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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4wia | ||||||
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タイトル | Crystal structure of flagellar accessory protein FlaH from Methanocaldococcus jannaschii | ||||||
要素 | Putative flagella-related protein H | ||||||
キーワード | ATP-BINDING PROTEIN / archaea / flagella | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Meshcheryakov, V.A. / Wolf, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2016 タイトル: Crystal structure of the flagellar accessory protein FlaH of Methanocaldococcus jannaschii suggests a regulatory role in archaeal flagellum assembly. 著者: Meshcheryakov, V.A. / Wolf, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4wia.cif.gz | 281.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4wia.ent.gz | 240.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4wia.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4wia_validation.pdf.gz | 472.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4wia_full_validation.pdf.gz | 485.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4wia_validation.xml.gz | 27.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4wia_validation.cif.gz | 37 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/4wia ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/4wia | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26368.836 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌) 遺伝子: flaH, MJ0899 / プラスミド: pTXB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3) / 参照: UniProt: Q58309 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.88 % |
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結晶化 | 温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES, 0.65 M Rb2SO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 0.97886, 0.97944 | |||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月27日 | |||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 45022 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.6 % / Net I/σ(I): 11.9 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0073 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 15.644 / SU ML: 0.185 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.237 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 68.069 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.2→50 Å
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拘束条件 |
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