PDB-4wfh: Human TRAAK K+ channel in a Tl+ bound nonconductive conformation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wfh

タイトル

Human TRAAK K+ channel in a Tl+ bound nonconductive conformation

要素

(ANTI-TRAAK ANTIBODY 13E9 FAB FRAGMENT ...) x 2
Potassium channel subfamily K member 4

キーワード

METAL TRANSPORT / Mechanosensitive ion channel / two-pore domain potassium ion channel / membrane protein

機能・相同性

機能・相同性情報

TWIK related potassium channel (TREK) / cellular response to arachidonate / temperature-gated cation channel activity / mechanosensitive potassium channel activity / sensory perception of temperature stimulus / potassium channel complex / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of touch / cellular response to alkaline pH / response to ultrasound / Phase 4 - resting membrane potential ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.01 Å

データ登録者

Brohawn, S.G. / MacKinnon, R.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Physical mechanism for gating and mechanosensitivity of the human TRAAK K+ channel.
著者: Brohawn, S.G. / Campbell, E.B. / MacKinnon, R.

履歴

登録	2014年9月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月17日	Group: Database references
改定 1.2	2015年2月4日	Group: Derived calculations
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / refine_hist / struct_conn / struct_keywords / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_keywords.text / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wfh.cif.gz	545.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wfh.ent.gz	451.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wfh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/4wfh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/4wfh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4wfeC 4wffC 4wfgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4wfg-d 4i9w-d 4wfe-d 2cge-d 4wff-d 2y4u-2 3t0e-d 4e3c-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (7) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Potassium channel subfamily K member 4

B: Potassium channel subfamily K member 4

D: ANTI-TRAAK ANTIBODY 13E9 FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN

E: ANTI-TRAAK ANTIBODY 13E9 FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN

F: ANTI-TRAAK ANTIBODY 13E9 FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN

G: ANTI-TRAAK ANTIBODY 13E9 FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN

ヘテロ分子

160 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.972, 138.755, 96.759
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.64, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	D
2	2	F
1	3	E
2	3	G

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	ALA	ALA	A	A	28 - 273	28 - 273
2	1	ARG	ARG	ALA	ALA	B	B	28 - 273	28 - 273
1	2	GLN	GLN	ASN	ASN	D	C	1 - 211	1 - 211
2	2	GLN	GLN	ASN	ASN	F	E	1 - 211	1 - 211
1	3	GLU	GLU	PRO	PRO	E	D	1 - 215	1 - 215
2	3	GLU	GLU	PRO	PRO	G	F	1 - 215	1 - 215

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Potassium channel subfamily K member 4 / TWIK-related arachidonic acid-stimulated potassium channel protein / TRAAK / Two pore potassium ...TWIK-related arachidonic acid-stimulated potassium channel protein / TRAAK / Two pore potassium channel KT4.1 / Two pore K(+) channel KT4.1 分子量: 32569.650 Da / 分子数: 2 / 変異: N104Q, N108Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCNK4, TRAAK / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q9NYG8

#1: タンパク質

Potassium channel subfamily K member 4 / TWIK-related arachidonic acid-stimulated potassium channel protein / TRAAK / Two pore potassium ...

分子量: 32569.650 Da / 分子数: 2 / 変異: N104Q, N108Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCNK4, TRAAK / 発現宿主:

Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q9NYG8

-
抗体 , 2種, 4分子 DFEG

#2: 抗体	ANTI-TRAAK ANTIBODY 13E9 FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN 分子量: 23038.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体	ANTI-TRAAK ANTIBODY 13E9 FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN 分子量: 23474.381 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 4種, 195分子

#4: 化合物	ChemComp-TL / THALLIUM (I) ION 分子量: 204.383 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Tl
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物	ChemComp-D10 / DECANE / デカン分子量: 142.282 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.09 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8 詳細: 50 MM TRIS PH 8.8, 200 MM CA(NO3)2, 27-30% (VOL/VOL) PEG400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9781 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9781 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→48.2 Å / Num. obs: 39746 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.5 % / Net I/σ(I): 11.3
反射シェル	解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 10.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0073 / 分類: 精密化

