02070.3280.00380.09130.28380.1321-0.01360.27730.04890.365612.449-10.123-10.528
43.5341-3.6763-0.84964.09121.65533.79740.09050.1540.1116-0.0613-0.3451-0.1039-0.0712-0.33810.25470.28360.10940.00420.2903-0.03730.360910.713-6.994-9.975
54.2671-1.6539-1.85513.73181.32791.0590.0437-0.0886-0.08450.00610.14550.06050.02280.0138-0.18920.0440.0157-0.07060.0520.08190.40488.9975.85-35.799
61.4819-1.7806-1.63053.67971.12084.6971-0.1122-0.0852-0.43020.00350.27140.26540.0063-0.1032-0.15920.13480.03380.05550.05060.01060.44056.8247.233-33.432
75.2058-1.3206-1.33182.1890.63430.3904-0.2146-0.19620.0173-0.00090.2260.09270.050.0816-0.01140.11010.0151-0.07080.0556-0.00460.248332.479-15.008-35.908
82.6008-2.1967-1.9324.5334-1.15044.4207-0.1318-0.0055-0.1890.16520.23920.28950.152-0.2237-0.10740.19120.0063-0.0250.0695-0.03320.305630.359-13.63-33.37
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1D1 - 12
2X-RAY DIFFRACTION2E1 - 12
3X-RAY DIFFRACTION3A1 - 12
4X-RAY DIFFRACTION4B1 - 12
5X-RAY DIFFRACTION5C1 - 12
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 12
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 12
8X-RAY DIFFRACTION8H1 - 12

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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