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Yorodumi- PDB-4xi8: Crystal Structure of the FIC domain of Bep5 protein (VirB-translo... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4xi8 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal Structure of the FIC domain of Bep5 protein (VirB-translocated Bartonella effector protein) from Bartonella clarridgeiae | ||||||
Components | Bartonella effector protein (Bep) substrate of VirB T4SS | ||||||
Keywords | PROTEIN BINDING / SSGCID / Bartonella clarridgeiae / Bep5 / VirB-translocated Bartonella effector protein / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationprotein adenylyltransferase / regulation of cell division / nucleotidyltransferase activity / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Bartonella clarridgeiae (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.95 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: Microorganisms / Year: 2021Title: Evolutionary Diversification of Host-Targeted Bartonella Effectors Proteins Derived from a Conserved FicTA Toxin-Antitoxin Module. Authors: Schirmer, T. / de Beer, T.A.P. / Tamegger, S. / Harms, A. / Dietz, N. / Dranow, D.M. / Edwards, T.E. / Myler, P.J. / Phan, I. / Dehio, C. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4xi8.cif.gz | 461.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4xi8.ent.gz | 376.8 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4xi8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4xi8_validation.pdf.gz | 487.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4xi8_full_validation.pdf.gz | 496.8 KB | Display | |
| Data in XML | 4xi8_validation.xml.gz | 39.4 KB | Display | |
| Data in CIF | 4xi8_validation.cif.gz | 52.8 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/4xi8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/4xi8 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4lu4C ![]() 4m16C ![]() 4n67C ![]() 4npsC ![]() 4py3C ![]() 4wgjC ![]() 2vzaS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data | |
| Other databases |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1
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| Details | biological unit is a trimer |
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Components
| #1: Protein | Mass: 25993.082 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: UNP residues 14-226 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bartonella clarridgeiae (strain CIP 104772 / 73) (bacteria)Gene: BARCL_0262 / Plasmid: BaclA.17330.o.B2 / Production host: ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.81 Å3/Da / Density % sol: 56.22 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 19.9 mg/mL protein, 1:1 with Wiz3/4(g5): 20% PEG3350, 0.1 M sodium citrate/citric acid, pH 4.0, 0.2 M sodium citrate tribasic |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97857 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 2, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Monochromator: diamond (111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97857 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.95→50 Å / Num. obs: 37608 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 68.65 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 1.011 / Net I/σ(I): 17.35 / Num. measured all: 229118 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
| Phasing | Method: molecular replacement |
|---|
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB entry 2VZA Resolution: 2.95→46.021 Å / SU ML: 0.4 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 28.6 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 235.66 Å2 / Biso mean: 82.1295 Å2 / Biso min: 29.16 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.95→46.021 Å
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| Refine LS restraints |
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| Refine LS restraints NCS |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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