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- PDB-4wg0: Crystal structure of a tridecameric superhelix -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wg0
タイトルCrystal structure of a tridecameric superhelix
要素Nuclear receptor coactivator 2
キーワードTRANSCRIPTION / TIF2 co-activator peptide / arcimboldo molecular replacement / superhelix / glucocorticoid receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / locomotor rhythm / aryl hydrocarbon receptor binding / regulation of lipid metabolic process / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol ...RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / locomotor rhythm / aryl hydrocarbon receptor binding / regulation of lipid metabolic process / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / Recycling of bile acids and salts / cellular response to hormone stimulus / positive regulation of adipose tissue development / RORA activates gene expression / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / regulation of cellular response to insulin stimulus / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / response to progesterone / nuclear receptor binding / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / mRNA transcription by RNA polymerase II / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / RNA polymerase II transcription regulator complex / Circadian Clock / HATs acetylate histones / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / transcription coactivator activity / nuclear body / protein dimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain ...Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLIC ACID / Nuclear receptor coactivator 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Rudolph, M.G. / Uson, I. / Schoch, G.
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2015
タイトル: Structure of a 13-fold superhelix (almost) determined from first principles.
著者: Schoch, G.A. / Sammito, M. / Millan, C. / Uson, I. / Rudolph, M.G.
履歴
登録2014年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月11日Group: Database references
改定 1.22015年4月22日Group: Database references
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor coactivator 2
B: Nuclear receptor coactivator 2
C: Nuclear receptor coactivator 2
D: Nuclear receptor coactivator 2
E: Nuclear receptor coactivator 2
F: Nuclear receptor coactivator 2
G: Nuclear receptor coactivator 2
H: Nuclear receptor coactivator 2
I: Nuclear receptor coactivator 2
J: Nuclear receptor coactivator 2
K: Nuclear receptor coactivator 2
L: Nuclear receptor coactivator 2
M: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,64950
ポリマ－21,03313
非ポリマー7,61737
水2,288127
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27470 Å2
ΔGint-327 kcal/mol
Surface area10030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.869, 37.784, 101.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.84, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-13-

ASP

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Nuclear receptor coactivator 2 / NCoA-2 / Class E basic helix-loop-helix protein 75 / bHLHe75 / Transcriptional intermediary factor ...NCoA-2 / Class E basic helix-loop-helix protein 75 / bHLHe75 / Transcriptional intermediary factor 2 / hTIF2 / ACE-GLU-LYS-ASN-ALA-LEU-LEU-ARG-TYR-LEU-LEU-ASP-LYS-ASP-NH2


分子量: 1617.889 Da / 分子数: 13 / 断片: UNP Residues 740-752 / 由来タイプ: 合成
詳細: The sequence is supposed to be (ACE)KENALLRYLLDKD(NH2), but during synthesis of the peptide, the first two residues were swapped.
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15596
#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-CHD / CHOLIC ACID / コ-ル酸


分子量: 408.571 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H40O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: 2M ammonium sulfate, 5-10% glycerol, 0.1 M citric acid pH 3.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9722 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9722 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→45.2 Å / Num. obs: 32046 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 25.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 1.82→1.89 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.558 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 93.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
PHENIX(phenix.refine: dev_1769)精密化
Cootモデル構築
Arcimboldo位相決定
SADABSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ideal alpha-helix

