PDB-4wgj: Crystal Structure of BepC protein (VirB-translocated Bartonella e...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wgj

タイトル

Crystal Structure of BepC protein (VirB-translocated Bartonella effector protein) with bound AMPPNP from Bartonella tribocorum

要素

BepC protein

キーワード

TRANSFERASE / VirB-translocated Bartonella effector protein / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

protein adenylyltransferase / regulation of cell division / nucleotidyltransferase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bartonella tribocorum (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Microorganisms / 年: 2021
タイトル: Evolutionary Diversification of Host-Targeted Bartonella Effectors Proteins Derived from a Conserved FicTA Toxin-Antitoxin Module.
著者: Schirmer, T. / de Beer, T.A.P. / Tamegger, S. / Harms, A. / Dietz, N. / Dranow, D.M. / Edwards, T.E. / Myler, P.J. / Phan, I. / Dehio, C.

履歴

登録	2014年9月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月11日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / reflns_shell / software Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.2	2021年9月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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検証レポート

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/4wgj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/4wgj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4lu4C 4m16C 4n67SC 4npsC 4py3C 4xi8C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3bo6-2 2sba-d 4nfz-2 3ggd-d 2b1m-d 1log-2 5k0c-2 5aci-d 3ds8-d 1rin-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-BatrA.17330.a

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (1) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#235 - 2019年7月
AMPA受容体 (AMPA Receptor)
類似性 (1)
#108 - 2008年12月
Hsp90 (Hsp90)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#238 - 2019年10月
リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: BepC protein

ヘテロ分子

27 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.330, 92.020, 45.840
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

詳細

biological unit is a monomer

#1: タンパク質	BepC protein 分子量: 26276.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bartonella tribocorum (バクテリア) 株: CIP 105476 / IBS 506 / 遺伝子: bepC, BT_1704 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A9IWP7
#2: 化合物	ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP 分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃ コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシンタイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅NO₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.34 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: at 22.75mg/ml, incubated with 8mM each MgCl2 and AMPPNP, then 1:1 with Morpheus(H2): 10% PEG-8000, 20% ethylene glycol, 0.1M MES/imidazole, pH=6.5, 0.02M each sodium L-glutamate, DL-alanine, ...詳細: at 22.75mg/ml, incubated with 8mM each MgCl2 and AMPPNP, then 1:1 with Morpheus(H2): 10% PEG-8000, 20% ethylene glycol, 0.1M MES/imidazole, pH=6.5, 0.02M each sodium L-glutamate, DL-alanine, glycine, DL-lysine, DL-serine

結晶

マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.34 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: at 22.75mg/ml, incubated with 8mM each MgCl2 and AMPPNP, then 1:1 with Morpheus(H2): 10% PEG-8000, 20% ethylene glycol, 0.1M MES/imidazole, pH=6.5, 0.02M each sodium L-glutamate, DL-alanine, ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月12日

放射

モノクロメーター: Rigaku Varimax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 28113 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 15.95 Å² / R_merge F obs: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.05 / R_rim(I) all: 0.056 / Χ²: 0.947 / Net I/σ(I): 20.88 / Num. measured all: 126835

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.7-1.74		2	0.707	0.465	2.1	4100	2079	1914	0.606	92.1
1.74-1.79			0.801	0.437	2.7	5420	1982	1963	0.543	99
1.79-1.84			0.849	0.369	3.34	5591	1954	1944	0.454	99.5
1.84-1.9			0.902	0.302	4.1	5669	1893	1883	0.368	99.5
1.9-1.96			0.92	0.251	4.96	5747	1835	1833	0.303	99.9
1.96-2.03			0.956	0.183	6.96	5884	1795	1792	0.219	99.8
2.03-2.11			0.974	0.147	9.1	6029	1726	1720	0.174	99.7
2.11-2.19			0.985	0.12	12.93	7128	1690	1689	0.138	99.9
2.19-2.29			0.991	0.101	16.52	7355	1588	1588	0.114	100
2.29-2.4			0.993	0.086	19.11	7472	1528	1528	0.096	100
2.4-2.53			0.996	0.071	22.86	7557	1461	1460	0.079	99.9
2.53-2.69			0.997	0.06	26.86	7831	1396	1395	0.067	99.9
2.69-2.87			0.998	0.053	32.6	8523	1307	1307	0.057	100
2.87-3.1			0.999	0.045	39.62	8766	1223	1223	0.048	100
3.1-3.4			0.999	0.035	46.13	8084	1131	1130	0.038	99.9
3.4-3.8			1	0.027	59.39	7319	1030	1031	0.029	100
3.8-4.39			1	0.025	66.5	6473	921	921	0.027	100
4.39-5.38			0.999	0.024	65.25	5487	791	791	0.026	100
5.38-7.6			0.999	0.029	54.72	4233	627	627	0.032	100
	7.6		0.999	0.022	71.29	2167	375	374	0.025	99.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
StructureStudio	2.5.6	データ収集
PHENIX	(phenix.refine: dev_1803)	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
ARP	ArpWarp	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4N67

