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- PDB-4wf0: Crystal Structure of iLID - an Improved Light-Inducible Dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wf0
タイトルCrystal Structure of iLID - an Improved Light-Inducible Dimer
要素NPH1-1
キーワードFLAVOPROTEIN / light-inducible dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


blue light photoreceptor activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain ...PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / non-specific serine/threonine protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Avena sativa (エンバク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Hallett, R. / Williams, T. / Kuhlman, B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM093208 米国
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Engineering an improved light-induced dimer (iLID) for controlling the localization and activity of signaling proteins.
著者: Guntas, G. / Hallett, R.A. / Zimmerman, S.P. / Williams, T. / Yumerefendi, H. / Bear, J.E. / Kuhlman, B.
#1: ジャーナル: Chem. Biol. / 年: 2012
タイトル: Designing photoswitchable peptides using the AsLOV2 domain.
著者: Lungu, O.I. / Hallett, R.A. / Choi, E.J. / Aiken, M.J. / Hahn, K.M. / Kuhlman, B.
履歴
登録2014年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月7日Group: Database references
改定 1.22015年1月14日Group: Database references
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NPH1-1
B: NPH1-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5235
ポリマ－36,5752
非ポリマー9483
水4,612256
1
A: NPH1-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7442
ポリマ－18,2881
非ポリマー4561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NPH1-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7793
ポリマ－18,2881
非ポリマー4922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.156, 70.339, 80.378
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 NPH1-1


分子量: 18287.562 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 405-543 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Avena sativa (エンバク) / 遺伝子: NPH1-1 / プラスミド: pQE-80L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O49003
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 断片: Flavin mononucleotide cofactor / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.24 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Grown in dark for 3 days. Conditions: 100mM TRIS:HCl pH 8.5, 800mM Lithium Chloride, 32% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HS / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月31日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→80.38 Å / Num. obs: 26353 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 25.37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 9.63

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
SCALAデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2v0u

2v0u


解像度: 1.95→31.078 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 44.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 1331 5.08 %
Rwork0.231 --
obs0.2317 26208 99.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→31.078 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2354 0 63 256 2673
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0132510
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2573414
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.326954
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056370
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006442
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-2.01970.4341300.37882440X-RAY DIFFRACTION100
2.0197-2.10050.3371100.32522472X-RAY DIFFRACTION100
2.1005-2.19610.31191460.29282439X-RAY DIFFRACTION100
2.1961-2.31190.26341270.25782467X-RAY DIFFRACTION100
2.3119-2.45670.24741310.22772455X-RAY DIFFRACTION100
2.4567-2.64620.25731500.21792463X-RAY DIFFRACTION100
2.6462-2.91240.18761210.20622498X-RAY DIFFRACTION100
2.9124-3.33340.22761460.19192506X-RAY DIFFRACTION100
3.3334-4.19810.21821410.18922515X-RAY DIFFRACTION100
4.1981-31.08190.21981290.2352622X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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