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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4wfm | |||||||||
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タイトル | Structure of the complete bacterial SRP Alu domain | |||||||||
要素 | Bacillus subtilis small cytoplasmic RNA (scRNA),RNA | |||||||||
キーワード | RNA / Non-coding / SRP RNA / Elongation arrest | |||||||||
機能・相同性 | COBALT HEXAMMINE(III) / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Kempf, G. / Wild, K. / Sinning, I. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014 タイトル: Structure of the complete bacterial SRP Alu domain. 著者: Kempf, G. / Wild, K. / Sinning, I. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4wfm.cif.gz | 240.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4wfm.ent.gz | 193.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4wfm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4wfm_validation.pdf.gz | 429.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4wfm_full_validation.pdf.gz | 432.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4wfm_validation.xml.gz | 8.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4wfm_validation.cif.gz | 11.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/4wfm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/4wfm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 33510.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 参照: GenBank: 40131 #2: 化合物 | ChemComp-NCO / #3: 化合物 | ChemComp-MG / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.8 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: sodium cacodylate, MgCl2, sodium formate, LiSO4 / PH範囲: 6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8726 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→49.05 Å / Num. obs: 26252 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.4 % / Net I/σ(I): 13.8 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.31 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) all: 1.113 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.1→42.548 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.1 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→42.548 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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