4n67

解像度: 1.7→46.01 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.94 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1929	1384	4.92 %	Random selection
R_work	0.1639	26729	-	-
obs	0.1653	28113	99.22 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 76.56 Å² / B_iso mean: 21.5511 Å² / B_iso min: 6.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.7→46.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1640	0	45	231	1916
B_iso mean	-	-	32.16	32.57	-
残基数	-	-	-	-	210

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1754
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.011	2385
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	251
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	312
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.89	638

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7-1.7608	0.3064	152	0.2515	2445	2597	94
1.7608-1.8313	0.2591	124	0.2261	2657	2781	99
1.8313-1.9146	0.2462	142	0.2049	2656	2798	100
1.9146-2.0156	0.2093	131	0.1737	2645	2776	100
2.0156-2.1419	0.1727	153	0.1601	2634	2787	100
2.1419-2.3072	0.1793	131	0.1525	2680	2811	100
2.3072-2.5394	0.1997	118	0.156	2702	2820	100
2.5394-2.9068	0.1985	157	0.1584	2688	2845	100
2.9068-3.662	0.1617	145	0.1561	2734	2879	100
3.662-46.0268	0.1758	131	0.1465	2888	3019	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4203	-0.977	-0.7334	4.4765	1.5945	1.5665	-0.0557	-0.257	-0.239	0.3386	0.0938	-0.1889	0.8852	0.4015	-0.0017	0.2933	0.049	-0.0053	0.1423	0.0196	0.1977	39.4741	5.1919	-8.8646
2	2.5365	-0.8831	0.212	2.6278	-0.8353	2.223	-0.0002	0.3121	-0.1753	-0.4565	-0.0927	-0.4007	0.267	0.4673	0.1088	0.2091	0.0157	0.0505	0.2414	-0.0503	0.1729	44.101	14.2074	-24.2777
3	2.103	-0.1052	0.4298	5.0077	-0.1607	3.011	-0.0041	0.1271	0.0919	-0.0882	-0.0053	0.1828	-0.0766	-0.0275	-0.0037	0.0523	-0.0047	-0.0063	0.1067	0.0023	0.0734	34.9626	21.9897	-18.9602
4	6.0312	2.7557	0.5199	6.0125	1.2304	2.8982	0.0961	-0.2579	-0.1787	0.1191	-0.1045	0.0102	0.2844	-0.117	0.0032	0.133	-0.01	0.0222	0.0963	0.0176	0.0704	34.3809	13.6864	-4.8566
5	1.7391	0.7302	-0.2595	3.2589	-1.7879	3.4724	0.0276	-0.031	0.2329	0.2461	0.0198	0.1436	-0.3964	0.0863	-0.0191	0.1311	-0.0062	0.0152	0.0845	-0.0273	0.1161	43.4427	34.1997	-10.299
6	1.3075	0.4104	0.0288	0.88	0.1569	0.0723	-0.008	0.0075	0.0288	0.0147	-0.0351	-0.0789	0.0002	0.1095	0.0494	0.1154	-0.002	0.0051	0.1382	0.0053	0.0946	49.3581	27.0669	-15.4587
7	2.8962	-1.031	2.278	3.8623	-1.2348	5.9903	0.0895	0.3957	0.4054	-0.219	-0.0394	0.0848	-0.1568	0.2453	0.0211	0.1349	-0.0287	0.0146	0.1903	0.0417	0.1396	54.8735	35.1686	-19.3501
8	0.9874	2.9255	3.1532	8.9022	9.2695	2	-0.1571	0.8052	4.971	1.0893	-0.8121	-1.1591	-4.5545	-1.6317	1.0032	0.4628	0.1609	-0.0019	0.6341	-0.0796	1.1986	53.2063	21.7543	-18.3612

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 0:22 )	A	0 - 22
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 23:43 )	A	23 - 43
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 44:73 )	A	44 - 73
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 74:93 )	A	74 - 93
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 94:145 )	A	94 - 145
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 146:194 )	A	146 - 194
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 195:209 )	A	195 - 209
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN A AND RESID 303:303 )	A	303

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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