PDB-4wg2: P411BM3-CIS T438S I263F regioselective C-H amination catalyst

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wg2

タイトル

P411BM3-CIS T438S I263F regioselective C-H amination catalyst

要素

Bifunctional P-450/NADPH-P450 reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / P411BM3-CIS / engineering / catalysis

機能・相同性

機能・相同性情報

aromatase activity / NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / unspecific monooxygenase / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / iron ion binding / heme binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus megaterium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.66 Å

データ登録者

Hyster, T.K. / Farwell, C.C. / Buller, A.R. / McIntosh, J.A. / Arnold, F.H.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2014
タイトル: Enzyme-controlled nitrogen-atom transfer enables regiodivergent C-h amination.
著者: Hyster, T.K. / Farwell, C.C. / Buller, A.R. / McIntosh, J.A. / Arnold, F.H.

履歴

登録	2014年9月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年11月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年11月19日	Group: Database references
改定 1.2	2017年8月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: diffrn_detector / entity_name_com ...diffrn_detector / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_database_related / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list Item: _diffrn_detector.detector / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._diffrn_detector.detector / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_related.content_type / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wg2.cif.gz	536.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wg2.ent.gz	446.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wg2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/4wg2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/4wg2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4h23
類似構造データ	2wd9-d 6p02-d 6s21-d 5od2-d 2vze-d 1w96-d 3b7w-1 2q11-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (14) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (10) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bifunctional P-450/NADPH-P450 reductase

B: Bifunctional P-450/NADPH-P450 reductase

C: Bifunctional P-450/NADPH-P450 reductase

ヘテロ分子

163 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	206.897, 206.897, 119.385
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-601- SO4
2	1	C-601- SO4

#1: タンパク質	Bifunctional P-450/NADPH-P450 reductase / Cytochrome P450(BM-3) / Cytochrome P450BM-3 分子量: 53611.059 Da / 分子数: 3 変異: V78A, F87V, P142S, T175I, A184V, S226R, H236Q, E252G, I263F, T268A, A290V, L353V, I366V, C400S, T438S, E442K 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア) 遺伝子: cyp102A1, cyp102 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P14779, unspecific monooxygenase, NADPH-hemoprotein reductase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.67 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Tris/HCl pH = 7, 2.0 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium sulfate 12 mg/ml protein

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月27日
放射	モノクロメーター: liquid nitrogen-cooled double crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.66→40 Å / Num. obs: 70732 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.8 % / Net I/σ(I): 11

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0049 / 分類: 精密化

精密化

解像度: 2.66→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 23.476 / SU ML: 0.224 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.339 / ESU R Free: 0.25 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23502	3794	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19663	-	-	-
obs	0.19859	70732	99.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.59 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.3 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.66→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10737	0	144	66	10947

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	11153
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	10430
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.366	1.981	15178
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.745	3	23953
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.901	5	1367
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.947	24.778	519
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.915	15	1823
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.214	15	54
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	1654
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	12742
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2562
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.754	3.621	5483
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.753	3.621	5482
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.944	5.426	6845
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.944	5.426	6846
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.895	3.765	5670
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.885	3.758	5656
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.159	5.573	8315
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.87	28.575	12592
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.87	28.576	12592
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.66→2.729 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.375	293	-
R_work	0.347	5080	-
obs	-	-	99.98 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.427	0.0789	0.0556	0.3702	-0.0947	0.4028	-0.087	0.0772	-0.0169	-0.1217	0.0973	0.0473	0.0794	-0.1083	-0.0103	0.2194	-0.0667	-0.0088	0.1894	-0.0051	0.123	-3.535	-33.852	-19.706
2	4.9997	2.9313	0.2549	3.256	-0.1194	0.4292	0.1894	-0.5455	0.1066	0.0256	-0.2573	0.0602	0.0142	-0.2121	0.0679	0.1643	-0.0523	-0.0195	0.2906	-0.0263	0.1196	-10.057	-22.633	-12.347
3	0.7575	0.0611	0.6749	0.3338	-0.0784	1.3644	-0.1177	0.1188	-0.0906	-0.1128	0.0611	-0.0781	0.1047	0.0611	0.0566	0.2122	-0.0276	0.0449	0.1583	-0.0299	0.1428	8.035	-41.265	-17.958
4	0.5811	0.2517	0.0411	0.6129	0.5623	1.1212	-0.1496	0.1331	-0.0627	-0.0583	0.0628	0.0233	0.1121	-0.1378	0.0868	0.1835	-0.068	-0.0042	0.1792	-0.0124	0.1136	-37.272	-4.114	-34.735
5	2.1417	0.1294	0.2774	4.4092	1.3578	1.4314	-0.0557	0.1238	-0.1103	0.399	-0.2223	0.1756	0.3181	-0.3831	0.278	0.261	-0.095	0.0431	0.2444	-0.0433	0.1577	-50.734	-6.15	-28.08
6	1.0287	0.6241	0.406	0.4137	0.4262	1.317	-0.1649	0.1407	0.0377	-0.1032	0.0989	0.0089	0.0036	0.0191	0.066	0.2132	-0.0315	-0.0096	0.187	0.0118	0.1195	-26.303	3.719	-33.903
7	0.4136	0.2023	0.5595	0.6928	0.2456	0.8738	0.0471	-0.0621	0.0308	0.096	-0.0988	-0.0618	-0.073	0.007	0.0517	0.1734	-0.1244	0.0206	0.1996	-0.0035	0.1359	-49.236	-54.62	-32.952
8	4.744	1.9828	-0.8028	2.5723	-0.0868	1.3027	-0.2461	-0.1729	0.2855	-0.1252	0.0491	0.1909	-0.1628	-0.0017	0.197	0.237	-0.1024	-0.0378	0.1499	-0.0449	0.2056	-55.329	-42.468	-37.416
9	0.5689	0.4316	0.3539	0.7299	0.4351	1.5974	0.1265	-0.1128	-0.1138	0.1003	-0.1094	-0.0685	0.0027	0.0406	-0.0171	0.1855	-0.0934	-0.0171	0.1639	0.0277	0.1639	-49.893	-68.059	-35.493

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 169
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	170 - 267
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	268 - 464
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	3 - 172
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	173 - 262
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	263 - 458
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	4 - 172
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	173 - 267
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	268 - 463

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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