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万見
- PDB-4wia: Crystal structure of flagellar accessory protein FlaH from Methan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wia
タイトルCrystal structure of flagellar accessory protein FlaH from Methanocaldococcus jannaschii
要素Putative flagella-related protein H
キーワードATP-BINDING PROTEIN / archaea / flagella
機能・相同性
機能・相同性情報


archaeal-type flagellum / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
KaiC-like domain / KaiC / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Archaeal flagellar ATP-binding protein FlaH
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Meshcheryakov, V.A. / Wolf, M.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of the flagellar accessory protein FlaH of Methanocaldococcus jannaschii suggests a regulatory role in archaeal flagellum assembly.
著者: Meshcheryakov, V.A. / Wolf, M.
履歴
登録2014年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月20日Group: Database references
改定 1.22020年2月5日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative flagella-related protein H
B: Putative flagella-related protein H
C: Putative flagella-related protein H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,44717
ポリマ－79,1073
非ポリマー1,34114
水1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6360 Å2
ΔGint-240 kcal/mol
Surface area28430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.960, 130.960, 89.081
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAAA5 - 2335 - 233
21ALAALABB5 - 2335 - 233
12ILEILEAA5 - 2295 - 229
22ILEILECC5 - 2295 - 229
13ILEILEBB5 - 2295 - 229
23ILEILECC5 - 2295 - 229

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Putative flagella-related protein H


分子量: 26368.836 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)
遺伝子: flaH, MJ0899 / プラスミド: pTXB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3) / 参照: UniProt: Q58309
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.88 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES, 0.65 M Rb2SO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 0.97886, 0.97944
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月27日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978861
20.979441
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 45022 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.6 % / Net I/σ(I): 11.9

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0073 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 15.644 / SU ML: 0.185 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.237 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23296 2182 4.9 %RANDOM
Rwork0.20552 ---
obs0.20687 42807 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 68.069 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.03 Å20.52 Å20 Å2
2--1.03 Å20 Å2
3----3.34 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5378 0 71 70 5519
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0195513
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.025553
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8542.0147442
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.418312789
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8975681
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.81324.366213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.041151012
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0831530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2895
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025978
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021146
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3263.1642732
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3243.1632731
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4964.7363411
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.4954.7383412
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9773.4582778
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.9773.4572778
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.4165.0814032
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.37325.3216061
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.37925.3196061
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A140960.14
12B140960.14
21A141570.13
22C141570.13
31B136060.16
32C136060.16
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 165 -
Rwork0.3 3127 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2997-0.2-0.48783.46780.86094.64270.0232-0.3045-0.38680.0674-0.0164-0.10950.41420.3612-0.00680.1819-0.16150.01810.31030.01040.07817.5445-71.4278109.8367
22.40710.7428-0.31923.7417-0.3491.63560.0360.01420.4003-0.0243-0.05830.7007-0.3776-0.76160.02230.39440.1460.09320.647-0.06390.3419-1.1434-37.655106.3397
32.43690.7072-0.38442.9784-1.16635.3432-0.00940.10580.04340.0099-0.0270.154-0.2214-0.23460.03640.1544-0.09650.00550.2891-0.00240.011120.0487-51.225576.547
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 233
2X-RAY DIFFRACTION2B5 - 233
3X-RAY DIFFRACTION3C5 - 230

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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