精密化

解像度: 3.01→48.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.906 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 47.469 / SU ML: 0.392 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.377 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2385	2098	5 %	RANDOM
R_work	0.20321	-	-	-
obs	0.20502	39746	99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 112.451 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.54 Å²	0 Å²	3.38 Å²
2-	-	-3.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.01→48.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10302	0	20	184	10506

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.02	10580
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	9860
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.908	1.955	14415
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.608	3	22756
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.707	5	1328
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.475	23.731	402
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.735	15	1676
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.32	15	41
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.053	0.2	1642
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	11839
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	2392
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.923	5.264	5345
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.922	5.264	5344
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.563	7.892	6662
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.562	7.893	6663
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.637	5.674	5235
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.637	5.676	5236
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.686	8.342	7754
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	13.568	50.719	43753
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	13.569	50.721	43754
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	12265	0.14
1	2	B	12265	0.14
2	1	D	11182	0.1
2	2	F	11182	0.1
3	1	E	11473	0.1
3	2	G	11473	0.1

LS精密化シェル

解像度: 3.01→3.088 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.347	130	-
R_work	0.371	2602	-
obs	-	-	87.73 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1055	-1.0816	-3.6461	0.371	0.6158	5.157	0.4635	0.4558	0.0716	-0.1477	-0.2239	0.121	-0.5048	0.3811	-0.2397	0.5772	-0.0375	0.1753	0.4051	0.062	0.7936	44.264	-5.835	10.095
2	0.3435	-0.1557	0.0364	0.1686	-0.911	11.6479	0.0331	0.6231	-0.2077	-0.2798	-0.2916	0.1462	1.1768	0.264	0.2585	1.5127	0.133	0.0717	1.1618	-0.2177	1.0157	49.951	-20.415	-20.775
3	7.9924	-0.5254	-1.414	7.0066	-0.051	4.1332	-0.4132	0.9908	-0.7603	-0.8016	0.1924	0.0653	1.025	-0.4818	0.2209	0.852	0.132	-0.0702	0.8238	-0.1146	0.738	45.668	-16.753	-6.594
4	4.0644	-0.4037	-3.8786	0.8048	-0.8899	6.3013	0.5134	0.4351	0.1694	-0.2245	-0.2921	0.0446	-0.548	0.3513	-0.2213	0.5471	-0.0568	0.1233	0.4533	-0.0228	0.6956	47.875	-10.155	7.327
5	3.972	1.2147	1.7362	10.8047	-3.7571	2.5272	-0.5903	0.1539	0.0662	-0.1255	0.7429	0.2507	-0.2523	-0.198	-0.1526	1.3646	0.055	0.0715	1.6981	-0.1789	1.4927	92.149	-4.559	-4.801
