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- PDB-4wid: Crystal structure of the immediate-early 1 protein (IE1) at 2.31 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wid
タイトルCrystal structure of the immediate-early 1 protein (IE1) at 2.31 angstrom (tetragonal form after crystal dehydration)
要素(RhUL123) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / Antagonist / cytomegalovirus
機能・相同性Cytomegalovirus IE1/IE2 / Cytomegalovirus IE1 protein / DNA-templated viral transcription / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / host cell nucleus / RhUL123
機能・相同性情報
生物種Macacine herpesvirus 3 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Klingl, S. / Scherer, M. / Sevvana, M. / Muller, Y.A. / Stamminger, T.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB796 ドイツ
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of Cytomegalovirus IE1 Protein Reveals Targeting of TRIM Family Member PML via Coiled-Coil Interactions.
著者: Scherer, M. / Klingl, S. / Sevvana, M. / Otto, V. / Schilling, E.M. / Stump, J.D. / Muller, R. / Reuter, N. / Sticht, H. / Muller, Y.A. / Stamminger, T.
履歴
登録2014年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月10日Group: Database references
改定 2.02017年9月6日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Refinement description
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_validate_close_contact / refine_ls_shell
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _refine_ls_shell.R_factor_R_free
改定 2.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RhUL123
B: RhUL123
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,7525
ポリマ－84,5052
非ポリマー2463
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6770 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area35050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.489, 56.489, 276.907
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 RhUL123


分子量: 42265.668 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 36-395 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Macacine herpesvirus 3 (ヘルペスウイルス)
プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2FAE9
#2: タンパク質 RhUL123


分子量: 42239.633 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 36-395 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Macacine herpesvirus 3 (ヘルペスウイルス)
プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2FAE9
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Reservoir 700 microL: 15 % (w/v) PEG 3350, 400 mM magnesium formate, Drop ratio: 1 to 2 microL protein solution (20 mg/mL) plus 1 microL of reservoir solution supplemented with crystal microseeds
PH範囲: approx. 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.31→48.18 Å / Num. obs: 37710 / % possible obs: 99.27 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 16.52
反射 シェル解像度: 2.306→2.389 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 1.56 / % possible all: 93.66

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Chain A of PDB 4W1C

4w1c


解像度: 2.31→48.18 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 31.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2496 1922 5.1 %
Rwork0.1973 --
obs0.2002 37693 99.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→48.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5694 0 16 123 5833
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085791
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0037784
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.422245
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037896
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004995
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3061-2.363800.28712516X-RAY DIFFRACTION92
2.3638-2.42770.31712490.27652420X-RAY DIFFRACTION98
2.4277-2.499100.25532693X-RAY DIFFRACTION100
2.4991-2.57980.31862140.24992527X-RAY DIFFRACTION100
2.5798-2.6720.29972270.24792450X-RAY DIFFRACTION100
2.672-2.778900.24122668X-RAY DIFFRACTION100
2.7789-2.90540.32991740.23632539X-RAY DIFFRACTION100
2.9054-3.05860.31241550.24872546X-RAY DIFFRACTION100
3.0586-3.25020.3051510.24262575X-RAY DIFFRACTION100
3.2502-3.5010.26751390.21122613X-RAY DIFFRACTION100
3.501-3.85320.25991440.1732542X-RAY DIFFRACTION100
3.8532-4.41050.20971650.15782557X-RAY DIFFRACTION100
4.4105-5.55540.19781580.15622551X-RAY DIFFRACTION100
5.5554-48.19250.20841460.16922574X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)詳細Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.83450.3056-3.08260.5639-1.04295.94740.1089-0.13810.04-0.112-0.2349-0.1148-0.22050.3910.12940.2974-0.04810.00240.4653-0.03260.3682Chain A26.7596-7.7114-18.2888
22.0936-0.1251-2.47130.0912-0.03213.7699-0.04660.26340.023-0.1694-0.0456-0.07690.3581-0.28990.12160.5690.06250.09740.3599-0.01250.4361Chain B18.5132-22.5221-24.5221
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 41:393)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 41:393)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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