解像度: 1.82→45.158 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.31 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: The occupancy of the C-terminal two residues was set to 0.5 based on weak electron density and clashes between equivalent residues of different chains if they had full occupancy. The peptide ...詳細: The occupancy of the C-terminal two residues was set to 0.5 based on weak electron density and clashes between equivalent residues of different chains if they had full occupancy. The peptide crystallized was therefore probably a mixture of full-length and C-terminally truncated peptide. It is not known at which stage (synthesis or crystallization at acidic pH) the partial hydrolysis occurred.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2176 1605 5.01 %random
Rwork0.1849 ---
obs0.1866 32008 97.42 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→45.158 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1495 0 497 127 2119
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122070
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5252891
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.656708
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08371
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005308
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / % reflection Rfree: 5 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.82-1.87880.2851360.2571262193
1.8788-1.94590.27581270.2267265795
1.9459-2.02380.24141320.2133270896
2.0238-2.11590.23611650.1851274097
2.1159-2.22750.23151490.1659274698
2.2275-2.3670.2271590.1638277199
2.367-2.54980.19341460.1881281599
2.5498-2.80630.23291290.1942814100
2.8063-3.21230.23111490.20132872100
3.2123-4.04680.19961490.17582849100
4.0468-45.17180.20271640.1734281096
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.52090.6982-1.61442.55913.19516.934-0.0659-0.61730.23640.21260.0258-0.20510.20070.13370.08480.13420.0151-0.01550.1703-0.01350.2679-1.147620.57535.2021
29.33-0.8362-2.25298.4841-1.56495.5754-0.011-0.57090.07020.6698-0.0170.2495-0.2706-0.0447-0.05450.1609-0.0021-0.00160.1613-0.0170.203812.241620.29956.8889
34.8663-2.7372-0.58242.6718-0.33555.06180.00320.1448-0.242-0.00640.10410.49770.1676-0.4365-0.10960.1326-0.02620.00240.09990.00390.220311.542913.3929-1.3208
47.2494-0.353-2.42566.6665-1.98795.6822-0.0654-0.73030.23050.55090.0277-0.0582-0.39610.2157-0.1470.22040.0179-0.02360.1622-0.01580.153422.33912.74811.3306
57.8727-3.0404-1.26022.22750.55367.54460.0724-0.0826-0.2573-0.0759-0.02590.3886-0.021-0.70560.03150.13980.00780.02190.15080.01550.214515.79374.91428.3448
65.9164-1.4404-2.67124.98320.73299.2273-0.1967-0.77180.08640.67830.1684-0.35070.07020.6829-0.08480.28870.0288-0.01430.31440.02610.158526.6384.247620.9114
79.65942.8363-2.54825.78360.35455.408-0.0269-0.1030.1618-0.22690.0480.30050.1275-0.8432-0.06280.29870.0040.01190.31770.03950.160915.97642.25321.4046
87.46962.4496-3.80747.91260.37718.58540.425-0.6378-0.37180.7001-0.203-0.67510.54820.4719-0.10070.3935-0.0191-0.0350.52540.10930.242926.32242.351934.171
97.40122.439-3.91349.2471-1.56886.20470.15070.05630.2697-0.1252-0.32160.64-0.1169-1.5041-0.06420.35910.00240.01120.6098-0.01590.234117.03917.566133.8992
100.64340.1106-1.35276.32590.20952.89610.2973-1.20710.21910.4718-0.2119-0.26960.5323-0.22430.08510.3844-0.16170.04080.90340.02370.205627.11128.042646.2786
116.16411.9515-0.79494.89445.31588.6155-0.0265-0.27980.9002-0.6486-0.20670.8661-0.9316-0.82140.30850.3210.0491-0.0080.5997-0.0380.400624.038917.124641.0666
122.75720.537-1.66764.64661.51116.02420.2241-1.38830.62720.1934-0.23790.1508-0.0364-0.08220.03890.2578-0.03860.04850.6333-0.12130.35834.21417.424153.5368
132.3088-0.7550.08648.80240.00115.73560.00170.91870.9683-0.5452-0.3196-0.1016-0.0685-0.04190.24530.21260.04370.0610.57270.0040.515436.743520.960743.9586
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 16 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 2 through 16 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 2 through 16 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 2 through 16 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E' and (resid 2 through 16 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'F' and (resid 2 through 16 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'G' and (resid 2 through 16 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 2 through 16 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'I' and (resid 2 through 16 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'J' and (resid 2 through 16 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'K' and (resid 2 through 16 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'L' and (resid 2 through 16 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'M' and (resid 2 through 16 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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