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万見
- PDB-4wd9: Crystal structure of tRNA-dependent lantibiotic dehydratase NisB ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wd9
タイトルCrystal structure of tRNA-dependent lantibiotic dehydratase NisB in complex with NisA leader peptide
要素Nisin biosynthesis protein NisB
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / class I lantibiotic dehydratase
機能・相同性Lantibiotic dehydratase, N-terminal / Lantibiotic dehydratase, N terminus / Thiopeptide-type bacteriocin biosynthesis domain / Lantibiotic biosynthesis dehydratase C-term / plasma membrane / Nisin biosynthesis protein NisB
機能・相同性情報
生物種Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Hao, Y. / Nair, S.K.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Structure and mechanism of the tRNA-dependent lantibiotic dehydratase NisB.
著者: Ortega, M.A. / Hao, Y. / Zhang, Q. / Walker, M.C. / van der Donk, W.A. / Nair, S.K.
履歴
登録2014年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月26日Group: Database references
改定 1.22015年2月4日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification / _struct_keywords.text
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nisin biosynthesis protein NisB
B: Nisin biosynthesis protein NisB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)238,2142
ポリマ－238,2142
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6060 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area85130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.500, 107.280, 135.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.92, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Nisin biosynthesis protein NisB


分子量: 119107.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
遺伝子: nisB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20103

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.54 %
結晶化温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100mM Bicine pH 8.5, 15%-25% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月9日
放射モノクロメーター: Diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→34.5 Å / Num. obs: 58894 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.4 % / Net I/σ(I): 10.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
XDSデータ削減
SHELX位相決定
SHARP位相決定
Cootモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
精密化解像度: 2.9→34.459 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2569 2942 5 %
Rwork0.1942 --
obs0.1974 58852 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→34.459 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16101 0 0 0 16101
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0116423
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.36122126
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5646252
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0572428
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082809
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9001-2.94760.38661390.31622651X-RAY DIFFRACTION100
2.9476-2.99840.3561380.29672631X-RAY DIFFRACTION100
2.9984-3.05290.34251390.29132645X-RAY DIFFRACTION100
3.0529-3.11150.35591410.27422682X-RAY DIFFRACTION100
3.1115-3.1750.36691410.26442668X-RAY DIFFRACTION100
3.175-3.2440.32571390.25472645X-RAY DIFFRACTION100
3.244-3.31940.31961390.24732637X-RAY DIFFRACTION100
3.3194-3.40230.32731410.23742693X-RAY DIFFRACTION100
3.4023-3.49430.30581390.22372624X-RAY DIFFRACTION100
3.4943-3.5970.30681400.22112663X-RAY DIFFRACTION100
3.597-3.71290.25791390.21612652X-RAY DIFFRACTION100
3.7129-3.84550.32061420.20742694X-RAY DIFFRACTION100
3.8455-3.99920.30521390.19962647X-RAY DIFFRACTION100
3.9992-4.18090.22881400.18712655X-RAY DIFFRACTION100
4.1809-4.4010.2351410.16732668X-RAY DIFFRACTION100
4.401-4.67610.23751400.15492674X-RAY DIFFRACTION100
4.6761-5.03610.20661400.14882651X-RAY DIFFRACTION100
5.0361-5.5410.19641410.16132683X-RAY DIFFRACTION100
5.541-6.33850.2491410.17842677X-RAY DIFFRACTION100
6.3385-7.96950.24041420.18062693X-RAY DIFFRACTION100
7.9695-34.4610.18341410.16042677X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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