6	7.1537	1.2524	2.3501	2.962	-1.2326	8.8084	0.6886	0.2718	0.991	0.1049	-0.2106	-1.014	-1.3328	1.0909	-0.4779	0.8679	-0.0847	0.2305	0.8688	0.066	1.0981	64.37	-2.727	5.524
7	3.8983	-1.7157	1.012	5.8509	0.1426	7.3612	-0.1517	0.3275	0.432	-0.9641	-0.3524	0.3129	-0.9861	-0.3664	0.5041	0.4027	0.0779	-0.0722	0.0621	-0.0005	0.5201	14.178	16.476	27.064
8	6.3919	4.2882	6.7384	6.2846	5.9698	9.0235	-0.1802	0.6851	0.3258	-1.1856	-0.1739	0.1891	-0.6436	0.905	0.354	0.5847	0.1849	-0.0904	0.3461	0.0461	0.8796	12.927	46.387	46.137
9	4.3865	2.3862	3.1653	7.1849	5.2082	7.8204	0.055	0.5813	0.3764	-0.6427	-0.2286	0.1252	-0.6285	0.4533	0.1736	0.615	0.0911	-0.0232	0.1686	0.043	0.8688	13.411	47.46	46.114
10	3.4398	-0.7592	0.2237	6.8483	4.5388	8.1152	-0.3318	-0.1525	0.2206	0.3889	0.0026	0.2396	-0.101	0.4893	0.3292	0.0773	-0.0095	0.063	0.0671	0.0526	0.5043	24.936	6.527	45.274
11	1.1341	-1.6062	-1.5596	7.5372	3.2977	2.3927	0.1424	-0.3124	0.0139	-0.2428	-0.304	0.4007	-0.2423	0.2663	0.1616	0.1923	0.0283	-0.0204	0.2149	-0.0455	0.5903	19.325	22.137	49.269
12	10.1407	-5.317	-0.172	6.5734	1.1285	2.7047	0.1589	-0.4214	0.0771	0.1387	-0.1186	0.6478	-0.2445	-0.1585	-0.0403	0.2398	-0.04	-0.0174	0.0564	-0.0855	0.8197	7.32	37.127	58.26
13	5.8166	0.086	0.1175	7.6275	-2.771	3.2842	0.0265	-0.2783	-0.4823	0.2843	-0.0619	-0.4358	0.0291	0.0955	0.0354	0.0386	0.0033	0.0676	0.0212	0.0072	0.6264	29.728	-34.984	42.241
14	5.4113	2.6611	2.6212	2.6908	1.1702	3.478	0.0953	0.5331	-0.2636	-0.3208	0.0493	-0.1557	0.3781	0.0416	-0.1446	0.4938	0.0927	-0.0423	0.2671	0.1148	0.8299	8.795	-63.207	43.936
15	0.2479	0.9409	0.3689	6.0902	-0.5005	3.3172	0.3524	-0.1418	-0.0518	0.3699	-0.1743	0.4263	1.6169	-0.011	-0.178	1.0146	-0.1322	-0.1485	0.4953	0.0774	1.5406	11.876	-72.056	46.651
16	6.6735	2.6313	-0.793	7.3077	-0.9607	3.4119	-0.0312	0.3637	-0.0561	-0.1529	0.2293	0.6071	-0.0178	-0.193	-0.198	0.075	0.0481	0.0434	0.0624	0.0487	0.4305	11.773	-25.24	31.134
17	4.3634	3.141	-1.3572	5.7205	-1.1913	0.9337	-0.0506	-0.0185	-0.7631	-0.0183	0.0197	0.0602	0.1605	-0.1865	0.031	0.0497	-0.0545	0.0246	0.0741	0.0718	0.967	5.005	-45.085	42.035
18	3.1725	-0.6341	1.9149	5.3415	-4.7262	8.8657	-0.2105	-0.3566	-0.0263	0.1042	0.2163	0.2493	0.2779	-0.37	-0.0058	0.2491	-0.0481	0.0035	0.3777	0.0275	0.746	-3.539	-55.617	50.52

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	28 - 148
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	149 - 219
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	220 - 286
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	28 - 175
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	176 - 197
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	198 - 274
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	1 - 105
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	106 - 157
9	X-RAY DIFFRACTION	9	D	158 - 211
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	1 - 80
11	X-RAY DIFFRACTION	11	E	81 - 137
12	X-RAY DIFFRACTION	12	E	138 - 217
13	X-RAY DIFFRACTION	13	F	1 - 105
14	X-RAY DIFFRACTION	14	F	106 - 188
15	X-RAY DIFFRACTION	15	F	189 - 211
16	X-RAY DIFFRACTION	16	G	1 - 80
17	X-RAY DIFFRACTION	17	G	81 - 172
18	X-RAY DIFFRACTION	18	G	173 - 216

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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