PDB-4wip: DIX domain of human Dvl2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wip

タイトル

DIX domain of human Dvl2

要素

Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2

キーワード

SIGNALING PROTEIN / polymer signaling ubiquitin-like

機能・相同性

機能・相同性情報

Negative regulation of TCF-dependent signaling by DVL-interacting proteins / convergent extension involved in neural plate elongation / cochlea morphogenesis / segment specification / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / positive regulation of neuron projection arborization / non-canonical Wnt signaling pathway / clathrin-coated endocytic vesicle / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / frizzled binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.691 Å

データ登録者

Fiedler, M. / Bienz, M. / Madrzak, J. / Chin, J.W.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Ubiquitination of the Dishevelled DIX domain blocks its head-to-tail polymerization.
著者: Madrzak, J. / Fiedler, M. / Johnson, C.M. / Ewan, R. / Knebel, A. / Bienz, M. / Chin, J.W.

履歴

登録	2014年9月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年5月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wip.cif.gz	113.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wip.ent.gz	88 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wip.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/4wip ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/4wip	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3pz8
類似構造データ	5xnq-d 1ogq-d 4mbr-d 3qhe-1 3phx-2 6djc-1 6w6f-1 6w6c-1 5mfm-6 3o53-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (8) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (3) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (3) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (2) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (8)
#88 - 2007年4月
クラスリン (Clathrin)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (3)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (3)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (2)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2

B: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2

C: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2

ヘテロ分子

33.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.300, 84.820, 98.260
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	B
2	3	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	SER	SER	A	A	11 - 91	1 - 81
2	1	MET	MET	SER	SER	B	B	11 - 91	1 - 81
1	2	GLY	GLY	VAL	VAL	A	A	12 - 90	2 - 80
2	2	GLY	GLY	VAL	VAL	C	C	12 - 90	2 - 80
1	3	GLY	GLY	VAL	VAL	B	B	12 - 90	2 - 80
2	3	GLY	GLY	VAL	VAL	C	C	12 - 90	2 - 80

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2 / Dishevelled-2 / DSH homolog 2 分子量: 10970.392 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 13-105 / 変異: Y27D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DVL2 / プラスミド: pETM-11 詳細 (発現宿主): https://www.embl.de/pepcore/pepcore_services/cloning/pdf/pETM-11.pdf 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): CodonPlus-RIL / 参照: UniProt: O14641
#2: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.49 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: grew in PEG400 (cryo condition) over night / Temp details: 19C

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年8月22日

放射

モノクロメーター: Osmic VariMax / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54178 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.691→98.26 Å / Num. all: 13481 / Num. obs: 13481 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.1 % / R_pim(I) all: 0.095 / R_rim(I) all: 0.17 / R_sym value: 0.14 / Net I/av σ(I): 4.056 / Net I/σ(I): 5.9 / Num. measured all: 41191

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.69-2.84	3	0.48	1.6	5815	1963	0.331	0.48	2.1	99.9
2.84-3.01	3.1	0.328	2.3	5654	1831	0.224	0.328	3.1	99.9
3.01-3.22	3.1	0.228	3.3	5304	1723	0.156	0.228	4.3	99.9
3.22-3.47	3.1	0.164	4.3	5027	1621	0.111	0.164	5.9	99.8
3.47-3.81	3.1	0.137	4.9	4617	1499	0.093	0.137	7.1	99.6
3.81-4.26	3.1	0.118	5.5	4207	1367	0.08	0.118	8.2	99.4
4.26-4.91	3.1	0.109	5.5	3676	1190	0.073	0.109	8.9	98.9
4.91-6.02	3.1	0.112	5.3	3132	1018	0.075	0.112	8.5	98.6
6.02-8.51	3	0.109	4.8	2449	806	0.076	0.109	8.6	97.6
8.51-42.513	2.8	0.096	5.8	1310	463	0.065	0.096	9	95.3

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.69 Å	42.51 Å
Translation	2.69 Å	42.51 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0085	精密化
SCALA	3.3.21	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
MOSFLM		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.691→64.21 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.915 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.888 / SU B: 21.557 / SU ML: 0.213 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.393 / ESU R Free: 0.269 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24816	678	5 %	RANDOM
R_work	0.22214	-	-	-
obs	0.22351	12778	98.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.217 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.47 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.38 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.691→64.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1933	0	48	13	1994

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	2020
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	1948
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.807	1.988	2713
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.405	3	4516
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.688	5	240
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.847	24.516	93
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.608	15	346
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.209	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	294
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	2196
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	426
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.138	2.057	969
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.108	2.055	968
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.325	3.071	1206
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.33	3.074	1207
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.896	2.546	1051
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.893	2.546	1051
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.982	3.578	1508
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.021	15.992	1972
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	10.019	15.988	1972
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	8856	0.11
1	2	B	8856	0.11
2	1	A	8816	0.1
2	2	C	8816	0.1
3	1	B	8642	0.11
3	2	C	8642	0.11

LS精密化シェル

解像度: 2.691→2.761 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.4	49	-
R_work	0.348	942	-
obs	-	-	99.7 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.7742	-0.9631	-0.0389	3.1705	0.3451	2.3521	-0.0752	-0.082	-0.253	0.1122	0.0506	0.0191	0.1551	0.0567	0.0246	0.1818	0.0094	0.0329	0.0031	0.0035	0.1588	-5.966	-21.396	5.781
2	2.4749	0.1272	-0.1036	3.5336	4.2997	6.9728	0.0648	-0.3577	-0.1226	0.041	-0.1696	0.3128	0.2994	-0.611	0.1048	0.3286	-0.0552	-0.0349	0.327	0.0428	0.3626	-20.155	-8.717	21.515
3	4.0469	0.6777	0.3203	3.5422	0.1435	3.4688	-0.0166	0.2241	-0.5041	-0.059	-0.0712	0.0676	0.2746	-0.0921	0.0878	0.183	-0.0089	-0.0206	0.0224	-0.059	0.2403	-13.573	6.719	40.728

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	11 - 91
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	11 - 91
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	12 - 92

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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