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- PDB-4wdr: Crystal structure of haloalkane dehalogenase LinB 140A+143L+177W+... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wdr
タイトルCrystal structure of haloalkane dehalogenase LinB 140A+143L+177W+211L mutant (LinB86) from Sphingobium japonicum UT26
要素Haloalkane dehalogenase
キーワードHYDROLASE / Protein Engineering / Tertiary / Sphingobioum
機能・相同性
機能・相同性情報


haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity / response to toxic substance / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Haloalkane dehalogenase, subfamily 2 / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Haloalkane dehalogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Sphingobium japonicum UT26S (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Degtjarik, O. / Rezacova, P. / Iermak, I. / Chaloupkova, R. / Damborsky, J. / Kuta-Smatanova, I.
資金援助 チェコ, 3件
組織認可番号国
Czech Academy of SciencesRVO 61388963 チェコ
Czech Academy of SciencesRVO 68378050 チェコ
Czech Science FoundationP207/12/0775 チェコ
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of haloalkane dehalogenase LinB mutant (L177W) from Sphingobium japonicum UT26
著者: Degtjarik, O. / Rezacova, P. / Chaloupkova, R. / Damborsky, J. / Kuta-Smatanova, I.
履歴
登録2014年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月5日Group: Database references
改定 2.02017年9月6日Group: Advisory / Atomic model / Author supporting evidence
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_validate_symm_contact
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Haloalkane dehalogenase
B: Haloalkane dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,5855
ポリマ－65,4742
非ポリマー1113
水1,09961
1
A: Haloalkane dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8133
ポリマ－32,7371
非ポリマー762
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Haloalkane dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7732
ポリマ－32,7371
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)125.937, 125.937, 213.818
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

CA

21B-402-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 4 - 294 / Label seq-ID: 1 - 291

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Haloalkane dehalogenase


分子量: 32737.082 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 4-296 / 変異: W140A, F143L, L177W, I211L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphingobium japonicum UT26S (バクテリア)
遺伝子: linB, dhaA, SJA_C1-19590 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D4Z2G1, haloalkane dehalogenase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.64 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M MOPS, 0.1M HEPES; 0.3M MgCl2; 0.3M CaCl2; 20% PEG550MME; 10%PEG20K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.972386 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月23日
放射モノクロメーター: Si (311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972386 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 22938 / Num. obs: 22874 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.81 % / Net I/σ(I): 14.66
反射 シェル解像度: 2.5→2.65 Å / Rmerge(I) obs: 0.87 / Mean I/σ(I) obs: 2.14 / % possible all: 98.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.476
最高解像度最低解像度
Rotation48.58 Å3.03 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
MOLREP11.1.03位相決定
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
Cootモデル構築
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WDQ

4wdq


解像度: 2.5→48.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / WRfactor Rfree: 0.1745 / WRfactor Rwork: 0.1471 / FOM work R set: 0.8512 / SU B: 19.081 / SU ML: 0.19 / SU R Cruickshank DPI: 0.5208 / SU Rfree: 0.231 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.521 / ESU R Free: 0.231 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1959 1144 5 %RANDOM
Rwork0.1651 21730 --
obs0.1667 -99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 127.53 Å2 / Biso mean: 59.36 Å2 / Biso min: 28.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å20.09 Å2-0 Å2
2--0.18 Å2-0 Å2
3----0.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→48.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4609 0 3 61 4673
Biso mean--66.26 47.28 -
残基数----585
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0194733
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.024435
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6021.956427
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.058310177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8275583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.7722.821234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.83715740
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4751550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2671
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215393
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021129
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0182.9762338
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0182.9772337
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0234.472919
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 18036 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.498→2.562 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 81 -
Rwork0.351 1549 -
all-1630 -
obs--97.37 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.1545-4.902811.20714.3741-9.922322.52510.28210.9580.4805-0.2173-0.8871-0.27090.49292.05910.6050.36690.12430.00980.5599-0.03080.648510.87925.85750.361
21.4058-0.4753-0.33212.33970.55731.3902-0.0444-0.19790.11910.18480.0461-0.3150.09010.1934-0.00160.05240.0353-0.06330.1157-0.00460.1419-1.17923.63154.474
31.0457-0.40190.16761.95250.43060.77260.01450.0277-0.0596-0.1622-0.0083-0.10780.03560.0024-0.00620.10040.00050.00310.07960.00980.0808-9.61219.98642.38
41.1731-0.4252-0.56352.78120.00161.8958-0.03760.09450.2596-0.17670.0732-0.1455-0.1269-0.0641-0.03570.12830.0267-0.00490.09890.00780.1049-11.02837.29845.836
53.4899-0.90670.04831.84690.43050.31690.3976-0.0087-1.1513-0.0062-0.16470.00750.3363-0.3272-0.23280.7072-0.3721-0.2650.57650.04190.9857-36.8526.17279.859
60.88611.5009-0.81734.608-1.6726.26710.2412-0.1544-0.30540.6687-0.04680.1267-0.1528-0.7953-0.19440.4419-0.3137-0.08060.62160.04060.703-41.50717.83385.118
72.08290.06490.80681.53470.10540.73950.33840.0655-0.61320.0673-0.09760.00710.2559-0.2174-0.24070.2595-0.1118-0.07520.2315-0.04890.3356-26.53619.53578.074
81.69522.8065-3.468111.5151-3.6698.2410.2204-0.4533-0.61440.4201-0.8097-0.7657-0.07050.81570.58930.7838-0.0985-0.35280.48660.23351.4259-20.391.56287.449
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 13
2X-RAY DIFFRACTION2A14 - 108
3X-RAY DIFFRACTION3A109 - 224
4X-RAY DIFFRACTION4A225 - 296
5X-RAY DIFFRACTION5B4 - 71
6X-RAY DIFFRACTION6B72 - 101
7X-RAY DIFFRACTION7B102 - 279
8X-RAY DIFFRACTION8B280 - 295

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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