PDB-4wg1: Room temperature crystal structure of lysozyme determined by seri...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wg1

タイトル

Room temperature crystal structure of lysozyme determined by serial synchrotron crystallography (micro focused beam - crystFEL)

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / serial crystallography / serial synchrotron crystallography / crystFEL / nanopeakcell

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Coquelle, N. / Brewster, A.S. / Kapp, U. / Shilova, A. / Weimhausen, B. / Sauter, N.K. / Burghammer, M. / Colletier, J.P.

資金援助

フランス,

米国, 2件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Raster-scanning serial protein crystallography using micro- and nano-focused synchrotron beams.
著者: Coquelle, N. / Brewster, A.S. / Kapp, U. / Shilova, A. / Weinhausen, B. / Burghammer, M. / Colletier, J.P.

履歴

登録	2014年9月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年5月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月13日	Group: Database references
改定 1.2	2015年5月20日	Group: Database references
改定 1.3	2016年7月27日	Group: Database references
改定 1.4	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wg1.cif.gz	70.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wg1.ent.gz	52.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wg1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4wg1_validation.pdf.gz	423.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4wg1_full_validation.pdf.gz	424.6 KB	表示
XML形式データ	4wg1_validation.xml.gz	8.4 KB	表示
CIF形式データ	4wg1_validation.cif.gz	10.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/4wg1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/4wg1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4wg7C 4wl6C 4wl7C 1jlnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1lsc-d 4g4c-d 1rcm-1 2a7f-d 5tk0-d 3ajn-d 2i6z-d 4tun-1 3atn-d 5lyz-d 7d0w-d 4mr1-d 1yl1-d 1lyo-d 3a93-d 5dl9-d 1ior-d 3lyz-d 4h93-d 2xbs-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

ヘテロ分子

16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.940, 77.940, 38.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-322- HOH

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 16257.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.31 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 50mM Sodium acetate pH 4.5, 16% PEG 4K, 3.5M NaCl / PH範囲: 4.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID13 / 波長: 0.954 Å
検出器	タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→55.1 Å / Num. obs: 13496 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 114.8 % / Net I/σ(I): 3.4
反射シェル	解像度: 1.7→1.78 Å / 冗長度: 18.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.64 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
PHASER		位相決定
CrystFEL		データ削減
CrystFEL		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1JLN

1jln

解像度: 1.7→55.112 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 35.59 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2546	674	5 %
R_work	0.2261	-	-
obs	0.2277	13477	99.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→55.112 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	1	84	1086

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1077
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.864	1457
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.409	389
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	150
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	193

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.8313	0.4265	131	0.3814	2491	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8313-2.0156	0.3328	132	0.2968	2511	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0156-2.3072	0.2593	133	0.2368	2523	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3072-2.9069	0.27	135	0.258	2570	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9069-55.1409	0.2284	143	0.1958	2708	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1032	-0.0224	0.1129	0.4746	-0.1985	0.1917	-0.2479	-0.2579	-0.2618	0.6211	0.1411	0.0102	-0.0288	-0.5513	-0.0134	0.307	0.0686	0.0677	0.3585	0.0395	0.2921	15.6286	-6.426	28.533
2	0.8227	-0.2398	-0.1533	0.0767	0.1075	0.7075	-0.1865	0.1392	-0.345	0.1006	-0.0393	0.0099	0.3909	-0.0285	-0.0005	0.2973	0.0073	0.0311	0.2753	-0.004	0.3113	24.4052	-6.7504	20.9949
3	0.1037	0.089	-0.0671	0.2746	-0.0876	0.024	-0.0598	0.0815	0.2919	0.1744	0.2639	0.1604	-0.2298	-0.2407	0.0005	0.2933	0.049	0.0341	0.3341	0.0651	0.3485	17.8605	9.9596	19.8178
4	0.0431	0.1263	0.0222	0.2893	0.0819	0.2456	0.1027	-0.1309	0.1809	-0.3988	0.0746	0.1413	-0.1089	0.1674	0.0003	0.3943	0.0736	0.0114	0.348	0.0402	0.31	16.4414	6.8349	12.2204
5	0.0275	-0.0275	0.0641	0.0314	-0.0792	0.1892	0.3826	0.764	0.142	-0.5944	-0.8839	0.8199	-0.0091	0.3503	-0.0182	0.4596	0.1064	0.0036	0.5459	0.0391	0.4255	13.9364	4.5766	5.1406
6	0.5371	-0.4489	0.4554	0.4428	-0.4138	0.3279	0.0586	0.4248	0.4527	-0.2961	0.0216	-0.1235	0.1096	-0.0443	-0.0004	0.3839	-0.0067	0.0141	0.3393	-0.0087	0.3304	17.7969	-2.3066	14.6706
7	0.9727	-0.6266	0.6876	0.6642	-0.3713	0.5074	0.054	0.8285	0.8322	-0.5395	-0.2208	0.2608	-0.139	0.5973	0.0038	0.4108	-0.034	0.0047	0.3468	0.0273	0.4354	31.1913	3.0264	20.1765
8	0.869	0.4355	-0.4738	1.3374	-0.3802	0.5277	-0.3741	-0.2345	-1.0463	0.2317	0.0919	-0.8951	-0.0019	-0.1136	-0.0802	0.3614	0.1008	0.006	0.4085	0.1235	0.5075	28.1981	-8.8705	30.5156

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 14 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 15 through 36 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 37 through 50 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 51 through 68 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 69 through 78 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 79 through 108 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 109 through 114 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 115 through 129 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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