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万見
- PDB-4whj: Myxovirus Resistance Protein 2 (MxB) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4whj
タイトルMyxovirus Resistance Protein 2 (MxB)
要素Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / HYDROLASE / Dimer / 4-helix bundle / GTPase
機能・相同性
機能・相同性情報


synaptic vesicle budding from presynaptic endocytic zone membrane / response to interferon-alpha / regulation of nucleocytoplasmic transport / mRNA transport / nuclear pore / defense response / response to virus / receptor internalization / ISG15 antiviral mechanism / Interferon alpha/beta signaling ...synaptic vesicle budding from presynaptic endocytic zone membrane / response to interferon-alpha / regulation of nucleocytoplasmic transport / mRNA transport / nuclear pore / defense response / response to virus / receptor internalization / ISG15 antiviral mechanism / Interferon alpha/beta signaling / protein transport / presynapse / microtubule binding / defense response to virus / microtubule / regulation of cell cycle / innate immune response / GTPase activity / synapse / GTP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dynamin GTPase effector / Dynamin GTPase effector domain / Dynamin GTPase effector domain / Dynamin, GTPase region, conserved site / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Dynamin stalk domain / Dynamin central region / GTPase effector domain / GED domain profile. / Dynamin, GTPase domain ...Dynamin GTPase effector / Dynamin GTPase effector domain / Dynamin GTPase effector domain / Dynamin, GTPase region, conserved site / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Dynamin stalk domain / Dynamin central region / GTPase effector domain / GED domain profile. / Dynamin, GTPase domain / Dynamin, GTPase / Dynamin / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Dynamin, N-terminal / Dynamin family / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Xiong, Y. / Fribourgh, J.L. / Nguyen, H.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Collaboration Development Pilot Program award from the Pittsburgh Center for HIV Protein Interactions 米国
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2014
タイトル: Structural Insight into HIV-1 Restriction by MxB.
著者: Fribourgh, J.L. / Nguyen, H.C. / Matreyek, K.A. / Alvarez, F.J. / Summers, B.J. / Dewdney, T.G. / Aiken, C. / Zhang, P. / Engelman, A. / Xiong, Y.
履歴
登録2014年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月10日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_status ...entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification / _software.name
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
B: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,7782
ポリマ－147,7782
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2020 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area60230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.185, 80.782, 183.666
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.730, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TYR / Beg label comp-ID: TYR / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Auth seq-ID: 93 - 711 / Label seq-ID: 24 - 642

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB

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要素

#1: タンパク質 Interferon-induced GTP-binding protein Mx2 / Interferon-regulated resistance GTP-binding protein MxB / Myxovirus resistance protein 2 / p78-related protein


分子量: 73888.781 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 84-715 / 変異: YRGK487-490AAAA / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MX2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20592

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.71 %
結晶化温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法
詳細: 0.1 M MES, 5% PEG4000, 10% 2-Propanol, 0.05 M magnesium chloride
PH範囲: 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 24322 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 102.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Χ2: 1.134 / Net I/av σ(I): 15.627 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 132310
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allΧ2% possible allRmerge(I) obs
3.2-3.265.111261.08889.9
3.26-3.315.411621.11588
3.31-3.385.411131.10289.5
3.38-3.455.311411.08890.9
3.45-3.525.311821.12191.60.815
3.52-3.65.311671.11792.50.691
3.6-3.695.311921.16993.10.478
3.69-3.795.212191.11594.60.386
3.79-3.915.311661.12593.90.329
3.91-4.035.212301.152940.282
4.03-4.185.212171.13195.20.227
4.18-4.345.311981.17595.60.18
4.34-4.545.312351.15495.50.131
4.54-4.785.312501.0997.20.108
4.78-5.085.312521.17298.20.102
5.08-5.475.612761.13599.10.105
5.47-6.025.813021.22499.90.113
6.02-6.89612871.2631000.089
6.89-8.67612971.00799.50.047
8.67-50613101.108970.04

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
HKL-2000データ削減
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
SCALEPACKデータスケーリング
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SZR

3szr


解像度: 3.2→43.929 Å / SU ML: 0.64 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.94 / 位相誤差: 37.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2993 2294 5.05 %
Rwork0.2649 43163 -
obs0.2667 45457 90.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 439.09 Å2 / Biso mean: 162.6098 Å2 / Biso min: 37.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→43.929 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9082 0 0 0 9082
残基数----1130
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0029218
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6312418
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0231430
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031594
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.6613572
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5474X-RAY DIFFRACTION9.455TORSIONAL
12B5474X-RAY DIFFRACTION9.455TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2-3.26680.45161020.41622187228972
3.2668-3.34280.45911240.39042586271084
3.3428-3.42630.45861480.38372484263287
3.4263-3.5190.47561270.3582646277387
3.519-3.62250.39861330.33122588272187
3.6225-3.73930.35141460.32682609275588
3.7393-3.87290.32251430.30892687283089
3.8729-4.02780.30841370.2962648278590
4.0278-4.2110.30551380.27762705284390
4.211-4.43280.3071560.24822733288991
4.4328-4.71030.28221670.23562730289793
4.7103-5.07350.26241570.23022805296294
5.0735-5.58310.28221490.25952904305398
5.5831-6.38890.34221550.29942960311599
6.3889-8.04130.27431550.28022988314399
8.0413-43.93360.24031570.1982903306097
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.3417-1.85421.33197.7418-2.03277.81430.28460.37570.39440.7269-0.6213-0.08-0.6040.85740.31410.8832-0.0157-0.01630.4844-0.07380.6317-26.667-16.603515.0188
29.0326-0.02073.25887.0564-0.08796.8455-0.287-0.09671.0469-0.36240.15090.4698-1.5173-1.1424-0.12252.26630.1913-0.18992.83430.47541.512-162.52869.8838-88.8445
34.0858-3.98185.32743.9765-3.97855.51420.67950.8181-1.0663-0.88740.0790.7581.09350.3273-1.00931.37180.4154-0.17230.9884-0.02481.0556-36.3571-19.3897-8.6416
40.38120.78820.19212.50631.52121.06250.45370.6062-0.9253-1.14551.371-0.41150.0663-0.5465-1.29192.0294-0.7863-0.56723.44631.08641.5314-153.8892-2.2561-67.8131
58.44372.7171.82022.29670.7273.29410.0275-0.4941-0.94970.32790.2422-0.14770.5055-0.446-0.27170.81180.31160.050.63030.12030.6414-87.4793-24.6963-32.2833
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 93:368)A93 - 368
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resseq 93:368)B93 - 368
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and ((resseq 369:408) or (resseq 681:711))A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and ((resseq 369:408) or (resseq 681:711))B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 409:680)A409 - 680

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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