ソフトウェア 名称 バージョン 分類 XDSデータ削減 StructureStudio2.5.6データ収集 PHENIX(phenix.refine: dev_1803)精密化 PDB_EXTRACT3.15 データ抽出 XSCALEデータスケーリング PHASER位相決定 ARPArpWarpモデル構築
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 4N67解像度 : 1.7→46.01 Å / SU ML : 0.17 / 交差検証法 : FREE R-VALUE / σ(F) : 1.34 / 位相誤差 : 18.94 / 立体化学のターゲット値 : MLRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.1929 1384 4.92 % Random selection Rwork 0.1639 26729 - - obs 0.1653 28113 99.22 % -
溶媒の処理 減衰半径 : 0.9 Å / VDWプローブ半径 : 1.11 Å / 溶媒モデル : FLAT BULK SOLVENT MODEL原子変位パラメータ Biso max : 76.56 Å2 / Biso mean : 21.5511 Å2 / Biso min : 6.92 Å2 精密化ステップ サイクル : final / 解像度 : 1.7→46.01 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 1640 0 45 231 1916 Biso mean - - 32.16 32.57 - 残基数 - - - - 210
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal 数 X-RAY DIFFRACTION f_bond_d0.006 1754 X-RAY DIFFRACTION f_angle_d1.011 2385 X-RAY DIFFRACTION f_chiral_restr0.039 251 X-RAY DIFFRACTION f_plane_restr0.005 312 X-RAY DIFFRACTION f_dihedral_angle_d12.89 638
LS精密化 シェル Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used : 10
解像度 (Å)Rfactor Rfree Num. reflection Rfree Rfactor Rwork Num. reflection Rwork Num. reflection all % reflection obs (%)1.7-1.7608 0.3064 152 0.2515 2445 2597 94 1.7608-1.8313 0.2591 124 0.2261 2657 2781 99 1.8313-1.9146 0.2462 142 0.2049 2656 2798 100 1.9146-2.0156 0.2093 131 0.1737 2645 2776 100 2.0156-2.1419 0.1727 153 0.1601 2634 2787 100 2.1419-2.3072 0.1793 131 0.1525 2680 2811 100 2.3072-2.5394 0.1997 118 0.156 2702 2820 100 2.5394-2.9068 0.1985 157 0.1584 2688 2845 100 2.9068-3.662 0.1617 145 0.1561 2734 2879 100 3.662-46.0268 0.1758 131 0.1465 2888 3019 100
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 8) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 2.4203 -0.977 -0.7334 4.4765 1.5945 1.5665 -0.0557 -0.257 -0.239 0.3386 0.0938 -0.1889 0.8852 0.4015 -0.0017 0.2933 0.049 -0.0053 0.1423 0.0196 0.1977 39.4741 5.1919 -8.8646 2 2.5365 -0.8831 0.212 2.6278 -0.8353 2.223 -0.0002 0.3121 -0.1753 -0.4565 -0.0927 -0.4007 0.267 0.4673 0.1088 0.2091 0.0157 0.0505 0.2414 -0.0503 0.1729 44.101 14.2074 -24.2777 3 2.103 -0.1052 0.4298 5.0077 -0.1607 3.011 -0.0041 0.1271 0.0919 -0.0882 -0.0053 0.1828 -0.0766 -0.0275 -0.0037 0.0523 -0.0047 -0.0063 0.1067 0.0023 0.0734 34.9626 21.9897 -18.9602 4 6.0312 2.7557 0.5199 6.0125 1.2304 2.8982 0.0961 -0.2579 -0.1787 0.1191 -0.1045 0.0102 0.2844 -0.117 0.0032 0.133 -0.01 0.0222 0.0963 0.0176 0.0704 34.3809 13.6864 -4.8566 5 1.7391 0.7302 -0.2595 3.2589 -1.7879 3.4724 0.0276 -0.031 0.2329 0.2461 0.0198 0.1436 -0.3964 0.0863 -0.0191 0.1311 -0.0062 0.0152 0.0845 -0.0273 0.1161 43.4427 34.1997 -10.299 6 1.3075 0.4104 0.0288 0.88 0.1569 0.0723 -0.008 0.0075 0.0288 0.0147 -0.0351 -0.0789 0.0002 0.1095 0.0494 0.1154 -0.002 0.0051 0.1382 0.0053 0.0946 49.3581 27.0669 -15.4587 7 2.8962 -1.031 2.278 3.8623 -1.2348 5.9903 0.0895 0.3957 0.4054 -0.219 -0.0394 0.0848 -0.1568 0.2453 0.0211 0.1349 -0.0287 0.0146 0.1903 0.0417 0.1396 54.8735 35.1686 -19.3501 8 0.9874 2.9255 3.1532 8.9022 9.2695 2 -0.1571 0.8052 4.971 1.0893 -0.8121 -1.1591 -4.5545 -1.6317 1.0032 0.4628 0.1609 -0.0019 0.6341 -0.0796 1.1986 53.2063 21.7543 -18.3612
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Selection details Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 ( CHAIN A AND RESID 0:22 )A0 - 22 2 X-RAY DIFFRACTION 2 ( CHAIN A AND RESID 23:43 )A23 - 43 3 X-RAY DIFFRACTION 3 ( CHAIN A AND RESID 44:73 )A44 - 73 4 X-RAY DIFFRACTION 4 ( CHAIN A AND RESID 74:93 )A74 - 93 5 X-RAY DIFFRACTION 5 ( CHAIN A AND RESID 94:145 )A94 - 145 6 X-RAY DIFFRACTION 6 ( CHAIN A AND RESID 146:194 )A146 - 194 7 X-RAY DIFFRACTION 7 ( CHAIN A AND RESID 195:209 )A195 - 209 8 X-RAY DIFFRACTION 8 ( CHAIN A AND RESID 303:303 )A303