PDB-4whf: Crystal Structure of TR3 LBD in complex with 1-(3,4,5-trihydroxyp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4whf

タイトル

Crystal Structure of TR3 LBD in complex with 1-(3,4,5-trihydroxyphenyl)decan-1-one

要素

Nuclear receptor subfamily 4 group A member 1

キーワード

TRANSCRIPTION / LBD

機能・相同性

機能・相同性情報

neurotransmitter secretion involved in regulation of skeletal muscle contraction / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / regulation of type B pancreatic cell proliferation / non-canonical inflammasome complex assembly / detection of lipopolysaccharide / AKT phosphorylates targets in the nucleus / endothelial cell chemotaxis / nuclear glucocorticoid receptor binding / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / cell migration involved in sprouting angiogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.27 Å

データ登録者

Li, F.W. / Cai, Q.X. / Li, A.Z. / Tian, X.Y. / Wang, W.J. / Wang, Y. / Hou, P.P. / Wu, Q. / Lin, T.W.

引用

ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Induction of Autophagic Death in Cancer Cells by Agonizing TR3 and Attenuating Akt2 Activity
著者: Wang, W.J. / Wang, Y. / Hou, P.P. / Li, F.W. / Zhou, B. / Chen, H.Z. / Bian, X.L. / Cai, Q.X. / Xing, Y.Z. / He, J.P. / Zhang, H. / Huang, P.Q. / Lin, T. / Wu, Q.

履歴

登録	2014年9月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年9月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年10月14日	Group: Derived calculations
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4whf.cif.gz	110.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4whf.ent.gz	83.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4whf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4whf_validation.pdf.gz	668.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4whf_full_validation.pdf.gz	681.8 KB	表示
XML形式データ	4whf_validation.xml.gz	22.5 KB	表示
CIF形式データ	4whf_validation.cif.gz	31.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wh/4whf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wh/4whf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4re8C 4reeC 4refC 4whgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4kzm-1 1q4x-d 4kzm-2 4re8-1 1fcx-d 1n4h-d 4kzi-2 1pdu-2 2qw4-4 7c7w-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 1

A: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 1

ヘテロ分子

58.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.378, 76.440, 128.664
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 31 - 267 / Label seq-ID: 13 - 249

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	B	A
2	A	B

詳細

The biological unit is a monomer. There are 2 biological units in the asymmetric unit (chains A and chains B).

#1: タンパク質	Nuclear receptor subfamily 4 group A member 1 / Early response protein NAK1 / Nuclear hormone receptor NUR/77 / Nur77 / Orphan nuclear receptor HMR ...Early response protein NAK1 / Nuclear hormone receptor NUR/77 / Nur77 / Orphan nuclear receptor HMR / Orphan nuclear receptor TR3 / ST-59 / Testicular receptor 3 分子量: 28745.305 Da / 分子数: 2 / 断片: ligand binding domain, UNP residues 351-598 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR4A1, GFRP1, HMR, NAK1 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P22736
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-3MX / 1-(3,4,5-trihydroxyphenyl)decan-1-one 分子量: 280.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₄O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.33 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 / 詳細: PEG4000, Sodium citrate, Glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月22日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.27→50 Å / Num. obs: 29178 / % possible obs: 84.8 % / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.093 / R_pim(I) all: 0.062 / R_rim(I) all: 0.112 / Χ²: 1.644 / Net I/av σ(I): 14.323 / Net I/σ(I): 10.2 / Num. measured all: 78624

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.3-2.34	2.6	0.49	1483	0.728	0.331	0.596	1.362	88.2
2.34-2.38	2.6	0.441	1497	0.761	0.295	0.535	1.384	88.6
2.38-2.43	2.6	0.399	1510	0.79	0.27	0.485	1.453	89.2
2.43-2.48	2.7	0.352	1507	0.848	0.232	0.425	1.433	89
2.48-2.53	2.6	0.321	1509	0.876	0.21	0.386	1.544	89.4
2.53-2.59	2.6	0.286	1505	0.882	0.191	0.346	1.561	87.9
2.59-2.66	2.7	0.26	1502	0.905	0.172	0.314	1.581	89.1
2.66-2.73	2.7	0.225	1503	0.93	0.145	0.27	1.668	89
2.73-2.81	2.7	0.189	1488	0.948	0.124	0.228	1.685	87.4
2.81-2.9	2.7	0.172	1506	0.953	0.113	0.207	1.713	87.9
2.9-3	2.7	0.151	1498	0.965	0.099	0.182	1.822	86.8
3-3.12	2.8	0.149	1449	0.967	0.097	0.18	1.888	85
3.12-3.26	2.8	0.116	1464	0.976	0.076	0.139	1.852	85.3
3.26-3.44	2.7	0.095	1438	0.985	0.063	0.115	1.997	84.2
3.44-3.65	2.7	0.079	1416	0.987	0.053	0.096	1.803	82.5
3.65-3.93	2.6	0.072	1393	0.989	0.048	0.087	1.957	80.1
3.93-4.33	2.7	0.062	1399	0.991	0.042	0.075	1.772	80.2
4.33-4.95	2.6	0.054	1356	0.99	0.039	0.067	1.642	77.4
4.95-6.24	2.8	0.054	1418	0.986	0.037	0.067	1.48	80
6.24-50	2.8	0.046	1337	0.992	0.031	0.056	1.244	71

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
HKL-2000		データ削減
Coot		モデル構築
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
HKL		データ削減
HKL		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.27→34.02 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.891 / SU B: 6.776 / SU ML: 0.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.297 / ESU R Free: 0.244 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26786	1422	4.9 %	RANDOM
R_work	0.21684	-	-	-
obs	0.21932	27719	83.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.416 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.27 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.22 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.27→34.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3616	0	50	190	3856

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.019	3735
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	3723
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.798	2.01	5045
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.439	3	8572
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.268	5	455
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.527	23.247	154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.979	15	653
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.839	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.115	0.2	585
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	4066
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	812
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.268	3.812	1835
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.264	3.81	1834
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.724	5.683	2285
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.723	5.685	2286
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.036	4.187	1900
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.035	4.187	1901
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.057	6.135	2761
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.053	36.084	16377
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.053	36.084	16378
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 12791 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.2 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	B
2	A

LS精密化シェル

解像度: 2.268→2.327 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.316	83	-
R_work	0.271	1806	-
obs	-	-	75.05 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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