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- PDB-4wk8: FOXP3 forms a domain-swapped dimer to bridge DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wk8
タイトルFOXP3 forms a domain-swapped dimer to bridge DNA
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*CP*TP*AP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*AP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*AP*G)-3')
  • Forkhead box protein P3
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / FOXP3 / regulatory T cells / DNA bridging / transcription regulation / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of peripheral T cell tolerance induction / CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell lineage commitment / establishment of endothelial blood-brain barrier / response to rapamycin / negative regulation of interleukin-4 production / negative regulation of CREB transcription factor activity / negative regulation of T cell cytokine production / negative regulation of chronic inflammatory response / transforming growth factor beta1 production / regulatory T cell differentiation ...positive regulation of peripheral T cell tolerance induction / CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell lineage commitment / establishment of endothelial blood-brain barrier / response to rapamycin / negative regulation of interleukin-4 production / negative regulation of CREB transcription factor activity / negative regulation of T cell cytokine production / negative regulation of chronic inflammatory response / transforming growth factor beta1 production / regulatory T cell differentiation / negative regulation of interleukin-5 production / regulation of isotype switching to IgG isotypes / tolerance induction to self antigen / negative regulation of defense response to virus / T cell mediated immunity / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / positive regulation of transforming growth factor beta1 production / T cell anergy / positive regulation of T cell anergy / immature T cell proliferation in thymus / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / isotype switching to IgE isotypes / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / positive regulation of immature T cell proliferation in thymus / negative regulation of immune response / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of interleukin-17 production / regulation of T cell anergy / negative regulation of cytokine production / myeloid cell homeostasis / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / histone acetyltransferase binding / negative regulation of interleukin-2 production / negative regulation of interleukin-10 production / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / NFAT protein binding / positive regulation of interleukin-4 production / T cell homeostasis / negative regulation of activated T cell proliferation / negative regulation of interleukin-6 production / B cell homeostasis / negative regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of type II interferon production / NF-kappaB binding / negative regulation of T cell proliferation / T cell activation / response to virus / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / histone deacetylase binding / transcription corepressor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / T cell receptor signaling pathway / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / response to lipopolysaccharide / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / inflammatory response / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / FOXP, coiled-coil domain / FOXP coiled-coil domain / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. / Zinc finger C2H2 type domain signature. ...: / FOXP, coiled-coil domain / FOXP coiled-coil domain / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Forkhead box protein P3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.4006 Å
データ登録者Chen, Y. / Chen, L.
資金援助 米国, 中国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM064642 米国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81372904 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81272971 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: DNA binding by FOXP3 domain-swapped dimer suggests mechanisms of long-range chromosomal interactions.
著者: Chen, Y. / Chen, C. / Zhang, Z. / Liu, C.C. / Johnson, M.E. / Espinoza, C.A. / Edsall, L.E. / Ren, B. / Zhou, X.J. / Grant, S.F. / Wells, A.D. / Chen, L.
履歴
登録2014年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月4日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*AP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*AP*AP*CP*TP*AP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*T)-3')
F: Forkhead box protein P3
G: Forkhead box protein P3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0464
ポリマ－33,0464
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8760 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area15990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.431, 84.837, 68.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*AP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*AP*G)-3')


分子量: 6491.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*CP*TP*AP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*T)-3')


分子量: 6389.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質 Forkhead box protein P3 / Scurfin


分子量: 10082.725 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 336-417 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FOXP3, IPEX, JM2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BZS1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.55 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 7159 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 5.4 % / Net I/σ(I): 10.6

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化
精密化解像度: 3.4006→44.541 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2525 649 9.94 %
Rwork0.1903 --
obs0.1964 6529 94.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4006→44.541 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1388 855 0 0 2243
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0142394
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5693419
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d29.11934
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066364
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008284
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4006-3.66310.29561010.2441964X-RAY DIFFRACTION80
3.6631-4.03150.32741280.21511157X-RAY DIFFRACTION95
4.0315-4.61430.24641360.19241214X-RAY DIFFRACTION99
4.6143-5.81150.21981390.18421233X-RAY DIFFRACTION100
5.8115-44.5450.22851450.16211312X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -20.2487 Å / Origin y: 1.1245 Å / Origin z: -7.3154 Å
111213212223313233
T0.1465 Å2-0.0299 Å2-0.0543 Å2-0.2284 Å2-0.0192 Å2--0.1414 Å2
L0.3595 °2-0.5033 °20.2905 °2-2.8337 °2-1.2199 °2--1.3524 °2
S0.1827 Å °0.0818 Å °0.0317 Å °-0.1924 Å °-0.1249 Å °-0.0799 Å °-0.0872 Å °-0.1743 Å °0.0527 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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