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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4wkb | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Vibrio cholerae 5'-methylthioadenosine/S-adenosyl homocysteine nucleosidase (MTAN) complexed with methylthio-DADMe-Immucillin-A | ||||||
要素 | 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase | ||||||
キーワード | hydrolase/hydrolase inhibitor / hydrolase / hydrolase-hydrolase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 adenosylhomocysteine nucleosidase / adenosylhomocysteine nucleosidase activity / methylthioadenosine nucleosidase activity / nucleoside catabolic process / L-methionine salvage from S-adenosylmethionine / L-methionine salvage from methylthioadenosine 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.37 Å | ||||||
データ登録者 | Cameron, S.A. / Thomas, K. / Almo, S.C. / Schramm, V.L. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015 タイトル: Active site and remote contributions to catalysis in methylthioadenosine nucleosidases. 著者: Thomas, K. / Cameron, S.A. / Almo, S.C. / Burgos, E.S. / Gulab, S.A. / Schramm, V.L. #1: ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2009 タイトル: Transition state analogs of 5'-methylthioadenosine nucleosidase disrupt quorum sensing 著者: Gutierrez, J.A. / Crowder, T. / Rinaldo-Matthis, A. / Ho, M.-C. / Almo, S.C. / Schramm, V.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4wkb.cif.gz | 113.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4wkb.ent.gz | 85.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4wkb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4wkb_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4wkb_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4wkb_validation.xml.gz | 22.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4wkb_validation.cif.gz | 34.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/4wkb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/4wkb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26225.900 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌) 株: ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395 / 遺伝子: mtnN, pfs, VC0395_A1957, VC395_2494 / プラスミド: pDEST14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A5F5R2, adenosylhomocysteine nucleosidase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.72 % / 解説: Block |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: Protein (10 mg/mL); Reservoir (0.1M di-ammonium hydrogen citrate and 15% PEG 3350); Cryoprotection (20% (v/v) glycerol) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月21日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double silicon(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.075 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.37→50 Å / Num. obs: 85031 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 10.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Χ2: 1.291 / Net I/av σ(I): 27.33 / Net I/σ(I): 16.2 / Num. measured all: 330001 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3DP9 解像度: 1.37→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / WRfactor Rfree: 0.1978 / WRfactor Rwork: 0.1739 / FOM work R set: 0.8889 / SU B: 0.81 / SU ML: 0.034 / SU R Cruickshank DPI: 0.0587 / SU Rfree: 0.0584 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.058 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.0584 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 40.33 Å2 / Biso mean: 13.758 Å2 / Biso min: 6.51 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.37→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.37→1.406 Å / Total num. of bins used: 20
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