PDB-4wfm: Structure of the complete bacterial SRP Alu domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wfm

タイトル

Structure of the complete bacterial SRP Alu domain

要素

Bacillus subtilis small cytoplasmic RNA (scRNA),RNA

キーワード

RNA / Non-coding / SRP RNA / Elongation arrest

機能・相同性

COBALT HEXAMMINE(III) / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)

機能・相同性情報

生物種

Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Kempf, G. / Wild, K. / Sinning, I.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Structure of the complete bacterial SRP Alu domain.
著者: Kempf, G. / Wild, K. / Sinning, I.

履歴

登録	2014年9月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年10月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年11月19日	Group: Database references
改定 2.0	2017年9月6日	Group: Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wfm.cif.gz	240.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wfm.ent.gz	193.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wfm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4wfm_validation.pdf.gz	429.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4wfm_full_validation.pdf.gz	432.7 KB	表示
XML形式データ	4wfm_validation.xml.gz	8.5 KB	表示
CIF形式データ	4wfm_validation.cif.gz	11.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/4wfm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/4wfm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4wflC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1as3-d 3ums-d 1gdd-d 1ww9-d 3ffb-d 2w81-2 6llm-d 4pam-d 4n0e-d 4ayd-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (2)
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セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
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#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
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Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
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アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Bacillus subtilis small cytoplasmic RNA (scRNA),RNA

B: Bacillus subtilis small cytoplasmic RNA (scRNA),RNA

ヘテロ分子

70.8 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Bacillus subtilis small cytoplasmic RNA (scRNA),RNA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Bacillus subtilis small cytoplasmic RNA (scRNA),RNA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	176.254, 194.345, 82.992
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: RNA鎖	Bacillus subtilis small cytoplasmic RNA (scRNA),RNA 分子量: 33510.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 参照: GenBank: 40131
#2: 化合物	... ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III) 分子量: 161.116 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH₁₈N₆
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 76.8 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: sodium cacodylate, MgCl2, sodium formate, LiSO4 / PH範囲: 6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→49.05 Å / Num. obs: 26252 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.4 % / Net I/σ(I): 13.8
反射シェル	解像度: 3.1→3.31 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) all: 1.113 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.1→42.548 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.1 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2075	4830	9.71 %
R_work	0.1906	-	-
obs	0.1922	26238	99.51 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→42.548 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	4434	162	4	4600

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	5094
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.524	8077
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.082	2470
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.022	1028
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	206

