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- PDB-4wj4: Crystal structure of non-discriminating aspartyl-tRNA synthetase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wj4
タイトルCrystal structure of non-discriminating aspartyl-tRNA synthetase from Pseudomonas aeruginosa complexed with tRNA(Asn) and aspartic acid
要素
  • 76mer-tRNA
  • Aspartate--tRNA(Asp/Asn) ligase
キーワードLIGASE/RNA / non-discriminating AspRS / tRNA / aminoacylation / LIGASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartate-tRNAAsn ligase / aspartate-tRNA(Asn) ligase activity / aspartate-tRNA ligase activity / aspartyl-tRNA aminoacylation / nucleic acid binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GAD-like domain / Aspartate-tRNA ligase, type 1 / : / : / GAD domain / GAD domain / GAD-like domain superfamily / Aspartyl/Asparaginyl-tRNA synthetase, class IIb / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) ...GAD-like domain / Aspartate-tRNA ligase, type 1 / : / : / GAD domain / GAD domain / GAD-like domain superfamily / Aspartyl/Asparaginyl-tRNA synthetase, class IIb / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Gyrase A; domain 2 / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ASPARTIC ACID / : / RNA / RNA (> 10) / Aspartate--tRNA(Asp/Asn) ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.294 Å
データ登録者Suzuki, T. / Nakamura, A. / Kato, K. / Tanaka, I. / Yao, M.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology of Japan21370041 日本
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structure of the Pseudomonas aeruginosa transamidosome reveals unique aspects of bacterial tRNA-dependent asparagine biosynthesis
著者: Suzuki, T. / Nakamura, A. / Kato, K. / Soll, D. / Tanaka, I. / Sheppard, K. / Yao, M.
履歴
登録2014年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年12月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月14日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22015年1月28日Group: Database references
改定 1.32020年2月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aspartate--tRNA(Asp/Asn) ligase
B: 76mer-tRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,9163
ポリマ－91,7832
非ポリマー1331
水00
1
A: Aspartate--tRNA(Asp/Asn) ligase
B: 76mer-tRNA
ヘテロ分子

A: Aspartate--tRNA(Asp/Asn) ligase
B: 76mer-tRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,8336
ポリマ－183,5664
非ポリマー2662
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_455-x-1,y,-z1
Buried area19120 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area65840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.913, 157.913, 146.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

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要素

#1: タンパク質 Aspartate--tRNA(Asp/Asn) ligase / Aspartyl-tRNA synthetase / AspRS / Non-discriminating aspartyl-tRNA synthetase / ND-AspRS


分子量: 67311.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: aspS, PA0963 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(de3) / 参照: UniProt: Q51422, aspartate-tRNAAsn ligase
#2: RNA鎖 76mer-tRNA


分子量: 24471.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: GenBank: 110227054
#3: 化合物 ChemComp-ASP / ASPARTIC ACID / アスパラギン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 133.103 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H7NO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.24 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7 / 詳細: Trisodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.29→47.26 Å / Num. obs: 28534 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 14.6 % / Net I/σ(I): 14.53

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1692) / 分類: 精密化
精密化解像度: 3.294→39.478 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2244 1425 5 %
Rwork0.1894 --
obs0.1912 28524 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.294→39.478 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4614 1622 9 0 6245
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036532
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6159202
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1582706
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0241069
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003927
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.294-3.41170.32221440.28652616X-RAY DIFFRACTION99
3.4117-3.54820.31971310.26562658X-RAY DIFFRACTION100
3.5482-3.70960.29921430.25112690X-RAY DIFFRACTION100
3.7096-3.9050.26951370.222673X-RAY DIFFRACTION100
3.905-4.14940.23061440.2132681X-RAY DIFFRACTION100
4.1494-4.46940.27811400.19042692X-RAY DIFFRACTION100
4.4694-4.91840.19121390.17072700X-RAY DIFFRACTION100
4.9184-5.62830.22651430.17892731X-RAY DIFFRACTION100
5.6283-7.08440.21871510.1862754X-RAY DIFFRACTION100
7.0844-39.48110.17651530.15642904X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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