[日本語] English
万見
- PDB-4wfl: Structure of the complete bacterial SRP Alu domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wfl
タイトルStructure of the complete bacterial SRP Alu domain
要素RNA
キーワードRNA / Non-coding / SRP RNA / Elongation arrest
機能・相同性COBALT HEXAMMINE(III) / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Kempf, G. / Wild, K. / Sinning, I.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB638 ドイツ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Structure of the complete bacterial SRP Alu domain.
著者: Kempf, G. / Wild, K. / Sinning, I.
履歴
登録2014年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月19日Group: Database references
改定 2.02017年9月6日Group: Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.occupancy / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,28619
ポリマ－34,7961
非ポリマー2,49018
水82946
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • MONOMERIC
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4420 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area17410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.466, 68.283, 82.991
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: RNA鎖 RNA


分子量: 34796.473 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 3-81,Residues 3-81 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: GenBank: 40131
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.64 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: sodium cacodylate, ammonium acetate, magnesium acetate, PEG8000, jeffamine-M600
PH範囲: 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.60549, 1.60489, 1.03321
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月27日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.605491
21.604891
31.033211
反射解像度: 2.49→46.09 Å / Num. obs: 12953 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.5 % / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.49→2.59 Å / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) all: 1.595 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.49→41.495 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.209 2373 9.92 %
Rwork0.1797 --
obs0.1826 12910 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→41.495 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2302 108 46 2456
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022675
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5874269
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4271283
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03534
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003107
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4901-2.54090.35061710.34571250X-RAY DIFFRACTION100
2.5409-2.59610.39511490.34391250X-RAY DIFFRACTION100
2.5961-2.65650.4381210.32621253X-RAY DIFFRACTION100
2.6565-2.72290.35211110.33791335X-RAY DIFFRACTION100
2.7229-2.79660.33141490.31631246X-RAY DIFFRACTION100
2.7966-2.87880.34721380.28441286X-RAY DIFFRACTION100
2.8788-2.97170.31861330.25911282X-RAY DIFFRACTION100
2.9717-3.07790.24951470.21361250X-RAY DIFFRACTION100
3.0779-3.20110.22131240.1991283X-RAY DIFFRACTION100
3.2011-3.34670.19611550.19191257X-RAY DIFFRACTION100
3.3467-3.52310.23381410.16011264X-RAY DIFFRACTION100
3.5231-3.74370.17031420.15051273X-RAY DIFFRACTION99
3.7437-4.03250.15261180.1341281X-RAY DIFFRACTION99
4.0325-4.43790.161490.13361237X-RAY DIFFRACTION98
4.4379-5.07910.14761560.12491233X-RAY DIFFRACTION100
5.0791-6.39530.17011340.12581288X-RAY DIFFRACTION100
6.3953-41.50120.14181350.12591283X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6577-0.1758-0.26421.7542-1.42021.7845-0.12230.087-0.09630.0629-0.1925-0.189-0.10810.06470.35020.26560.0544-0.02420.28610.02620.3756-3.3742-10.80197.3623
28.05482.9513-2.34845.2646-0.01623.48410.0455-0.15090.32570.2397-0.06520.4385-0.40220.060.03310.33350.0451-0.09520.20350.02860.3262-9.0586-7.662519.0431
30.1156-0.15060.04214.8353-0.49590.52-0.12940.0559-0.08340.05780.07090.3337-0.0155-0.04640.0730.48570.0390.0250.25070.08010.455-6.2507-18.8616-4.6526
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 42 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 43 through 60 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 61 through 108 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る