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1001-3.1353	0.3879	152	0.3959	1479	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1353-3.1722	0.3319	171	0.3462	1503	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1722-3.2108	0.3094	155	0.3156	1487	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2108-3.2515	0.3208	157	0.2996	1507	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2515-3.2942	0.3043	179	0.2999	1521	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2942-3.3393	0.2875	150	0.2773	1474	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3393-3.387	0.3116	173	0.2859	1491	X-RAY DIFFRACTION	100
3.387-3.4376	0.3099	152	0.2754	1503	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4376-3.4913	0.3045	162	0.2683	1452	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4913-3.5485	0.2656	158	0.2541	1570	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5485-3.6096	0.2766	174	0.2463	1497	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6096-3.6752	0.2265	143	0.2369	1495	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6752-3.7459	0.2879	155	0.24	1509	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7459-3.8223	0.2483	163	0.2255	1483	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8223-3.9053	0.2507	165	0.2042	1504	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9053-3.9961	0.2251	151	0.1882	1513	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9961-4.096	0.1857	199	0.1929	1468	X-RAY DIFFRACTION	100
4.096-4.2066	0.2251	144	0.182	1479	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2066-4.3303	0.2221	156	0.18	1548	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3303-4.4699	0.1869	175	0.1649	1427	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4699-4.6295	0.1877	141	0.1607	1553	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6295-4.8146	0.2018	157	0.1702	1497	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8146-5.0334	0.1707	161	0.1714	1500	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0334-5.2983	0.1355	174	0.1543	1471	X-RAY DIFFRACTION	99
5.2983-5.6296	0.1796	135	0.1465	1525	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6296-6.0631	0.1843	179	0.1481	1481	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0631-6.6712	0.1388	143	0.1463	1521	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6712-7.6317	0.1526	183	0.1345	1477	X-RAY DIFFRACTION	99
7.6317-9.5969	0.1715	175	0.1557	1489	X-RAY DIFFRACTION	100
9.5969-42.5523	0.1342	148	0.1295	1481	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4467	0.0621	0.6213	1.5274	-0.5067	1.7345	0.0971	-0.458	-1.2538	-0.4411	0.6832	-0.021	-0.3993	-0.2809	-0.5923	0.6403	0.027	-0.2368	1.3215	-0.0688	0.9725	-3.2513	-40.8957	1.9828
2	0.6466	-0.9121	0.1233	2.3492	-0.2876	1.8251	-0.1124	0.0628	-0.2811	-0.253	0.1325	-0.0135	-0.246	1.0374	-0.0212	0.4897	-0.2477	-0.0919	0.7948	0.0127	0.5628	-26.7969	-34.7433	-20.7308
3	2.9141	-1.4262	-1.3975	2.8127	0.7362	2.9729	0.3792	-0.3557	-0.8045	-0.1119	0.4641	0.3001	0.5914	0.6847	-0.5273	0.5001	-0.2915	-0.0799	0.7232	0.1139	0.6766	-34.384	-45.4102	-18.6127
4	1.6725	0.5774	0.2605	0.7143	-0.2439	1.2937	-0.3046	-0.4266	-0.0003	0.5257	0.2894	-0.7267	-0.5953	0.8415	-0.0166	0.8007	-0.0562	-0.226	0.9889	-0.0279	0.7645	-18.3727	-32.933	-10.767
5	2.3544	0.5174	2.3971	0.1086	0.522	2.4398	-0.3128	-0.0787	-0.5231	-0.7008	0.3705	-0.1617	-0.6672	-0.3053	0.0671	1.2196	-0.1257	-0.2111	0.5118	0.1187	0.7728	-43.6036	-10.5059	-18.3068
6	1.7276	-0.3647	-0.2166	1.3488	-0.9976	1.655	-0.1197	-0.3108	0.0719	0.7498	0.1917	-0.1674	-0.859	1.03	-0.0422	1.0115	-0.1105	-0.2626	0.9201	-0.1074	0.5879	-22.2761	-23.2741	-4.2276
7	-0.0091	0.0096	0.0468	0.0401	0.0045	0.0048	-0.0611	-0.4426	-0.8182	-0.3297	0.7215	0.2756	-0.0874	-0.2256	-0.4132	0.8134	-0.0724	-0.2237	1.6151	0.1456	1.2019	2.4328	-44.6795	9.4405
8	0.7225	-0.3337	-0.2519	1.155	1.2394	1.5309	0.4865	-0.2321	0.0679	-0.6367	0.3766	-1.7046	-0.2325	0.468	-0.692	1.0706	0.0708	-0.0449	0.5641	-0.2059	0.9773	-38.2848	-90.2499	-24.246
9	3.1949	1.2516	-0.2989	3.0816	0.9595	1.3264	0.0769	0.3116	0.016	0.0596	0.1084	-0.1787	0.331	0.0947	-0.1704	0.5996	-0.0975	0.0168	0.4175	-0.0413	0.5625	-41.695	-66.0495	-4.8804
10	2.1779	1.26	-0.147	0.7723	0.1997	1.6237	0.1646	0.3641	-0.1048	0.0877	-0.2824	0.3678	0.2595	-0.7583	0.11	0.6211	-0.0562	0.0414	0.9788	-0.1439	0.6245	-62.5343	-69.1009	-10.0612
11	-0.303	-0.0716	-0.2579	0.9404	0.3437	0.6194	0.3481	0.2124	0.0322	-0.3398	-0.2593	-0.3898	-0.1473	-0.247	-0.3283	1.0162	-0.0049	0.0496	0.9381	-0.3451	0.9128	-46.3824	-87.5663	-25.1009

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 13 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 14 through 43 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 44 through 53 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 54 through 78 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 79 through 83 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 84 through 98 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 99 through 104 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 4 through 13 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 14 through 63 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 64 through 89 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 90 through 104 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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